23
5. Kampung Gambung , Desa
Mekarsari Kec. Pasir Jambu. Kab. Bandung
07º 14’ S 107º 51’44”E
1250 - 1346 25 83
6. Desa Padasari, Kec.
Cimalaka, Kab. Sumedang 06º 47’ S
107º 56’E 600 - 700
30 80 - 85
Gambar 5. Lokasi pengambilan sampel penelitian di hutan rakyat Jawa Barat:
1 Kab. Purwakarta, 2 Kab. Sumedang, 3 Kab. Kuningan, 4 Kab. Bandung dan 5 dan 6 Kab. Bogor.
Pengujian analisis DNA dilakukan di Laboratorium Silvikultur, Departemen Silvikultur, Fakultas Kehutanan IPB, Bogor. Pengujian benih
dilakukan di Laboratorium Balai Penelitian Teknologi Perbenihan Bogor, analisis kimia tanah dilakukan di Laboratorium Tanah, Departemen Tanah, Fakultas
Pertanian IPB Bogor. Pengamatan struktur anatomi benih dilakukan di Laboratorium Anatomi Kayu, Pusat Penelitian Tekonologi dan Pengolahan Hasil
Hutan, Badan Litbang Kehutanan Bogor, dan pengujian kandungan biokimia kulit benih dilakukan di Pusat Penelitian Tanaman Industri dan Obat, Badan Litbang
Pertanian Bogor serta di Laboratorium Kimia Kayu, Fakultas Kehutanan, IPB. Uraian lengkap metode penelitian akan disampaikan pada setiap sub penelitian
dari Disertasi ini.
3.3 Keragaman Genetik, Morfologi dan Kesuburan Tapak Tanaman Mindi di Hutan Rakyat di Jawa Barat
24
Pada masing- masing lokasi ditunjuk 20 pohon induk, baik untuk keperluan analisis DNA maupun analisis morfologi. Jumlah sampel yang
digunakan untuk kegiatan analisis DNA dan morfologi disajikan pada Tabel 4. Tabel 4. Jumlah sampel kerja untuk kegiatan penelitian 1
Analisis DNA Analisis morfologi
a. 6 populasi mindi
b. 20 pohon induklokasi
c. 6 x 20 = 120 sampel DNA
d. 5 primer
a. 6 populasi mindi
b. 20 pohon induklokasi
c. Tinggi total : 120 sampel
d. Diameter : 120 sampel
e. Tinggi bebas cabang : 120 sampel
f. Buah : 10 x 20 x 6 = 1200 sampel
g. Benih : 10 x 20 x 6 = 1200 sampel
h. Daun : 5 x 20 x 6 = 600 sampel
3.3.1 Analisis keragaman genetik
Untuk analisis DNA metode yang digunakan adalah Random Amplified Polimorphic DNA
RAPD. Penanda genetik yang digunakan adalah lima primer yang berasal dari hasil seleksi dua puluh lima primer, adapun primer yang
mampu mengamplifikasi DNA mindi dan memperlihatkan pita polimorphik adalah primer OPA-07; OPY-13; OPY-16; OPA-09 dan OPO-05, yang diproduksi
oleh The Midland Certified Reagent Co. dengan susunan basa nukleotida seperti pada Tabel 5.
Tabel 5. Primer dan susunan basa yang digunakan
Primer Susunan Basa
OPA-07 5’-GAAACGGGTG-3’ OPY-13 5’-GGGTCTCGGT-3’
OPY-16 5’-GGGCCAATGT-3’ OPA-09 5’-GGGTAACGGG-3’
OPO-05 5’-CCCAGTCACT-3’
Bahan dan alat
Penelitian ini menggunakan 5–10 helai daun dari setiap pohon induk, daun tersebut dimasukkan dalam kantong plastik yang telah berisi silica gel,
