Dengan: CI = Indek Pencemaran Kirchoff
qi  = Nilai karakteristik sub indek parameter dari kurva baku. wi = Nilai bobot kepentingan setiap parameter
Hasil  perhitungan  Indeks  Pencemaran Kirchoff  1991 kemudian  dievaluasi sebagai berikut:
 0 – 27 = Kondisi perairan tercemar berat  28 – 56   = Kondisi perairan tercemar sedang
 57 – 83   = kondisi perairan tercemar ringan  84 – 100 = Kondisi perairan belum tercemar
Sumber Kirchoff 1991
3.6.  Kondisi Habitat
Perkiraan  terjadinya  gangguan  pada  habitat  di  sekitar  lokasi  sampling dilakukan  dengan  menggunakan  sistem  penilaian scorring yang  diadopsi dari
metode  Barbour et  al. 1999. Penilaian habitat yang diskoring meliputi:  substrat epifaunal  atau  ketersediaan  vegetasi  penutup,  banyaknya  batuan  yang  tertanam
pada dasar sungai embeddedness, banyaknya kombinasi antara kecepatan aliran dan  kedalaman,  endapan  sedimen,  status  aliran  dari  sungai,  perubahan  saluran,
keberadaan jeram  dan  kelokan  sungai,  stabilitas  pinggir  sungai,  perlindungan pinggir sungai oleh  vegetasi,  dan lebar  zone  vegetasi  riparian. Kriteria gangguan
pada  habitat  sungai  dapat  dilihat  dalam  Tabel 5.  Daerah  yang  mempunyai  nilai
skor habitat  tertinggi  atau  dalam  kategori  optimal  diharapkan  dapat  dijadikan sebagai kandidat situs rujukan.
Tabel 6. Kriteria penilaian gangguan terhadap habitat yang diadopsi dari protocol
US-EPA Barbour et al. 1999. Kriteria Habitat
Skor Penilaian Habitat pada Gradien Tinggi dan Rendah
Optimal 160 – 200
Sub-Optimal 110 – 159
Marginal 60   - 109
Buruk 60
3.7. Analisis Data Atribut
Guna  mengetahui  hubungan  antara  kelimpahan  perifiton  dengan  variabel lingkungannya berdasarkan  pengelompokkan  lokasi  penelitian  dilakukan  analisis
korelasi  canonical  Canonical  Corespondence  Analysis CCA,  dimana
sebelumnya dilakukan  seleksi  untuk  menghilangkan  autokorelasi  antar  variabel sehingga  dapat  dilakukan  pengujian  secara  multikolinearitas  Ter Braak
Verdonschot 1995.  Penghitungan ordinasi CCA dilakukan dengan menggunakan software
MVSP versi 3.1. Guna  mengetahui  hubungan  antar  metrik  dalam  PIBI dengan  kualitas
perairannya  dalam  hal  ini  unsur  hara  N  dan  P  dilakukan uji  korelasi  spearman. Analsis uji korelasi Spearman menggunakan software STATISTICA versi 6 Stat
soft Inc. .
Berdasarkan  hasil  penilaian  maupun  skoring  yang  diperoleh  dari  metrik utama  kualitas  perairan,  indeks  habitat,  dan  penilaian  PIBI  kemudian  dibuat
grafik  radar  untuk  mempermudah  interpretasi  kondisi  sebenarnya  dari  lokasi penelitian, dimana pola segitiga yang ditunjukkan dalam grafik radar jika semakin
besar  semakin  mendekati  ujung  nilai  maksimal  menunjukkan  kondisi  yang semakin baik, sebaliknya jika pola segitiga radar yang ditunjukkan semakin kecil
memusat  maka  menunjukkan  kondisi  lokasi  penelitian  telah  mengalami gangguan akibat aktivitas antropogenik yang ada di sekitarnya.