55
Gambar 21 Analisis keragaman genetik 16 individu sampel uji jeruk keprok SoE dengan penanda RAPD, a OPA03, b OPE14, dan c OPN14. M=1
kb. keragaman somaklonal dalam proses kultur in vitro tersebut, seperti: penambahan
zat pengatur tumbuh dari golongan auksin dan sitokinin, frekuensi sub kultur, dan periode lama kultur Yulianti et al. 2012.
Analisis keragaman genetik menggunakan penanda ISSR ini, dilakukan juga terhadap tanaman jeruk kingkit Triphasia trifolia. Jeruk ini dimanfaatkan
sebagai kontrol negatif dalam penelitian tahap berikutnya yaitu dalam analisis ketahanan sampel mutan harapan jeruk keprok SoE terhadap penyaki
Huanglongbing. Analisis keragaman genetik berdasar ISSR 1, 4, 6 dan 8 menunjukkan bahwa sampel jeruk kingkit memiliki susunan genetik yang sama
dengan individu-individu sampel mutan 0b - Op - 65a - 75h - 75a - 75c pada koefisien kemiripan 80. Namun, apabila sampel jeruk kingkit tersebut dianalisis
lebih detil, seperti pada koefisien kemiripan 90, maka jeruk kingkit akan mengelompok sendiri.
Dengan demikian, berdasar hasil analisis di atas dapat disimpulkan bahwa penanda ISSR yang digunakan tersebut dapat menunjukkan bahwa telah terjadi
mutasi perubahan susunan genetik pada individu-individu sampel yang diuji terutama individu-individu sampel mutan harapan R75 yang dibandingkan dengan
sampel kontrol.
4.3.3.2 Penanda RAPD OPA03, OPE14 dan OPN14
Tiga primer yang termasuk dalam penanda RAPD, yaitu OPA03, OPE14 dan OPN14, dapat mengamplifikasi sekuen DNA yang diekstrak dari daun
tanaman jeruk keprok SoE. Perbedaan genotipe dari 16 individu sampel diuji dapat dilihat pada pola pita-pola pita yang dihasilkan pada gel agarose hasil
elektroforesis Gambar 21. Pola pita-pola pita tersebut memperlihatkan pola pita yang polimorfik.
56
Gambar 22 Dendrogram analisis keragaman genetik 16 individu sampel uji jeruk keprok SoE dengan penanda RAPD pada koefisien
kemiripan 80 Ki: jeruk kingkit. Analisis kemiripan genetik berdasar penanda RAPD pada individu-individu
sampel yang diwakili oleh 16 individu sampel uji, memiliki koefisien kemiripan 45-100 atau memiliki jarak genetik 0-55. Pada koefisien kemiripan 80,
sampel-sampel mengelompok menjadi sembilan 9 grup Gambar 22. Individu- individu dalam masing-masing grup tersebut dapat dilihat pada Tabel 11.
Pengelompokkan sampel uji pada koefisien kemiripan 80 Tabel 11 memperlihatkan bahwa individu-individu sampel mutan harapan R75 dan R85
secara genetik berbeda dari individu sampel kontrol. Sampel-sampel tersebut mengelompok sesuai dosis iradiasi, ada pula yang bercampur tapi bersama dengan
sesama sampel mutan harapan.
Tabel 11 Pengelompokkan individu-individu sampel uji jeruk keprok SoE berdasarkan grup yang dihasilkan dari dendrogram analisis keragaman
genetik pada koefisien kemiripan 80. Grup
Tanaman Sampel Grup
Tanaman Sampel 1
0b - 65a 6
75a 2
Kingkit 7
75c 3
0c - 0d - 0e 8
75g – 75h – 75k
4 65.4 - 85b - 85a
9 75b
5 0p
Hal yang sama terjadi seperti pada analisis keragaman genetik menggunakan penanda ISSR, yaitu satu individu kontrol 0b terdapat dalam satu
grup dengan mutan harapan 65a Gambar 22, Tabel 11. Kejadian tersebut dapat disebabkan oleh diplontic selection dan silent mutation; ataupun terjadi karena
adanya keragaman somaklonal pada individu-individu sampel kontrol.
Dengan demikian, berdasarkan ketiga penanda RAPD yang digunakan tersebut dapat menunjukkan bahwa telah terjadi mutasi perubahan susunan
57 genetik pada individu-individu sampel yang diuji terutama individu-individu
sampel mutan harapan R75 dibandingkan dengan sampel kontrol. Individu- individu mutan harapan R85 tidak dapat digunakan karena lebih banyak yang mati
ataupun pertumbuhannya terhambat.
Menurut Sastrosumarjo et al. 2006, dan Soeranto 2013, penyebab hilangnya pita bisa disebabkan oleh terjadinya delesi pada situs di mana
seharusnya primer dapat menempel. Penyebab yang lain seperti duplikasi, substitusi basa nitrogen, insersi dan translokasi pada saat sel atau jaringan
tanaman dipapar dengan sinar gamma.
4.4 Simpulan
1. Analisis keragaman genetik 16 individu sampel uji berdasarkan pola pita-pola
pita DNA dengan penanda ISSR dan RAPD memperlihatkan pola-pola pita yang polimorfik.
2. Induksi mutasi dengan iradiasi gamma dengan dosis 75 dan 85 Gy
menghasilkan individu-individu mutan harapan yang berbeda susunan genetiknya dengan individu-individu sampel kontrol berdasarkan dendrogram
dari penanda morfologi dan molekuler ISSR dan RAPD.
