Keberadaan ikan karang di terumbu karang erat kaitannya dengan kondisi fisik terumbu karang tersebut. Persentase penutupan karang hidup yang
berbeda-beda akan mempengaruhi densitas ikan karang, terutama yang memiliki keterkaitan kuat dengan karang hidup Suharsono, 1995. Selama pengamatan
dilakukan, tercatat ada 73 spesies ikan karang yang termasuk dalam 20 famili. Sebagian besar dari ikan-ikan di Gili Indah termasuk dalam famili Pomacentridae.
Dari ikan-ikan yang ditemukan, beberapa jenis ikan lain yang tergolong sebagai ikan indikator Chaaetodontidae dan ikan target Siganidae, Scaridae,
Caesionidae, dan Serranidae. Selain jenis-jenis ikan terumbu karang Gili Indah yang disebutkan di atas,
terlihat pula jenis-jenis ikan lain yang pada saat dilakukan sensus berada di luar garis transek. Ikan-ikan tersebut antara lain Cheilinus undulatus napoleon,
Siganus coralinus baronang, Odonus niger, beberapa jenis Lutjanus kakap dan Caesio ekor kuning.
4.2.2 Padang Lamun dan Rumput Laut
Padang lamun seagrass meadow merupakan ekosistem yang memiliki peranan penting dalam penyelamatan ekosistem pantai. Lamun mempunyai
fungsi fisik sebagian penahan gelombang dan laju sedimentasi. Selain itu lamun juga mempunyai peranan ekologis, misalnya sebagai tempat mencari makan,
daerah asuhan dan perlindungan bagi berbagai biota laut seperti laut seperti ikan, krustacea, moluska, dan lain-lain.
Menurut Dirjen Bangda dan Dirjen PHPA 1997 ditemukan 9 jenis lamun dan 41 jenis rumput laut. Jenis lamun paling banyak ditemukan di Gili Air yaitu 9
jenis, di Gili Meno 4 jenis, dan Gili Trawangan 5 jenis. Hamparan lamun di Gili Air merupakan hamparan yang paling luas dan terdapat diantara ketiga gili, yaitu 27-
43 didominasi oleh jenis Cymodecea rotundata dan Cymodocea Serrulata. Rumput laut paling banyak ditemukan pada rataan terumbu Gili Meno,
kemudiaan Gili Trawangan, lalu Gili Air. Di Gili Meno terdapat 26 jenis rumput laut yang terdiri dari alga merah, coklat, hijau, dan terbanyak ditemui di pantai
utara. Rumput laut tumbuh menyebar mulai dari pinggir pantai sampai ke tubir dengan persentase tutupan yang berbeda. Persentase tutupan rumput laut yang
terbesar ditemukan di Gili Meno yaitu 36-60, Gili Trawangan yaitu 37-40, dan terendah di gili Air sebesar 28-33.
4.2.3. Moluska dan Echinordermata
Potensi fauna akuatik di perairan Gili Indah masih memiliki prospek baik untuk di kembangkan. Sesuai dengan namanya hewan ini bertubuh lunak, bentuk
dan ukuran tubuh beraneka ragam. Moluska banyak dijumpai di berbagai habitat terumbu karang, mangrove, dan padang lamun.
Jenis-jenis hewan yang tergolong dalam Phylum Moluska antara lain keong, kerang, cumi-cumi. Moluska yang ditemui antara lain kima sisik
Tridacana squamosa, Lambis lambis, Trochus niloticus. Bintang berkulit duri cukup banyak dijumpai di dasar perairan terumbu
karang dan paparan pasir. Jenis-jenis hewan yang tergolong dalam kelompok ini antara lain teripang dan bulu babi. Teripang merupakan komoditi yang dapat
didayagunakan sebagai makanan dari laut, demikian juga dengan bulu babi yang umumnya dimanfaatkan atau dimakan gonadnya. Jenis-jenis yang dijumpai di
daerah studi antara lain bintang laut biru Linchia laevigata.
4.2.4. Perikanan
