3. Manajemen Tenaga Kependidikan
Pada deskriptif data madrasah aliyah negeri berada pada kategori sangat optimal sedangkan madrasah aliyah swasta berada pada kategori optimal. Meski
telah berada pada kategori sangat optimal, namun berdasarkan hasil pengamatan, kelemahan madrasah aliyah negeri terletak pada tenaga pustakawannya sedangkan
untuk madrasah aliyah swasta terletak pada selain tenaga pustakawan juga pada tenaga laboratnya. lihat deskriptif data
Untuk madrasah aliyah negeri kelemahan ini terjadi karena background tenaga pustakawan tidak sesuai background pendidikannya dimana meski sudah
PNS namun karena PNS angkatan lama, selesksinya belum seketat yang sekarang yaitu harus sesuai dengan keahliannya. Hal ini terjadi karena proses penerimaan
PNS saat itu berdasarkan hasil tesnya tidak terpaku pada background pendidikannya.
Sedangkan kelemahan pada MA swasta untuk pustakawan berasal dari sekitar lingkungan sekolah yang direkrut berdasarkan tes seleksi bukan dari
background pendidikannya sebagai prioritas utamanya. Sedangkan untuk tenaga laborat dimana madrasah aliyah tidak memiliki petugas khusus laboratorium
laborat karena menurut madrasah aliyah dirasa belum perlu atau bukan prioritas utama dengan pertimbangan belum tersedianya ruang khusus laboratorium dan
jarangnya pemanfaatan peralatan laboratorium itu sendiri. Yang terjadi pada madrasah-madrasah aliyah swasta tanggung jawab laborat dirangkap oleh guru
bidang studi yang memanfaatkan peralatan laboratorium ada pula yang dirangkap oleh petugas perpus.
4. Manajemen Kesiswaan
Pada deskriptif data madrasah aliyah negeri berada pada kategori sangat optimal sedangkan madrasah aliyah swasta berada pada kategori optimal. Meski
telah berada pada kategori sangat optimal, namun berdasarkan hasil pengamatan, kelemahan madrasah aliyah negeri dan madrasah aliyah swasta memiliki
kelemahan yang sama yaitu pada input dan output siswa. lihat deskriptif data Input madrasah aliyah berasal dari buangan SMA negeri dan hampir
sama prosentase antara siswa yang berasal dari SMP dengan siswa yang berasal dari MTs. Siswa yang berasal dari SMP kurang bisa menyesuaikan diri dengan
kurikulum islami, karena berasal dari keluarga biasa, dan belum terbiasa. Input mempengaruhi output, selain permasalahan input output juga dipengaruhi oleh
kurangnya kesadaran siswa akan pentingnya belajar. Karena meluasnya asumsi siswa bahwa belajar atau tidak belajar tidak akan berpengaruh terhadap masa
depan mereka karena sebagian besar siswa madrasah aliyah tidak melanjutkan ke perguruan tinggi melainkan langsung bekerja. Hal ini dikarenakan sebagian besar
murid madrasah aliyah berasal dari golongan masyarakat menengah ke bawah. Namun meski memiliki kelemahan yang sama, input MA negeri lebih
tinggi karena alternatif setelah SMA negeri yang banyak dipilih adalah MA negeri bila dibandingkan dengan MA swasta.
5. Manajemen Keuangan dan Pembiayaan