Reparameterisasi – SVD pada RCAM untuk model GAMMI
utama pada tanaman kacang hijau. Pengamatan dilakukan pada lahan percobaan tanpa diinokulasi. Penghitungan dilakukan dalam persentase serangan, namun
kemudian dikalikan dengan total populasi perpetak ulangan. Tabel 5.1 adalah data rataan jumlah dari 3 ulangan dengan pembulatan
untuk cacahan. Karena penyakit karat daun bukan penyakit utama pada kacang hijau dan percobaan dilakukan di lapangan tanpa inokulasi, maka memungkinkan
terjadinya apa yang disebut dengan istilah “escape” yaitu kejadian tanpa serangan. Secara statistika fenomena semacam ini adalah structural zero.
Tabel 5.1 Banyaknya tanaman kacang hijau yang terserang penyakit karat daun
Genotipe Lokasi
Proboliggo Jember
Jombang Bolo
Rasanae MLG
1002 167
100 150
150 MLG
1004 217
250 233
250 MLG
1021 200
217 183
217 MMC
74d Kp1 133
200 183
133 MMC
71d Kp2 200
200 233
367 MMC
157d Kp1 133
150 167
150 MMC
203d Kp5 50
100 67
83 MMC
205e 50
67 100
67 MMC
100f Kp1 50
83 83
83 MMC
87d Kp5 83
117 133
83 MURAI
50 33
33 PER KUTUT
67 133
117 117
Ket: Angka adalah rataan dari 3 ulangan dengan pembulatan cacahan, kecuali yang nol.
Data dianalisis menggunakan software R dengan library VGAM Thomas W. Yee, University of Auckland, New Zealand. Reparameterisasi SVD pada model
RCAM yang digunakan dalam disertasi ini telah penulis diskusikan dengan pengembang VGAM. Reparameterisasi ini sejalan dengan apa yang dilakukan
oleh Turner dan Fifth 2009 pada distribusi Poisson dengan model GAMMI yang diusulkan Van Eeuwijk 1995.
Sebaran yang digunakan adalah sebaran Zero Inflated Poisson ZIP dan Poisson dengan Rank = 0 tanpa interaksi dan Rank = 1 atau 2 untuk struktur
interaksi. Tahapan analisis disajikan sebagaimana Gambar 5.2. Skenario pemilihan model merupakan pilihan penggunaan sebaran ZIP atau Poisson, juga
penggunaan rank untuk menjelaskan interaksi. Kita mengujinya melalui uji nisbah
95 kemungkinan untuk membandingkan model yang diusulkan dengan model penuh
full model yang paling lengkapkompleks. Model biplot adalah model RCAM dengan rank=0 dan SVD pada sisaannya working residual untuk mendapatkan
biplot interaksi dengan rank=2. Model ZIP akan memberikan dua bagian model yaitu bagian logit dan log. Namun perhatian utama adalah pada bagian log
sebagaimana keinginan untuk menilai ketahanan.
Gambar 5.2 Tahapan analisis model GAMMI-ZIP