Sejarah dan Perkembangan Universitas
berubah menjadi FKIP Fakultas Keguruan Ilmu Pendidikan Sanata Dharma dan merupakan bagian dari Universitas Katolik Indonesia cabang Yogyakarta.
Pada masa FKIP ini, Sanata Dharma berhasil memperoleh status “disamakan” dengan negeri berdasarkan SK Menteri PTIP No.11961 pada tanggal 6 Mei
1961 Junto No.771962 tanggal 11 Juli 1962. Walaupun Sanata Dharma merupakan bagian dari Universitas Katolik Indonesia, namun secara de facto
FKIP Sanata Dharma berdiri Sendiri. Untuk mengatasi kerancuan ini akhirnya pemerintah kembali
menetapkan agar FKIP berdiri sendiri menjadi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan IKIP. Karena itu, FKIP Sanata Dharma berubah nama menjadi
IKIP Sanata Dharma berdasarkan SK Menteri PTIP No.237B-SwtU1965 yang mana Surat Keputusan ini berlaku pada tanggal 1 September 1965. IKIP
Sanata Dharma selain melaksanakan Program S1 juga dipercaya pemerintah untuk mengelola Program Diploma I, II, dan III untuk jurusan Matematika,
Fisika, Bahasa Indonesia, Bahasa Inggris, IPS dan PMP. Berbagai program Diploma ini ditutup pada tahun 1990 dan selanjutnya dibuka program
Diploma II PGSD Pendidikan Guru Sekolah Dasar. Akhirnya untuk menyesuaikan diri dengan tuntutan dan kebutuhan
masyarakat serta kemajuan zaman, tanggal 20 April 1993 sesuai dengan SK Mendikbud No.46DO1993, IKIP Sanata Dharma dikembangkan menjadi
Universitas Sanata Dharma atau lebih dikenal dengan nama USD. Dengan perkembangan ini, USD diharapkan tetap dapat memajukan sistem pendidikan
guru sekaligus berpartisipasi dalam memperluas wawasan ilmu pengetahuan
dan teknologi. Setelah berkembang menjadi Universitas, Sanata Dharma terdorong untuk memperluas program pendidikannya. Di samping tetap
mempertahankan pendidikan guru dengan tetap membuka FKIP, Sanata Dharma membuka beberapa fakultas baru. Universitas Sanata Dharma
sekarang memiliki 8 Fakultas dengan 25 Program Studi, 3 Program Pasca Sarjana, 1 Program Profesi, dan 3 Program Kursus Bersertifikat. Universitas
Sanata Dharma kini mengalami perkembangan yang meliputi berbagai aspek baik sarana fisik, administrasi, peningkatan mutu akdemik, penelitian,
pengajaran, serta pengabdian pada masyarakat. Sejak berdirinya hingga sekarang, Sanata Dharma pernah dipimpin
oleh orang 8 rektor, yaitu: 1.
Prof. Dr. N. Drijarkara, S.J. 1955–1967 2.
Drs. J. Drost, S.J. 1968–1976 3.
Prof. Dr.A.M. Kadarman, S.J. 1977–1984 4.
Drs. F.X. Danuwinata, S.J. 1984–1988 5.
Drs. A. Tutoyo, M.Sc. 1988-1993 6.
Dr. M. Sastrapratedja, S.J. 1993-2001 7.
Dr. Paulus Suparno, S.J., MST 2001-2006 8.
Dr. Ir. Paulus Wiryono Priyotamtama, S.J., M.Sc. 2006 - sekarang