Keragaman Genetik Kacang Bogor Asal Sukabumi dan Sumedang
48 Somta P, Chankaew S, Rungnoi O, Srinives P. 2011. Genetic diversity of the
Bambara groundnut Vigna subterranea L. Verdc. as assessed by SSR markers. Genome. 5411:898-910.
Somta P, Musch W, Kongsamai B, Chanprame S, Nakasathien S, Toojinda T, Sorajjapinun W, Seehalak W, Tragoonrung S, Srinives P. 2008. New
microsatellite markers isolated from mungbean Vigna radiata L. Wilczek. Mol. Ecol. Resour. 85:1155-1157.
Surahman M, Santosa E, Nisya FN. 2009. Karakterisasi dan analisis gerombol plasma nutfah jarak pagar Indonesia dan beberapa negara lain menggunakan
marka morfologi dan molekuler. J. Agron. Indones. 373:256-264. Suwanprasert J, Toojinda T, Srivines P, Chanprame S. 2006. Hybridization
technique for bambara groundnut. Breeding Science. 562:125-129. Yang S, Pang W, Ash G, Harpe J, Carling J, Wenzel P, Huttner E, Zong X, Kilian
A. 2006. Low level of genetic diversity in cultivated pigeonpea compared to its wild relatives revealed by diversity arrays technology. Theoretical and
Applied Genetics. 1134:585-595.
Yi JY, Lee GA, Lee JR, Lee MC, Kang MJ, Baek HJ, Kim CK. 2011. Genetic diversity assessment and phylogenetic analysis of peanut Arachis hypogaea
L. in RDA genebank collection using SSRs. Korean Journal of Plant Resources. 243:272-279.
49
5 PENGEMBANGAN MARKA SNAP BERDASARKAN
SEKUEN GEN PTO ASAL KACANG BOGOR
Abstrak
Studi genetik kacang bogor Vigna subterrane L. Verdc. menggunakan pengembangan marka molekuler yang berbasiskan pada perbedaan satu basa DNA
SNP sangat penting sejak marker lainnya tidak mampu memperlihatkan polimorfisme yang tinggi. Tujuan penelitian ini adalah mengembangkan marka
SNAP yang dapat digunakan dalam analisis keragaman genetik kacang bogor. Hasil pensejajaran dari delapan sekuen DNA gen Pto kacang bogor, diidentifikasi
keberadaan 22 situs SNP yang tidak menyebabkan perubahan asam amino dan menyebabkan perubahan asam amino hasil translasi dari runutan DNA. Kami
telah medisain enam pasang primer SNAP spesifik dari identifikasi 22 situs SNP dan primer tersebut digunakan untuk mengevaluasi 80 tanaman tetua dan 47
progeni kacang bogor. Hanya lima pasang dari enam pasang locus yang diuji menghasilkan marka SNAP dan satu locus tidak menghasilkan marka SNAP.
Hasil analisis menunjukkan bahwa kacang bogor memiliki kombinasi alel heterozigot untuk empat lokus SNP SNP_78; SNP_378; SNP_481 dan SNP_510
dan satu lokus memiliki kombinasi alel homozigot SNP_502. Keyword: heterozigot alel, gen Pto, primer SNAP, uji progeni