Sejarah SMA Negeri 2 Wates
                                                                                h. Tahun 19901991 pembangunan  pagar sekolah  dan  pemasangan telepon.
i. Tahun 19911992 serah terima jabatan kepala sekolah dari bapak Drs.
Prasetyo kepada Ibu Sri Hartini, B.A. Mengadakan lustrum II. j.
Tahun 19921993 jumlah kelas menjadi 12, dengan jumlah siswa 268, jumlah guru tetap 42 tidak tetap 1 dan karyawan 15 orang.
k. Tahun 19931994 pendaftar meningkat pesat menjadi 323 pendaftar, sedang daya tampung terbatas 4 kelas 144 siswa.
l. Tahun 19941995 pencanangan  pembangunan  masjid  SMA  N  2
Wates  dan  pergantian  kepala  sekolah  dari  ibu  Sri  Hartini, B.A. kepada Bp. Drs. H.Sj. Subakir.
m. Tahun 19951996 berakhirnya  program  A1,  A2,  A3  dan  diganti dengan jurusan IPA dan IPS.
n. Tahun 19961997 peresmian masjid SMA N 2 Wates oleh Kakanwil Depdikbud  DIY  bapak  Drs. Rusli  Rahman  dengan  nama  masjid
“Da’imatul Jannah”. Melaksanakan lustrum III. o. Tahun 19971998 perkembangan pesat koperasi siswa sehingga dapat
membeli  mesin photocopy. Selesainya  pembangunan  ruang  ganti pakaian putri, putra dan peralatan olah raga.
p. Tahun 19981999 serah terima kepala sekolah dari Bapak Drs. H.Sj. Subakir kepada Bp. Tugiran, S.Pd.
q. Tahun 20002001 disempurnakan  lapangan  basket,  lapangan footsal, tersedianya ruang agama Kristen dan Katolik.
r. Tahun 20032004 pembangunan  ruang  komputer  untuk guru  oleh
Komite SMA N 2 Wates. s. Tahun 20042005 kegiatan  pembelajaran  mulai moving kelas,
aktifnya  akses  internet  SMA  N  2  Wates.  Terjadi  pergantian  kepala sekolah  dari  Bp.  Tugiran,S.Pd  kepada  Bp.  Drs.H.Mudjijono,  karena
Bp.  Tugiran,S.Pd  memasuki  masa  pensiun.  Dilengkapinya  TV,  dan VCD diruang- ruang kelas. Pembangunan pagar sepanjang 100 meter
yang roboh karena gempa 26 Mei 2006. t.
Dimulainya  program  Rintisan  Sekolah  Berstandar  Internasional RSBI di Kulon Progo oleh SMA N 2 Wates.
                