25 menghalangi  penetrasi  sinar  matahari  yang  secara  langsung  akan  menghambat
proses  fotosintesis  yang  dilakukan  oleh  fitoplankton  sehingga  berakibat berkurangnya  pasokan  oksigen.  Kedua  secara  langsung  kandungan  TSS  yang
tinggi dapat mengganggu biota Effendi, 2003. Nybakken 1992 menambahkan bahwa semakin tinggi nilai TSS maka dapat mangakibatkan penurunan kedalaman
eufotik yang menyebabkan semakin berkurang pula perairan produktif.
2.3.2 Kebutuhan Oksigen Biokimia dan Kimiawi BOD
5
Bahan  organik  yang  mengalir  pada  saluran  air  sangat  sulit  untuk dipisahkan  sesuai  dengan  yang  ditujukan.  Hal  tersebut  dikarenakan  limbah
tersebut langsung tercampur dengan segala bahan yang ada pada saluran tersebut. Oleh  karena  itu  tidak  ada  tes  khusus  yang  menyediakan  pengukuran  secara
spesifik.  Namun  demikian  terdapat  3  cara  pengukuran  yang  pada  umumnya digunakan untuk memperkirakan kandungan bahan organik di perairan.  Effendi,
2003  menyatakan  bahwa  tiga  cara  tersebut  adalah  dengan  memperkirakan Biological Oxygen Demand
BOD, Chemical Oxygen Demand COD dan Total Organik Carbon
TOC. BOD merupakan jumlah oksigen yang didigunakan dalam proses biokimia
bahan  organik  oleh  organisme  yang  terdapat  dalam  air,  pada  keadaan  aerobik yang diinkubasi pada suhu 20
C selam 5 hari BOD
5
APHA, 2005. Pengukuran dengan dilakukan inkubasi selama 5 hari ditujukan untuk meminimalkan oksidasi
amonia  yang  juga  mengkonsumsi  oksigen.  Proses  oksidasi  amonia  nitrifikasi berlangsung  pada  hari  ke  8-10,  sehingga  dengan  masa  inkubasi  5  hari
diperkirakan  70-80  bahan  organik  telah  mengalami  oksidasi  Effendi,  2003. Nilai BOD
5
di suatu perairan dapat dijadikan petunjuk dalam menentukan tingkat pencemaran bahan organik suatu perairan Tabel 4.
Tabel 4 Kriteria tingkat pencemaran perairan berdasarkan konsentrasi BOD
5
Konsentrasi BOD
5
ppm Tingkat Pencemaran
2.90 Tidak Tercemar
3.00 - 5.00 Tercemar Ringan
5.10 – 14.90
Tercemar Sedang 15.00
Tercemar Berat Sumber : Lee et al. 1978 in Rafni 2004
26
2.3.3 Unsur Nitrogen NH
3
, NO
2
, NO
3
Diantara dissolved nutrient yang ada, nitrogen merupakan penyebab utama terjadinya  eutrofikasi  Elser  et  al.,  1990  in
González-Alcaraz  et  al.,  2010 .
Nitrogen  dan  senyawanya  tersebar  sebanyak  78  di  atmosfer  bumi  Effendi, 2003.  Meskipun  dalam  jumlah  yang  melimpah,  namun  demikian  tidak  bisa
dimanfaatkan  secara  langsung  oleh  organisme  Dugan,  1972  in  Effendi,  2003. Nitrogen  harus  mengalami  fiksasi  terlebih  dahulu  menjadi  NH
3
amonia,  NH
4
amonium,  NO
3
nitrat.  Fiksasi  nitrogen  atmosfer  oleh  akar  yang  berasosiasi dengan  bakteri  merupakan  sumber  nitrogen  yang  penting  bagi  tumbuhan  darat
Hogarth, 2007. Nitrogen diperairan dibedakan menjadi dua yaitu nitrogen anorganik yang
terdiri dari amonia NH
3
, amonium NH
4
, nitrit NO
2 ,
nitrat NO
3
, dan molekol nitrogen N
2
dalam bentuk gas. Sedangkan dalam bentuk organik berupa protein, asam  amino  dan  urea.  Bentuk-bentuk  nitrogen  tersebut  mengalami  transformasi
baik dengan melibatkan atau tidak melibatkan makrobiologi maupun mikrobiologi sebagai bagian dari siklus nitrogen.
Nasib  nitrogen  di  lahan  basah  meliputi  :  1  rilis  ke  air  pasang  dan diekspor  ke  lingkungan  air  sekitarnya;  2  adsorpsi  ke  partikel  sedimen,  3
penyerapan dan asimilasi oleh tanaman termasuk makroalga dan plankton, dan 4 konversi  mikroba,  khususnya  dalam  proses  nitrifikasi  dan  denitrifikasi  Tam  et
al., 2009.  Nitrifikasi  adalah  proses  aerobik  yang  mengoksidasi  NH
4 +
menjadi NO
3 -
,  Sedangkan  denitrifikasi  adalah  proses  heterotrofik  anoxic  yang  mereduksi NO
3 -
menjadi  gas  N
2
ke  atmosfer.  Proses  Nitrifikasi  dan  denitrifikasi  diyakini menjadi mekanisme penting dan dalam jangka panjang, khususnya untuk loading
nitrogen tingkat tinggi Ullah and  Faulkner, 2006.  Adapun proses tersebut  yang terjadi  pada  ekosistem  mangrove  untuk  lebih  jelasnya  ditampilkan  pada  Gambar
4.