Siganus sp., rajungan Portunus sp., udang putih Peneaus margueinsis, serta hasil tangkapan sampingan adalah balanak Valamugil sp., senangin
Eleutheronema sp., layur Trichiurus sp., cendro Tylosurus sp., bambangan Lutjanus sp., kerapu Epinephelus sp., kakap Lates sp., pari Trygon spp.,
buntal Tetraodon spp., cumi-cumi Loligo sp., kepiting bakau Scylla sp., dan udang windu Penaeus sp. dan Tenriware 2009.
2.4 Ekosistem Perairan
2.4.1 Ekosistem muara sungai estuaria
Estuaria adalah perairan yang semi tertutup yang berhubungan bebas dengan laut terbuka dan menerima masukan air tawar dari daratan melalui sungai,
sehingga air laut dengan salinitas tinggi dapat bercampur dengan air tawar Pritchard 1967. Secara ekologis, estuaria adalah daerah yang merupakan tempat
bertemunya arus sungai dengan arus pasang surut. Pertemuan kedua arus menghasilkan menghasilkan suatu komunitas yang khas, dengan kondisi
lingkungan yang bervariasi. Kondisi perairan estuaria sangat berpengaruh terhadap biota yang menghuninya. Odum 1993 beberapa sifat fisika-kimia
estuaria berpengaruh penting terhadap kehidupan organisme diantaranya salinitas, suhu, substrat dan bahan organik, sirkulasi air, dan pasang surut.
Secara umum estuaria mempunyai peran ekologis penting antara lain : sebagai sumber zat hara dan bahan organik yang diangkut lewat sirkulasi
pasangsurut tidal circulation, penyedia habitat bagi sejumlah spesies hewan yang bergantung pada estuaria sebagai tempat berlindung dan tempat mencari
makanan feeding ground dan sebagai tempat untuk bereproduksi danatau tempat tumbuh besar nursery ground terutama bagi sejumlah spesies ikan dan
udang. Estuaria merupakan habitat dari ratusan jenis burung, mamalia, ikan, dan hewan liar lainnya Odum 1993. Secara ekonomi perairan estuaria dimanfaatkan
manusia untuk
tempat pemukiman,
tempat penangkapan
dan budidaya ikan, jalur transportasi, pelabuhan, dan kawasan industri Bengen 2004.
Produktivitas estuaria bertumpu pada bahan organik yang terbawa masuk estuaria melalui aliran sungai atau arus pasang surut air laut Tuwo 2011.
Dikatakan lebih lanjut bahwa perairan estuaria mengandung bahan organik hingga
110 mg per liter, sedangkan perairan laut terbuka hanya mengandung bahan organik 1-3 mg liter. Jejaring makanan pada daerah estuaria cenderung bersifat
terbuka karena organisme yang menghuninya kebanyakan jenis hewan yang sifatnya hidup sementara pada daerah estuaria. Produktivitas primer pada
perairam estuaria pun sangat terbatas dan hanya dihasilkan oleh beberapa jenis alga, rumput laut, diatom bentik dan fitoplankton. Namun demikian, bahan
organik berupa detritus yang terendapkan pada estuaria membentuk substrat yang penting bagi tumbuhnya alga dan bakteri, yang kemudian menjadi sumber
makanan bagi organisme pada tingkat trofik yang lebih tinggi Tuwo 2011.
2.4.2 Ekosistem mangrove
Hutan mangrove adalah hutan pantai yang selalu atau secara teratur tergenang air laut dan dipengaruhi oleh pasang surut laut Fachrul 2007. Lebih
lanjut dikatakan bahwa hutan mangrove dan ekosistemnya merupakan hutan yang menempati zona neritik yang berbatasan dengan daratan coastal wetland, yakni
daerah pantai yang seringkali tergenang air asin din pantai-pantai terlindung daerah tropika dan subtropika. Meskipun daerah itu hanya 10 luas laut,
namun menampung 90 kehidupan laut Suryoatmodjo 1996 dalam Fachrul 2007.
Secara ekologis, ekosistem mangrove merupakan penopang ekosistem pesisir lainnya karena mempunyai saling keterkaitan, terutama ekosistem lamun
dan terumbu karang. Ekosistem mangrove mempunyai fungsi sebagai penghasil detritus, sumber nutrien, dan bahan organik yang dapat dibawa oleh arus ke
ekosistem padang lamun dan terumbu karang. Tuwo 2011 mengemukakan bahwa ketiga ekosistem ini mempunyai keterkaitan dimana, ekosistem lamun
berfungsi sebagai penghasil bahan organik dan nutrien yang dibawa oleh arus ke ekosistem terumbu karang. Ekosistem lamun juga berfungsi berfungsi sebagai
perangkap sedimen sehingga sedimen tersebut tidak menganggu kehidupan terumbu karang. Sedangkan ekosistem terumbu karang berfungsi sebagai
pelindung pantai dari hempasan ombak, gelombang, dan arus laut. Ekosistem mangrove juga berperan sebagai habitat atau tempat tinggal, tempat mencari
makan feeding ground, tempat asuhan dan pembesaran nursery ground, tempat
pemijahan spawning ground bagi organisme yang hidup di padang lamun ataupun terumbu karang Nybakken 1988; Tomascik et al. 1997.
2.4.3 Ekosistem lamun
Lamun merupakan kelompok tumbuhan berbunga Angiospermae yang tumbuh di bawah permukaan air di lingkungan bahari. Fortes 1989 menyatakan
bahwa padang lamun memainkan suatu spektrum yang luas dari fungsi biologis dan fisik atau lamun memainkan peranan kunci ekologis antara lain sebagai
habitat biota, produser primer, perangkap sedimen serta berperan sebagai pendaur ulang hara dan elemen kelumit trace element. Lebih dipertegas oleh Nienhuis et
al. 1989 peranan lamun adalah antara lain : 1 produser primer, 2 sebagai habitat biota, 3 sebagai penangkap sedimen, 4 sebagai pendaur zat hara, dan 5
sebagai makanan dan kebutuhan lain. Ekosistem padang lamun dihuni berbagai jenis ikan yang bernilai ekonomis tinggi, antara lain : Siganus spp., Lethrinus
spp., Lutjanus spp., Epinephelus sp., Lates sp., Lisa sp., dan Upeneaus sp. Tuwo 2011
Ekosistem padang lamun bukanlah suatu ekosistem yang terisolasi tetapi merupakan bagian dari berbagai ekosistem yang saling berinteraksi secara
ekologis terutama dalam ekosistem pantai perairan dangkal di laut tropik. UNESCO 1983 mengelompokkan dalam 5 lima bentuk interaksi antara
ekosistem terumbu karang, mangrove, dan padang lamun yaitu interaksi fisik, nutrien dan bahan organik terlarut, bahan organik berbutir, ruaya hewan, dampak
manusia. Adanya interaksi yang timbal balik dan saling mendukung, maka secara ekologis lamun mempunyai peran yang cukup besar bagi ekosistem pantai tropik.
2.5 Parameter Kualitas Perairan
Pengaruh beberapa parameter oseanografi terhadap proses biologi bervariasi menurut skala waktu dan jarak Mann dan Lazier 1991. Suhu, salinitas, densitas,
arus, kadar oksigen dan kadar nutrien merupakan parameter oseanografi yang banyak mempengaruhi proses biologis dalam berbagai skala waktu dan ruang.
Proses fisik tersebut dapat mempengaruhi produktivitas perairan.
