Uji kromatografi lapis tipis KLT Elusidasi struktur senyawa hasil sintesis

32

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Desain Senyawa Inhibitor NF-

κB Tahapan yang pertama kali dilakukan adalah melakukan validasi dasar terhadap protokol yang akan digunakan untuk melakukan simulasi penambatan molekul. Struktur kristal protein NF- κB diunduh dari RSCB melalui situs http:www.rcsb.orgpdbexplore.do?structureId=4G3G dalam format PDB dan disimpan dalam format yang sama untuk input dalam tahap molecular docking. Data PDB menyebutkan bahwa struktur tiga dimensi dari protein NF- κB ditentukan dengan menggunakan metode X-ray crystallography dan dipublikasikan pada tahun 2012. Struktur kristal ini kemudian direferensikan sebagai protein reseptor untuk mendesain obat baru. Gambar 3. Struktur tiga dimensi protein NF- κB de Leon-Boenig et al., 2012. File PDB tersebut kemudian dipreparasi menggunakan aplikasi YASARA Krieger, Koraimann, dan Vriend, 2002 sehingga diperoleh protein dan ligan yang kemudian akan digunakan dalam proses docking validasi protokol menggunakan parameter RMSD. Selain dibutuhkan protein dan ligan dalam melakukan docking, PLANTS juga membutuhkan configuration file plantsconfig untuk dapat dijalankan. Plantsconfig merupakan sekumpulan konfigurasi yang terdiri dari pengaturan scoring function and search settings, input dan output file, write single mol2 files, serta cluster algorithm yang digunakan untuk mengatur aplikasi PLANTS dalam melakukan docking. OH H N S N N F Gambar 4. Struktur 4-fluoro-2- {[4-piridin-4-il-1,3-thiazol-2- il]amino}fenol 0WA Gambar 5. Konfigurasi plantsconfig yang digunakan dalam proses docking Dalam plantsconfig yang digunakan untuk melakukan docking, scoring function di-setting dengan string berupa plp. Scoring function merupakan pendekatan secara matematika yang digunakan memprediksi kekuatan interaksi non-kovalen juga disebut sebagai afinitas pengikatan antara dua molekul pada proses docking. String yang digunakan pada scoring function adalah PLP Piecewise Linear Potential. PLP merupakan scoring function yang menilai interaksi yang ada berdasarkan gaya tarik dan tolak-menolak antara protein dan ligan Korb, Stützle, dan Exner, 2009. String pada search speed digunakan speed1, dimana pada pengaturannya akan menghasilkan simulasi docking yang mempunyai reliabilitas yang tinggi, namun mempunyai kecepatan pemrosesan yang paling rendah bila dibandingkan dengan speed4 Korb dan Exner, 2012. Pada baris selanjutnya, terdapat parameter input file. Parameter ini mengatur file yang akan di- docking dengan PLANTS, dimana secara eksklusif PLANTS hanya dapat menjalankan docking dengan file ligan dan protein yang mempunyai eksistensi berupa .mol2 Korb dan Exner, 2012. Pada parameter ini, keduanya di-setting sesuai dengan file protein dan ligan yang akan di-docking. Untuk parameter output, parameter ini mengatur nama direktori yang akan dibuat oleh PLANTS untuk hasil docking yang telah dilakukan Korb dan Exner, 2012. Dalam pengerjaannya, parameter ini diisi dengan string berupa results. Pada parameter write single mol2 files, diisi dengan string 0 yang berarti file protein dan ligan hasil docking akan disimpan terpisah sehingga nantinya dapat digunakan dalam perhitungan RMSD Korb dan Exner, 2012. Pada parameter cluster algorithm yang terdiri dari cluster structure, cluster rmsd, bindingsite center, dan bindingsite radius. Pada cluster structure, string diisi dengan dengan angka sepuluh yang merupakan default. Cluster structure merupakan parameter yang menyatakan jumlah struktur yang akan dihasilkan pada proses docking dengan parameter algoritma yang telah ditetapkan Korb dan Exner, 2012. Untuk cluster rmsd, parameter tersebut diisikan dengan angka dua sebagai default. Cluster rmsd adalah parameter yang menyatakan ambang batas dari nilai RMSD yang diijinkan dalam proses docking Korb dan Exner, 2012. Sedangkan bindingsite center dan radius merupakan parameter yang