RNA Helikase Virus Hepatitis C

9 UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

2.4 RNA Helikase Virus Hepatitis C

Enzim helikase adalah enzim yang terlibat dalam hampir semua aspek metabolisme DNA dan RNA. meskipun terdapat kemajuan terhadap pengetahuan mekanisme aksi dari enzim-enzim ini, resolusi yang terbatas menyebabkan mekanisme rinci seperti penataan ulang struktur asam nukleat hingga pengikatan dan hidrolisis ATP yang dilakukan pasangan enzim helikase ini tidak dapat diketahui Dumont et al, 2006. Fungsi dasar enzim helikase untuk membuka untai ganda DNA atau RNA melalui coupling hidrolisis ATP dengan translokasi sepanjang satu untai DNA atau RNA Fan et al, 2008. Seluruh helikase virus memiliki aktivitas NTPATPase. Aktivitas ini tergantung pada adanya ATP dan kation divalen berupa Mg 2+ . Produk dari hidrolisis NTP pada setiap pengkajian helikase adalah ADP dan Pi. Aktivitas ATP dari helikase secara umum distimulasikan oleh keberadaan asam nukleat untai tunggal. Hal ini memungkinkan enzim berikatan dengan untai RNA dengan energi yang didapat dari hidrolisis ATP untuk memisahkan ikatan hidrogen pasangan basa dari struktur dupleks Kim et al, 1998. Enzim helikase diperlukan untuk proses replikasi genom organisme tersebut. Enzim helikase dapat dibagi menjadi DNA helikase dan RNA helikase, sesuai dengan genom yang dimiliki organisme tersebut. HCV yang merupakan virus RNA memiliki RNA helikase. Helikase bekerja secara katalitik memisahkan untai ganda DNA atau RNA menggunakan energi yang dihasilkan dari hidrolisis nukleosida trifosfat dan merupakan target pencarian obat karena dibutuhkan dalam replikasi virus. Utama et al, 2000. 10 UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Gambar 2.3 Mekanisme Kerja Enzim RNA Helikase Sumber : Utama et al, 2000 Aktivitas ATP helikase secara umum distimulasikan oleh keberadaan asam nukleat untai tunggal. Hal ini memungkinkan enzim berikatan dengan untai RNA dengan energi yang dihasilkan dari hidrolisis ATP untuk memisahkan ikatan hidrogen pasangan basa dari struktur dupleks Utama et al, 2000. Ikatan asam nukleat dapat menginduksi konformasi protein yang terkarakterisasi dengan pengembangan situs aktif dari domain ATPase dari ATP. Aktivitas ATPase tidak dapat distimulasi pada kadar garam tinggi. Hal ini disebabkan kondisi kekuatan ionik kuat asam nukleat tidak dapat terikat dengan enzim dan enzim membentuk konformasi untuk pelepasan untaian. Mekanisme kerja enzim RNA atau DNA helikase adalah pertama-tama helikase akan mengikat untai RNA atau DNA untai ganda pada ujung 3’, selanjutnya ATP akan berikatan pada suatu sisi aktif dari RNA atau DNA helikase tersebut. Gugus ATP akan dihidrolisis oleh enzim RNA atau DNA helikase menjadi ADP dan fosfat inorganik. Proses hidrolisis ini akan terlepas energi yang kemudian digunakan oleh enzim RNA atau DNA 11 UIN Syarif Hidayatullah Jakarta helikase untuk menguraikan untai ganda RNA atau DNA menjadi untai tunggal RNA atau DNA Utama et al, 2000. Enzim helikase dapat menguraikan RNA atau DNA untai ganda melalui pemutusan ikatan hidrogen yang mengikat kedua untai tersebut. Reaksi ini berhubungan dengan hidrolisis ATP, di mana energi yang dilepaskan selama hidrolisis ATP dibutuhkan dalam proses penguraian RNA atau DNA Shuman, 1992; Wagner et al, 1998. Enzim helikase juga dapat berperan dalam fungsi selular lainnya seperti membantu proses translasi, mengkoordinasi pembentukan poliprotein, memutus interaksi RNA-protein, serta menyusun RNA di dalam pembungkus viral Lam Frick, 2006. Enzim helikase juga memiliki aktivitas ikatan RNA RNA binding dan ATPase RNA-stimulated ATPase, dan kedua aktivitas ini berpengaruh terhadap aktivitas RNA helikase. Enzim ini menjadi target yang potensial untuk penemuan obat antivirus karena penemuan inhibitor RNA helikase dapat dilakukan dengan penemuan inhibitor terhadap aktivitas RNA binding atau ATPase Utama et al, 2000. Beberapa penelitian tentang mutasi dan penghambatan terhadap NS3 diperlukan untuk propagasi virus sehingga pengembangan inhibitor efektif dari enzim helikase virus hepatitis C adalah bagian penting dalam strategi antiviral. Pengembangan riset mengenai agen yang berperan sebagai inhibitor RNA helikase terus ditegakkan, dalam rangka menemukan kandidat obat untuk menangani infeksi virus hepatitis C. Berikut adalah tabel riset beberapa agen yang berpotensi sebagai inhibitor RNA helikase virus hepatitis C. Tabel 2.1. Inhibitor RNA helikase HCV No Inhibitor Persen inhibisi Pustaka 1 Protein kapang endofit CgKTm SF 89,45 Paturohman, 2011 2 Ekstrak metanol buah tanaman mangrove Avicennia marina 76,705 Kusumawati, 2011 12 UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Forsk Vierb. 3 Mikroalga BTM 11 81,205 Putri, 2011 a 4 Bakteriosin asam laktat S34 64,20 Putri, 2011 b . 5 Ekstrak rimpang temulawak Curcuma zanthorrhiza Roxb. 73,60 Setianingsih, 2011 6 Ekstrak metanol Kulit Buah Manggis Garcinia mangostana L. 71,57 Syajarwati, 2013 7 Ekstrak Biji Jinten Hitam Nigella sativa L. 64,454 A’yuni, 2013

2.5 SDS PAGE