Amplifikasi DNA dan Sekuensing Fragmen Gen Pto
60 referensi saja Gambar 5.8. Dari hasil elektroforesis, skoring individu [++]
menunjukkan bahwa genotipe kacang bogor yang dianalisis dengan empat lokus SNP mempunyai kombinasi alel yang heterozigot, dan satu lokus SNP
mempunyai kombinasi alel yang homozigot.
Hasil ini dibuktikan dengan analisis lanjutan pada progeni tanaman kacang bogor. Sebanyak 47 progeni yang diuji dengan empat lokus primer SNAP juga
didapatkan hasil skoring [++] untuk kedua alelnya referensi dan alternatif dan skoring [+-] untuk lokus Vs_SNP_502 Tabel 5.5. Perbandingan pola segregasi
alel pada progeni adalah 1:1. Berdasarkan hasil ini dapat disimpulkan bahwa individu-individu yang dianalisis memiliki kombinasi alel gen Pto yang
homozigot pada dua lokus untuk masing-masing alel. Sehingga saat diamplifikasi dengan primer referen maupun primer alternet akan menghasilkan produk PCR.
SNP_78 SNP_378 SNP_481 SNP_510
R A R A R A R A
Gambar 5.7 Visualisasi produk PCR hasil amplifikasi genom kacang bogor menggunakan empat pasang primer SNAP pada gel agarose 1. R =
alel referensi, A = alel alternetif.
SNP_481 SNP_502
R A R A R A M R A R A R A
Gambar 5.8 Visualisasi produk PCR hasil amplifikasi genom kacang bogor menggunakan 2 pasang primer SNAP pada gel agarose 1. M =
Marker 100 pb, R = alel referensi, A = alel alternetif.
Tabel 5.5 Data genotipe hasil konversi dari elektroferogram produk PCR menggunakan primer SNAP berbasis gen Pto kacang bogor
Aksesi SNP_78
SNP_378 SNP_481
SNP_502 SNP_510
R A
R A
R A
R A
R A
SKC6 1 0
1 0 1 0
1 0 1 0
1 0 1 0
0 1 1 0
1 0 SKC14
1 0 1 0
1 0 1 0
1 0 1 0
1 0 0 1
1 0 1 0
SKH3 1 0
1 0 1 0
1 0 1 0
1 0 1 0
0 1 1 0
1 0 SKH33
1 0 1 0
1 0 1 0
1 0 1 0
1 0 0 1
1 0 1 0
SMP1 1 0
1 0 1 0
1 0 1 0
1 0 1 0
0 1 1 0
1 0 SMP32
1 0 1 0
1 0 1 0
1 0 1 0
1 0 0 1
1 0 1 0
SMH3 1 0
1 0 1 0
1 0 1 0
1 0 1 0
0 1 1 0
1 0 SMH12
1 0 1 0
1 0 1 0
1 0 1 0
1 0 0 1
1 0 1 0
OGN9 1 0
1 0 1 0
1 0 1 0
1 0 1 0
0 1 1 0
1 0 0GN4
1 0 1 0
1 0 1 0
1 0 1 0
1 0 0 1
1 0 1 0
61 Sehubungan dengan pengembangan marka SNAP untuk marka ketahanan
terhadap penyakit, marka molekuler berbasis SNP sebaiknya dikembangkan dari beberapa gen yang mempunyai peranan dalam ketahanan terhadap penyakit.
Sebagai contoh implementasi marka SNAP berbasis SNP yang berasal dari gen Pto, dapat digabungkan dengan SNP yang berasal dari gen chitinase dan
β-1,3- glucanase Sutanto et al. 2013.