4. Molekul target merupakan senyawa hasil sintesis yang diharapkan terbentuk
dari hasil reaksi. Molekul target dalam penelitian ini adalah 2-4 ’-hidroksi-3’-
metoksibenzilidena sikloheksana-1,3-dion.
5. Rendemen senyawa hasil sintesis merupakan persentase perbandingan antara
jumlah senyawa murni yang diperoleh dari hasil sintesis dibandingkan dengan jumlah senyawa yang diperoleh secara teoritis. Dalam penelitian ini, rendemen
senyawa hasil sintesis adalah rendemen senyawa 2-4 ’-hidroksi-3’-
metoksibenzilidena sikloheksana-1,3-dion.
C. Bahan Penelitian
Struktur protein NF-
κB www.rcsb.org; kode PDB: 4G3G 4G3G.pdb,
sikloheksana-1,3-dion p.a, Aldrich, 4-hidroksi-3-metoksibenzaldehida p.a., Merck, kalium hidroksida p.a., Merck, asam klorida, n-heksan p.a., Merck, etil
asetat p.a., Merck, aquades Laboratorium Kimia Organik Universitas Sanata Dharma, kloroform p.a., Merck, etanol p.a., Merck, dan silika gel GF
254
Merck.
D. Alat Penelitian
Perangkat lunak
digunakan berupa
PLANTS www.tcd.uni-
konstanz.deresearchplants.php; MarvinSketch 5.11.5 2012, ChemAxon www.chemaxon.com; YASARA View 12.8.21 www.yasara.org; dan PyMol
versi 0.99 Delano Scientific LLC, USA. Docking dilakukan dengan menggunakan
perangkat keras berupa notebook ASUS A43SA-VX071D dengan prosesor Intel Core i5-2430M 2.4 GHz, RAM 4GB, dan sistem operasi Linux Ubuntu 12.04.
Alat-alat yang digunakan untuk yang digunakan untuk melakukan
sintesis senyawa
2-4 ’-hidroksi-3’-metoksibenzilidena sikloheksana-1,3-dion meliputi
neraca analitik Mextler PM 100, hot plate Herdolph MR 2002, desikator, alat pengukur titik leburmelting point tester MP70, Mettler Tolledo, alat-alat gelas,
termometer, baskom, kertas saring, chamber kaca, pipa kapiler, lampu UV dengan 254 nm, spektrometer IR IR Shimadzu Prestige-21, dan kromatografi gas-
spektrometer massa Shimadzu QP 2010S.
E. Tata Cara Penelitian
1. Validasi dasar protokol PLANTS
Preparasi ligan 0WA dilakukan dengan menggunakan MarvinSketch pada pH 7,4. Hasil tersebut kemudian disimpan sebagai ligand_2D.mrv. Dari file
ligand_2D.mrv, kemudian dilakukan pencarian berbagai
konformasi representatif dari ligan tersebut menggunakan
modul “Conformers search” Calculation Conformation Conformers
| Klik “Ok”. Hasil tersebut kemudian disimpan sebagai ligand dengan tipe file .mol2.
Preparasi protein NF- κB 4G3G.pdb dilakukan dengan menggunakan
YASARA. Pada file pdb yang diperoleh, hanya rantai A yang digunakan molekul air dihilangkan. Dari tahap tersebut, kemudian atom hidrogen
ditambahkan ke dalam sistem Edit Add hydrogen to: all. Ligan asli yang terdapat di dalam struktur kristal dihapus sehingga hanya diperoleh protein saja
Kategori