Analisis pendahuluan Pemeriksaan kemurnian dari senyawa hasil sintesis

dimana pada pengaturannya akan menghasilkan simulasi docking yang mempunyai reliabilitas yang tinggi, namun mempunyai kecepatan pemrosesan yang paling rendah bila dibandingkan dengan speed4 Korb dan Exner, 2012. Pada baris selanjutnya, terdapat parameter input file. Parameter ini mengatur file yang akan di- docking dengan PLANTS, dimana secara eksklusif PLANTS hanya dapat menjalankan docking dengan file ligan dan protein yang mempunyai eksistensi berupa .mol2 Korb dan Exner, 2012. Pada parameter ini, keduanya di-setting sesuai dengan file protein dan ligan yang akan di-docking. Untuk parameter output, parameter ini mengatur nama direktori yang akan dibuat oleh PLANTS untuk hasil docking yang telah dilakukan Korb dan Exner, 2012. Dalam pengerjaannya, parameter ini diisi dengan string berupa results. Pada parameter write single mol2 files, diisi dengan string 0 yang berarti file protein dan ligan hasil docking akan disimpan terpisah sehingga nantinya dapat digunakan dalam perhitungan RMSD Korb dan Exner, 2012. Pada parameter cluster algorithm yang terdiri dari cluster structure, cluster rmsd, bindingsite center, dan bindingsite radius. Pada cluster structure, string diisi dengan dengan angka sepuluh yang merupakan default. Cluster structure merupakan parameter yang menyatakan jumlah struktur yang akan dihasilkan pada proses docking dengan parameter algoritma yang telah ditetapkan Korb dan Exner, 2012. Untuk cluster rmsd, parameter tersebut diisikan dengan angka dua sebagai default. Cluster rmsd adalah parameter yang menyatakan ambang batas dari nilai RMSD yang diijinkan dalam proses docking Korb dan Exner, 2012. Sedangkan bindingsite center dan radius merupakan parameter yang menyatakan pusat koordinat dan radius dari situs pengikatan Korb dan Exner, 2012. Setelah itu, proses docking dilakukan dengan menggunakan plantsconfig yang telah ditetapkan. Hasil docking menunjukkan bahwa dari input konformasi yang di-submit untuk dilakukan simulasi perhitungan, konformasi ke-9 memberikan hasil terbaik dengan skor terendah tabel II. Hasil tersebut kemudian digunakan untuk menghitung RMSD pose ligan hasil docking yang dibandingkan dengan referensi hasil eksperimenstruktur kristal. Dari perhitungan yang telah dilakukan, diketahui bahwa RMSD antara senyawa hasil docking dan referensinya sebesar 0,1656 Å. Nilai RMSD yang kurang dari 2 Å 1 Å = 10 -10 m memberikan jaminan bahwa protokol dapat digunakan untuk memproduksi pose hasil kristal struktur dari ligan yang berinteraksi dengan protein NF- κB Istyastono, 2010. Hasil tersebut menunjukkan bahwa protokol tersebut dapat digunakan untuk penapisan secara virtual dalam upaya penemuan senyawa baru inhibitor NF- κB. Tabel II. Skor dari pose terbaik untuk setiap konformasi senyawa hasil docking Konformasi Skor PLANTS PLP 1 -84.1304 2 -83.7724 3 -84.3417 4 -80.4493 5 -84.5923 6 -85.059 7 -78.834 8 -83.9249 9 -86.1337