Elusidasi struktur Analisis Hasil

menyatakan pusat koordinat dan radius dari situs pengikatan Korb dan Exner, 2012. Setelah itu, proses docking dilakukan dengan menggunakan plantsconfig yang telah ditetapkan. Hasil docking menunjukkan bahwa dari input konformasi yang di-submit untuk dilakukan simulasi perhitungan, konformasi ke-9 memberikan hasil terbaik dengan skor terendah tabel II. Hasil tersebut kemudian digunakan untuk menghitung RMSD pose ligan hasil docking yang dibandingkan dengan referensi hasil eksperimenstruktur kristal. Dari perhitungan yang telah dilakukan, diketahui bahwa RMSD antara senyawa hasil docking dan referensinya sebesar 0,1656 Å. Nilai RMSD yang kurang dari 2 Å 1 Å = 10 -10 m memberikan jaminan bahwa protokol dapat digunakan untuk memproduksi pose hasil kristal struktur dari ligan yang berinteraksi dengan protein NF- κB Istyastono, 2010. Hasil tersebut menunjukkan bahwa protokol tersebut dapat digunakan untuk penapisan secara virtual dalam upaya penemuan senyawa baru inhibitor NF- κB. Tabel II. Skor dari pose terbaik untuk setiap konformasi senyawa hasil docking Konformasi Skor PLANTS PLP 1 -84.1304 2 -83.7724 3 -84.3417 4 -80.4493 5 -84.5923 6 -85.059 7 -78.834 8 -83.9249 9 -86.1337 Gambar 6. Tumpang-tindih pose senyawa referensi yang diperoleh dari struktur kristal protein NF- κB atom karbon berwarna biru dan pose senyawa hasil docking atom karbon berwarna ungu. Berdasarkan penelitian yang dilakukan oleh Weber et al. 2006, diketahui bahwa kurkumin yang merupakan senyawaan enon dapat menghambat ekspresi dari protein NF- κB. Dari informasi tersebut, kemudian dilakukan docking terhadap kurkumin dan turunannya yang terdiri dari demetoksi kurkumin dan bisdemetoksi kurkumin dengan menggunakan protokol yang telah divalidasi sebelumnya. Dari hasil visualisasi menggunakan PyMol gambar 7, terlihat bahwa struktur kurkumin mengalami penekukan saat di-docking ke dalam protein NF- κB. Hal tersebut tentunya dapat dijadikan sebagai dasar dalam melakukan desain senyawa baru analog kurkumin dengan ukuran molekul yang lebih kecil dibandingkan kurkumin. Desain dilakukan dengan tetap mempertahankan sisi aromatis, gugus enon, substituen bagian aromatis dan menghilangkan bagian metilen aktif dari kurkumin. Bangun dasar senyawa yang akan digunakan merupakan suatu struktur enon yang terdiri dari dua gugusan karbonil, yakni 2-benzilidensikloheksana-1,3-dion Istyastono, Yuniarti, dan Jumina, 2009. Berdasarkan hal tersebut, dapat didesain suatu senyawa baru analog kurkumin, yakni 2- 4’-hidroksi-3’-metoksibenzilidena sikloheksana-1,3-dion.