58 Tabel 5.3 Karakter dari 22 SNP yang diidentifikasi pada sekuen gen Pto kacang
bogor SNP
Posisi SNP
Variasi substitusi
Frekuensi SNP
Mayoritas alel
Minoritas alel
Subsitusi asam amino
1 5
AT 37.5
A T
non sinonimous 2
6 GT
37.5 G
T non sinonimous
3 9
TA 12.5
T A
sinonimous 4
10 GT
37.5 G
T non sinonimous
5 12
TA 25
T A
sinonimous 6
21 TA
12.5 T
A sinonimous
7 27
GT 25
G T
non sinonimous 8
78 AT
25 A
T sinonimous
9 93
GT 12.5
G T
sinonimous 10
212 GC
12.5 G
C non sinonimous
11 222
AT 12.5
A T
sinonimous 12
245 CA
12.5 C
A non sinonimous
13 318
TA 50
T A
sinonimous 14
327 TA
12.5 T
A sinonimous
15 378
TG 50
T G
sinonimous 16
436 CA
12.5 C
A non sinonimous
17 464
TA 12.5
T A
non sinonimous 18
481 TG
25 T
G non sinonimous
19 502
AT 37.5
A T
non sinonimous 20
510 GA
37.5 G
A sinonimous
21 533
AT 12.5
A T
non sinonimous 22
545 GT
12.5 G
T non sinonimous
Gambar 5.6 Representasi situs SNP pada fragmen gen Pto asal kacang bogor. Situs SNP 510 tidak menyebabkan terjadinya perubahan asam
amino, sedangkan situs SNP 464, 481 dan 502 merubah residu asam amino Valin V menjadi asam glutamat E, Tirosin Y menjadi
asam aspartat D dan Arginin R menjadi tryptophan W.
59
Disain primer SNAP dilakukan menggunakan WebSNAPER, masing-masing posisi SNP dapat diperoleh sejumlah alternatif pasangan primer untuk
menghasilkan marka SNAP. Pemilihan pasangan primer yang digunakan harus memperhatikan hal-hal seperti suhu annealing pasangan primer yang tidak terlalu
jauh, ujung 3’ primer yang tidak memiliki self-annealing, dimmer dan hairpin. Primer yang terpilih untuk dijadikan marka SNAP disajikan pada Tabel 5.4.
5.3.5 Evaluasi Primer SNAP untuk Menghasilkan Marka
Primer SNAP yang telah berhasil dikembangkan perlu diuji untuk menghasilkan marka SNAP. Optimasi suhu annealing enam pasangan primer
SNAP dilakukan secara gradien pada mesin PCR dengan suhu 48
O
C sampai 60
O
C. Hasil optimasi primer didapatkan suhu yang optimal yaitu 50
O
C dan hanya lima pasang primer SNAP yang mampu menghasilkan produk PCR sesuai dengan
harapan 200 –334 pb, sedangkan satu pasang primer SNAP Vs_SNP_27 Ref
dan Alt tidak mampu menghasilkan produk PCR sesuai dengan ukuran target. Hasil visualisasi primer SNAP Vs_SNP_27 pada gel agarose menghasilkan
produk dengan ukuran lebih kecil dari 100 pb. Hal ini diduga disebabkan oleh kemampuan penempelan primer pada templet DNA yang tidak sempurna.
Berdasarkan posisi SNP primer ini, terdapat 26 nukleotida yang dijadikan sekuen primer namun pada posisi ini terdapat banyak variasi SNP. Hal inilah yang
menyebabkan proses desain primer Vs_SNP_27 mengalami kegagalan.
Berdasarkan pengujian lima pasang primer SNAP pada 80 sampel kacang bogor, didapatkan hasil yang positif untuk empat pasang primer SNAP baik untuk
alel referensi maupun untuk alel alternatif Gambar 5.7. Namun, satu pasang primer dengan kode Vs_SNP_502 hanya menghasilkan produk PCR untuk alel
Tabel 5.4 P
rimer SNAP terpilih dari 6 posisi SNP berdasarkan fragmen gen Pto asal kacang bogor
No. Primer Id Sequence
Tm Size
1 Vs_SNP_27_REF
GGGTGTTGGTAATGTTTATCAG 51.5
286 2
Vs_SNP_27_REVERSE TGCATATCTCAAGCCTTTGC
53.5 3
Vs_SNP_27_ALT GGGTGTTGGTAATGTTTAGAAT
50.8 4
Vs_SNP_78_REF CAATTAAACGTGGGAATCGA
50.7 293
5 Vs_SNP_78_REVERSE
ACGGTGGATGATAGTGTGT 53.2
6 Vs_SNP_78_ALT
GCAATTAAACGTGGGAATCTT 51.5
7 Vs_SNP_378_REF
TGGCCACCCACTTCTCTTCA 58.7
249 8
Vs_SNP_378_REVERSE CCTTGTTTCTCTGATTGGATAC
51.0 9
Vs_SNP_378_ALT GCCACCCACTTCTCCTCC
58.0 10
Vs_SNP_481_REF GAAGTATTCTGGATCCAGGTA
50.9 200
11 Vs_SNP_481_REVERSE
CTGCTAGGGGTTTACACTATC 52.2
12 Vs_SNP_481_ALT
GAAGTATTCTGGATCCAGGTC 52.2
13 Vs_SNP_502_REF
TTGTCAGTTAGTTGCTGCCTCTT 56.7
334 14
Vs_SNP_502_REVERSE TCCTTGTTTATGATTATATGGGCT
51.9 15
Vs_SNP_502_ALT GTCAGTTAGTTGTTGCCTCAA
53.0 16
Vs_SNP_510_REF TCAGATTTGTCAGTTAGGTGC
52.6 332
17 Vs_SNP_510_REVERSE
ATGATTATATGGGCTATGGAAC 49.8
18 Vs_SNP_510_ALT
GTCAGATTTGTCAGTTAGGTGT 52.5
