perairan dangkal, sebaliknya spesies yang bersifat klimaks seperti Pasidonia spp., cenderung tumbuh pada perairan dalam karena hal ini berkaitan dengan rhizoma dan
kebutuhan respirasi.
2.2.4. Kecerahan
Kecerahanan secara tidak langsung mempengaruhi kehidupan lamun karena berpengaruh terhadap penetrasi cahaya yang masuk ke perairan yang dibutuhkan
oleh lamun untuk berfotosintesis. Kecerahan perairan dipengaruhi oleh adanya partikel-partikel tersuspensi, baik oleh partikel-partikel hidup seperti plankton
maupun partikel-partikel mati seperti bahan-bahan organik, sedimen dan sebagainya. Cahaya merupakan faktor pembatas pertumbuhan dan produksi lamun di perairan
pantai yang keruh Hutomo 1997. Umumnya lamun membutuhkan kisaran tingkat kecerahan 4-29 untuk dapat tumbuh dengan rata-rata 11 Hemminga dan Duarte
2000.
2.2.5. Substrat
Padang lamun hidup pada berbagai macam tipe subtrat, di Indonesia padang lamun dikelompokkan dalam 6 kelompok berdasarkan tipe substratnya, yaitu
lumpur, lumpur pasiran, pasir, pasir lumpuran, puing karang dan batu karang Kiswara 1997. Hampir semua jenis lamun dapat tumbuh pada berbagai substrat,
kecuali pada Thalassodendron ciliatum yang hanya dapat hidup pada substrat karang batu Kiswara 1997. Penyebaran horizontal padang lamun sangat dipengaruhi oleh
karakteristik substrat dan kondisi gerakan air Nybakken 1992. Semakin tipis substrat sedimen perairan akan menyebabkan kehidupan lamun tidak stabil,
sebaliknya semakin tebal substrat perairan lamun akan tumbuh subur, yaitu berdaun panjang dan rimbun padat, serta pengikatan dan penangkapan sedimen semakin
tinggi Zieman 1975. Penelitian mengenai dampak sedimentasi pada ekosistem padang lamun
masih terbatas, terutama mengingat besarnya masalah di banyak daerah. Penelitian di Asia Tenggara telah mendokumentasikan kehilangan progresif biomassa spesies
dan padang lamun sepanjang gradien endapan Terrados et al. 1998 in Hemminga dan Duarte 2000, yang dapat menyebabkan hilangnya spesies. Berdasarkan
urutannya, yaitu: Syringodium isoetifolium, Cymodocea rotundata, Thalassia hemprichii, Cymodocea serrulata, Halodule uninervis, Halophila ovalis, dan
Enhalus acoroides. Padang lamun biasanya terbatas pada sedimen dengan kandungan lumpur 15. Hanya Enhalus acoroides yang mampu bertahan,
meskipun terbatas pada perairan dangkal dan di lokasi yang sangat tertimbun lumpur. Sedimen lumpur dengan kandungan 20 tidak memiliki penutupan
lamun. Spesies yang dapat mentolerir endapan terbaik adalah Enhalus acoroides yang merupakan spesies terbesar dari berbagai jenis lamun, memiliki panjang daun
hingga 2 meter. Hal ini memungkinkan untuk membawa daun dekat dengan permukaan air Vermaat et al. 1997 in Hemminga dan Duarte 2000.
2.2.6. Derajat Keasaman pH
