1. Home
  2. Teknik

Jarak Genetik Kacang Bogor Asal Sukabumi dan Sumedang

49 5 PENGEMBANGAN MARKA SNAP BERDASARKAN SEKUEN GEN PTO ASAL KACANG BOGOR Abstrak Studi genetik kacang bogor Vigna subterrane L. Verdc. menggunakan pengembangan marka molekuler yang berbasiskan pada perbedaan satu basa DNA SNP sangat penting sejak marker lainnya tidak mampu memperlihatkan polimorfisme yang tinggi. Tujuan penelitian ini adalah mengembangkan marka SNAP yang dapat digunakan dalam analisis keragaman genetik kacang bogor. Hasil pensejajaran dari delapan sekuen DNA gen Pto kacang bogor, diidentifikasi keberadaan 22 situs SNP yang tidak menyebabkan perubahan asam amino dan menyebabkan perubahan asam amino hasil translasi dari runutan DNA. Kami telah medisain enam pasang primer SNAP spesifik dari identifikasi 22 situs SNP dan primer tersebut digunakan untuk mengevaluasi 80 tanaman tetua dan 47 progeni kacang bogor. Hanya lima pasang dari enam pasang locus yang diuji menghasilkan marka SNAP dan satu locus tidak menghasilkan marka SNAP. Hasil analisis menunjukkan bahwa kacang bogor memiliki kombinasi alel heterozigot untuk empat lokus SNP SNP_78; SNP_378; SNP_481 dan SNP_510 dan satu lokus memiliki kombinasi alel homozigot SNP_502. Keyword: heterozigot alel, gen Pto, primer SNAP, uji progeni 50 DEVELOPMENT OF SNAP MARKER BASED ON PTO GENE SEQUENCES FROM BAMBARA GROUNDNUD Abstract Genetic studies of Bambara groundnut Vigna subterrane L. Verdc. using molecular markers developed based on single nucleotide polymorphism SNP is importand since other markers failed to shown high polymorphism. The purpose of this research is to develop SNAP markers that can be used in the analysis of genetic diversity of Bambara groundnut. Results of multiple DNA sequence alignment of eight Pto genes from Bambara groundnut, identified the presence of 22 SNP sites either resulty us synonymous or non-synonymous translation of DNA sequences. We have designing six SNAP specific primer pairsout of the identified 22 SNP sitesand used them to evaluated 80 parental accessions and 47 progeny of bambara groundnut. Only five out of six loci tested produced SNAP markers and one locus failed to yiels one. The analysis showed that bambara groundnut have a combination of alleles heterozygous for the four SNP loci SNP_78; SNP_378; SNP_481 and SNP_510 and one locus have combination alleles homozygous SNP_502. Keyword: heterozygous, primer SNAP, pto gene, progeny test

Dokumen yang terkait

Pengaruh Pemberian Pupuk Kandang dan Fosfor terhadap Pertumbuhan dan Hasil Kacang Bogor (Vigna subterranea (L.) Verdcourt)

0 5 76

Menggali Potensi Genetik Tanaman Kacang Bogor (Vigna subterranea (L.) Verdcourt)

1 13 5

Pengaruh tingkat kemasakan benih dan periode simpan terhadap viabilitas dan vigor benih kacang bogor (Vigna subterranea (l). Verdc.) pada ruang simpan ac dan kamar

0 11 52

Studi Fenologi, Morfologi, Dan Penentuan Masak Fisiologi Benih Kacang Bambara (Vigna Subterranea (L) Verdc) Berdasarkan Konsep Photothermal Unit

1 12 83

Evaluasi Galur-Galur Kacang Bogor (Vigna subterranea (L.) Verdcourt) Asal Sukabumi

1 5 111

Pengaruh Warna Testa dan Perlakuan Invigorasi terhadap Viabilitas dan Vigor Benih serta Pertumbuhan Vegetatif Tanaman Kacang Bambara (Vigna subterranea (L.) Verdc.)

1 11 43

Pertumbuhan dan Produksi Kacang Bogor (Vigna subterranea (L.) Verdcourt) pada Beberapa Jarak Tanam dan Frekuensi Pembumbunan

1 5 38

Pertumbuhan Dan Produksi Kacang Bogor (Vigna Subterranea (L.) Verdcourt) Pada Beberapa Jarak Tanam Dan Pemupukan

0 5 37

PERTUMBUHAN DAN HASIL KACANG BOGOR (Vigna subterranea (L.) Verdc.) VARIETAS LOKAL LEMBANG DI KALIMANTAN SELATAN

0 0 6

Fenologi, Morfologi, dan Hasil Empat Aksesi Kacang Bambara (Vigna subterranea (L.) Verdc.) Phenology, Morphology, and Yield of Four Bambara Groundnut (Vigna subterranea (L.) Verdc.) Accessions

0 0 8