Penderita mengalami viremia yang tinggi dalam 2 hari pertama sakit, dengan jumlah virus 10
8
virusml darah.Viremia berkurang pada hari ke-3 atau ke- 4 demam, dan biasanya menghilang pada hari ke-5, tetapi dapat terjadi sampai
beberapa bulan tergantung daya tahan tubuh penderita Schwartz dan Albert 2010.Silent infection dapat terjadi walaupun sangat jarang yaitu penderita tidak
menunjukkan gejala penyakit tetapi dapat menjadi sumber penularan Schwartz dan Albert 2010.Antibodi yang timbul dari penyakit ini membuat penderita kebal
terhadap serangan virus selanjutnya, sehingga perlu waktu panjang bagi penyakit ini untuk merebak kembali.Infeksi akut ditandai dengan timbulnya IgM terhadap
IgG antichikungunya yang diproduksi sekitar 2 minggu sesudah infeksi Schwartz dan Albert 2010.
Klasifikasi ilmiah virus berdasarkan International Committee on Taxonomy of Viruses
ICTV 2010sebagai berikut:
Kingdom : Virus
Ordo : Togavirales
Famili : Togaviridae
Subfamili : Togavirinae
Group: : Group IV [+ SS RNA]
Genus : Alphavirus
Spesies : Chikungunya Virus CHIKV
Pembuktian ilmiah yang meliputi isolasi dan identifikasi virus baru berhasil dilakukan ketika terjadi wabah di Tanzania 1952-1953.CHIKV pertama kali
disolasi oleh Ross pada kejadian epidemik dengue di wilayah Newala, Tanzania pada tahun 1953. Strain Asia merupakan genotipe yang berbeda dengan virus asal
Afrika. Pemeriksaanvirus dalam tubuh nyamuk antara lain dilakukan dengan mengisolasi virus chikungunya dengan biakan atau dengan teknik Polymerase
Chain Reaction Depkes 2007.
2.3 Polymerase Chain Reaction PCR
PCR ditemukan oleh Kary Mullis pada tahun 1985, merupakan suatu prosedur yang efektif untuk pelipatgandaan amplifikasi DNA. Proses ini mirip
dengan proses replikasi DNA dalam sel, dan bisa menghasilkan lebih dari sejuta kali DNA asli. Hasil pelipatgandaan segmen DNA ini menyebabkan segmen DNA
yang dilipatgandakan tersebut mudah dideteksi karena konsentrasinya tinggi.Pada dasarnya, PCR mampu mengenali dan memperbanyak amplifikasi segmen DNA
sasaran walaupun dalam konsentrasi yang sangat rendah.Reaksi amplifikasi sangat bergantung dari keberadaan enzim polymerase sebagai katalisator, terutama yang
tahan panas.Enzim yang paling terkenal dan paling banyak digunakan adalah polimerase DNA Taq Taq polymerase yang diisolasi dari bakteri tahan panas
thermus aquatic Sudjadi 2008.
Proses pelipatgandaan DNA oleh PCR ini meliputi 3 tahapan yaitu: Pertama melepaskan rantai ganda DNA menjadi dua rantai tunggal DNA melalui proses
denaturasi. Proses denaturasi DNA dilakukan dengan cara menaikkan suhu sampai 95°C, sebelum proses denaturasi ini, biasanya diawali dengan proses
denaturasi inisial untuk memastikan rantai DNA telah terpisah sempurna menjadi rantai tunggal;Kedua adalah anneling atau pemasangan dua rantai primer pada
kedua rantai DNA tersebut. Primer merupakan oligonukleotida yang berfungsi sebagai pemancing amplifikasi molekul DNA, yang terdiri atas dua macam yaitu
forward dan reverse. Primer forward mengawali amplifikasi cetakan DNA ke
arah kanan dengan arah sintesis dari ujung 5’P ke 3’OH, sebaliknya primer reverse
mengawali amplifikasi cetakan DNA ke arah kiri. Dengan adanya kedua primer tersebut, maka gen target akan teramplifikasi sepanjang PCR berlangsung.
Primer terdiri dari 18-24 deret basa nukleotida dan biasanya dapat dipasangkan dengan DNA yang akan dideteksi. Proses pemasangan primer dengan DNA yang
akan dideteksi ini membutuhkan suhu optimum sesuai dengan kebutuhan primer tersebut, dan dilakukan dengan cara menurunkan suhu antara 37-
60°C;Ketigaadalahextension atau perpanjangan. Pada proses ini
deoksiribonukleotida trifosfat dNTP, yang sebelumnya telah ditambahkan dalam pereaksi, menyebabkan primer yang tadinya hanya 18-24 deret basa nukleotida
akan memperoleh tambahan basa nukleotida yang terdapat di dNTP dan kemudian menjadi sepanjang segmen DNA yang dilipatgandakan itu. Proses ini dibantu oleh
adanya enzim DNA polimerase dan enzim ini bekerja optimum pada suhu 72°C. dNTP merupakan kumpulan 4 jenis basa nukleotida A,G,C dan T yang terikat
pada 3 gugus fosfat dan masing-masing berdiri bebas sampai enzim DNA polimerase mengkatalis pengikatannya pada primer. Setelah siklus PCR berakhir,
proses final extension dilakukan selama 5-15 menit pada suhu yang lebih rendah dari ekstensi untuk menjamin semua rantai tunggal DNA telah terbentuk
sepenuhnya. Ketiga proses ini dilakukan berulang-ulang sampai jumlah kelipatan DNA sesuai kebutuhan Sudjadi 2008.
2.4 Teknik PCR Untuk Mendeteksi Virus Chikungunya
