95 kemungkinan untuk membandingkan model yang diusulkan dengan model penuh
full model yang paling lengkapkompleks. Model biplot adalah model RCAM dengan rank=0 dan SVD pada sisaannya working residual untuk mendapatkan
biplot interaksi dengan rank=2. Model ZIP akan memberikan dua bagian model yaitu bagian logit dan log. Namun perhatian utama adalah pada bagian log
sebagaimana keinginan untuk menilai ketahanan.
Gambar 5.2 Tahapan analisis model GAMMI-ZIP
5.5.2 Ketahanan Genotipe Kacang Hijau terhadap Penyakit Karat Daun
Data adalah data serangan penyakit, angka yang besar menunjukkan kerentanan terhadap adanya serangan. Tabel 5.2 menunjukkan bahwa model ZIP Rank=2
lebih baik dari model aditif pengaruh utama ataupun model interaksi multiplikatif dengan satu suku.
Tabel 5.2 Diagnostik pemilihan rank untuk model GAMMI ZIP dengan uji nisbah kemungkinan likelihood ratio test
Model DB Log-Likelihood
G DF-Chisq p-value
FullModel Rank=4 58
-150.2266 GAMMI Rank=3
50 -150.2266
8 1.00E+00 ns ok
GAMMI Rank=2 40
-160.1218 19.7904
18 3.45E-01 ns
ok GAMMI Rank=1
28 -182.6969
64.9406 30
2.23E-04 bad
Main EffectsRank=0 14
-249.6574 198.8616 44
1.44E-21 bad
Penjelasan struktur interaksi diberikan secara lebih baik oleh model ini, karena model GAMMI-ZIP 2 mampu menerangkan struktur pengaruh utama aditif
dan interaksi multiplikatif sebaik model penuh. Model ini akan memberikan nilai
Uji Nisbah Kemungkinan Data Serangan
HamaPenyakit InokulasiMultilokasi
Formulasi Interaksi Genotipe Lingkungan
Tabel 2-arah
Cacahan
Pengamatan Nol berlebih
GAMMI
ZIP
Rank = 2 Biplot
Log-link Poisson
Rank = 0
dugaan peluang bagi tiap-tiap sel untuk menjadi nol. Terlihat pada tabel 5.3 seluruh baris pada kolom Probolinggo hampir pasti akan menjadi nol, varietas
tahan yaitu Murai memiliki peluang menjadi nol yang sangat besar di Jember. Tabel 5.4 memberikan nilai dugaan model.
Tabel 5.3 Nilai peluang menjadi nol, untuk model GAMMI – ZIP rank = 2
Genotipe Lokasi
Probolinggo Jember
Jombang Bolo
Rasanae MLG 1002
1 MLG 1004
1 MLG 1021
1 MMC 74d Kp1
1 MMC 71d Kp2
1 MMC 157d Kp1
1 MMC 203d Kp5
1 MMC 205e
1 MMC 100f Kp1
1 MMC 87d Kp5
1 MURAI
1 0.999997
0.000002 0.000001
PERKUTUT 1
Biplot model GAMMI-ZIP disajikan pada Gambar 5.3. Keragaman ditunjukkan oleh akar ciri matriks interaksi, kelima akar ciri tersebut berturut-turut
adalah: 1.056, 0.807, 0.696, 0.000, 0.000. Dua akar ciri pertama menjelaskan total keragaman Biplot sebesar 72.8. Genotipe dengan angka rataan serangan
yang relatif sama pada hampir semua lokasi, dikatakan sebagai stabil dan akan terletak dekat dengan titik nol pada biplot. Artinya, titik asal nol biplot tidak
selalu menggambarkan ketahanan genotipe. Probolinggo tergambar dekat titik nol sebagai nol-struktural. Penggunaan model ini didasarkan pada asumsi bahwa kita
menganggap angka nol sebagai nol yang struktural dan nol yang acak. Sebagai nol yang acak model ini akan memberikan nilai peluang sel untuk menjadi nol,
sekaligus nilai dugaan bila tidak nol. Secara umum, model ini akan mempertahankan struktur interaksi data tak-
nol. Posisi MLG1004 dekat dengan titik asal nol, karena pada keempat lokasi selain Probolinggo memiliki angka prediksi serangan seragam dan relatif tinggi
Tabel 5.4. Genotipe ini rentan terhadap penyakit karat daun, genotipe lain yang rentan yaitu MMC71dKp2 dan MLG1021. Varietas Murai memiliki angka
97 prediksi serangan yang paling rendah dan posisinya di dekat titik asal, merupakan
genotipe yang paling tahan. Genotipe lain yang relatif tahan terhadap serangan karat daun antara lain adalah genotipe yang berada di kuadran 4 bersama 2
varietas tahan dan berjarak cukup jauh dari semua lokasi pada Biplot Gambar 5.3, yaitu genotipe MMC205e dan MMC203d Kp5 yang memiliki angka
serangan relatif rendah. Tabel 5.4 Nilai dugaan model GAMMI
– ZIP rank = 2
Genotipe Lokasi
Probolinggo Jember
Jombang Bolo
Rasanae MLG
1002 0.00
134.53 81.58
117.36 119.53
MLG 1004
0.00 165.03
191.73 200.77
202.48 MLG
1021 0.00
146.11 158.59
170.98 177.31
MMC 74d Kp1
0.00 103.89
156.77 152.37
107.97 MMC
71d Kp2 0.00
167.14 167.40
174.68 290.78
MMC 157d Kp1
0.00 108.10
121.14 131.10
119.66 MMC
203d Kp5 0.00
36.63 76.50
58.83 68.05
MMC 205e
0.00 48.82
62.15 64.76
50.26 MMC
100f Kp1 0.00
43.07 70.19
61.69 66.05
MMC 87d Kp5
0.00 70.95
97.10 100.17
65.77 MURAI
0.00 0.00
40.00 27.00
27.00 PER KUTUT
0.00 55.73
109.84 88.28
92.15
Gambar 5.3 Biplot bagian log dari GAMMI-ZIP
-0.6 -0.4
-0.2 0.0
0.2 0.4
0.6 -0
.6 -0
.4 -0
.2 .0
.2 .4
.6
KUI 1 K
U I
2 MLG1002
MLG1004 MLG1021
MMC74d.Kp.1
MMC71d.Kp.2 MMC157d.Kp.1
MMC203d.Kp.5 MMC205e
MMC100f.Kp.1 MMC87d.Kp.5
MURAI PERKUTUT
Probol Jember
Jomban Bolo
Rasanae Probol
Jember
Jomban Bolo
Rasanae Probol
Jember
Jomban Bolo
Rasanae Probol
Jember
Jomban Bolo
Rasanae Probol
Jember
Jomban Bolo
Rasanae