Klasifikasi tumbuhan lamun yang ada di Kepulauan Seribu Phillips dan Menez 1988, sebagai berikut:
Divisi : Anthophyta
Kelas : Angiospermae
Subkelas :Monocotyledonae
Ordo : Helobiae
Famili : Hydrocharitaceae
Genus : Enhalus
Spesies : Enhalus acoroides
Genus : Halophila
Spesies : Halophila ovalis, H. minor
Genus : Thalassia
Spesies : Thalassia hemprichii
Ordo : Potamogetonales
Famili : Cymodoceae
Genus : Cymodocea
Spesies : Cymodocea serrulata, C. rotundata
Genus : Halodule
Spesies : Halodule uninervis, H. pinifolia
Genus : Syringodium
Spesies : Syringodium isoetifolium
2.1.3. Fungsi lamun
Menurut Azkab 1988, ekosistem lamun merupakan salah satu ekosistem di laut dangkal yang paling produktif. Di samping itu juga ekosistem lamun
mempunyai peranan penting dalam menunjang kehidupan dan perkembangan jasad hidup di laut dangkal, sebagai berikut:
a Produsen primer
Lamun memiliki tingkat produktifitas primer tertinggi bila dibandingkan dengan ekosistem lainnya yang ada di laut dangkal seperti ekosistem terumbu
karang. b
Habitat biota Lamun memberikan tempat perlindungan dan tempat menempel berbagai
hewan dan alga. Disamping itu, padang lamun dapat juga sebagai daerah asuhan, padang pengembalaan dan makanan berbagai jenis ikan herbivora dan
ikan-ikan karang. c
Penangkap sedimen Daun lamun yang lebat akan memperlambat air yang disebabkan oleh arus
dan ombak, sehingga perairan disekitarnya menjadi tenang. Disamping itu, rimpang dan akar lamun dapat menahan dan mengikat sedimen, sehingga dapat
menguatkan dan menstabilkan dasar permukaan. Jadi, padang lamun disini berfungsi sebagai penangkap sedimen dan juga dapat mencegah erosi.
d Pendaur zat hara
Lamun memegang peranan penting dalam pendauran berbagai zat hara dan elemen-elemen yang langka di lingkungan laut. Khususnya zat-zat hara yang
dibutuhkan oleh algae epifit. Menurut Philips dan Menez 1988, ekosistem lamun merupakan salah satu
ekosistem bahari yang produktif yang berfungsi sebagai : 1
Menstabilkan dan menahan sedimen-sedimen yang dibawa melalui tekanan- tekanan dari arus dan gelombang.
2 Daun-daun memperlambat dan mengurangi arus dan gelombang serta
mengembangkan sedimentasi. 3
Melindungi hewan-hewan muda dan dewasa yang berkunjung ke padang lamun. 4
Daun-daun membantu organisme-organisme epifit. 5
Mempunyai produktifitas dan pertumbuhan yang tinggi. 6
Memfiksasi karbon yang sebagian besar masuk ke dalam sistem daur rantai ekologis.
2.1.4. Pertumbuhan lamun
Pertumbuhan lamun dapat dilihat dari pertambahan panjang bagian-bagian tertentu seperti daun dan rhizoma dalam kurun waktu tertentu. Namun pertumbuhan
rhizoma lebih sulit diukur terutama pada jenis-jenis tertentu yang umumnya berada di bawah substrat dibanding pertumbuhan daun yang berada di atas substrat,
sehingga penelitian pertumbuhan lamun relatif lebih banyak mengacu pada pertumbuhan daun. Pertumbuhan daun muda lebih cepat dibandingkan dengan daun
tua. Pertumbuhan lamun sangat dipengaruhi oleh faktor-faktor internal seperti fisiologi, metabolisme, dan faktor eksternal seperti zat-zat hara, tingkat kesuburan
substrat, dan faktor lingkungan lainnya. Lamun juga mempunyai bentuk pertumbuhan yang sangat erat kaitannya
dengan perbedaan ekologinya Den Hartog 1967 in Azkab 2000. Bentuk pertumbuhan tersebut dapat dibagi menjadi 6 kategori, yaitu :
1 Parvozosterid, dengan daun memanjang dan sempit, misalnya pada Halodule,
Zostera sub marga Zosterella; 2
Magnozosterids, dengan daun memanjang dan agak lebar, misalnya Zostera sub marga Zostera, Cymodocea dan Thalassia;
3 Syringodiids, dengan daun bulat seperti lidi dan ujung runcing, misalnya
Syringodium; 4
Enhalids, dengan daun panjang dan kaku seperti kulit atau berbentuk ikat pinggang yang kasar, misalnya Enhalus, Posidonia dan Phyllospadix;
5 Halophilids, dengan daun bulat telur, clips, berbentuk tombak atau panjang,
rapuh dan tanpa saluran udara, misalnya Halophila; 6
Amphibolids, dengan daun tumbuh teratur pada kiri dan kanan, misalnya Amphibolis, Thalassodendron dan Heterozostera.
2.1.5. Biomassa lamun
