Suhu perairan Parameter Kualitas Perairan
Hatta 2009 di permukaan Perairan Barru yang jauh dari pantai yaitu 30,0-35,0 ppm dengan rata-rata 31,30 ppm dan pada kedalaman 25 m didapatkan 30,0-35,0
ppm dengan rata-rata 31,70 ppm. Sementara Poppo et al. 2009 mendapatkan kisaran salinitas yang lebih rendah antara 29,0-32,0 ppm di perairan pantai
kawasan industri perikanan Kabupaten Jembrana Bali pada bulan Mei-Juni 2008. Bervariasinya sebaran salinitas disetiap daerah tersebut disebabkan oleh berbagai
faktor seperti topografi perairan, masukan air tawar, curah hujan, pasang surut dan lain-lain. Perubahan salinitas di perairan bebas relatip lebih kecil dibandingkan
dengan yang terjadi di perairan pantai. Salah satu faktor yang menyebabkan demikian, karena disebabkan perairan pantai banyak dimasuki oleh air tawar dari
muara-muara sungai terutama pada musim hujan Laevastu dan Hela 1981. Hadikusumah et al. 2001 bahwa di dalam perairan estuari seringkali
didominasi oleh proses percampuran dan penyebaran air tawar ke arah lepas pantai dan masukan air tawar. Kondisi demikian akan menyebabkan terjadinya
interaksi antara air tawar dan air laut. Interaksi antara air tawar dan air laut di perairan estuari perlu difahami karena dapat memepengaruhi penyebaran suhu,
salinitas, kekeruhan dan sebagainya. Adanya perubahan suhu dapat menyebabkan terjadinya sirkulasi dan stratifikasi air yang secara langsung maupun tidak
langsung berpengaruh terhadap distribusi air. Wenno 2003 menyatakan bahwa adanya interaksi antara daratan dengan Selat Makassar menyebabkan nilai rata-
rata salinitas pada lapisan permukaan sedikit berfluktuasi yaitu berkisar antara 30,4-33,7 psu dan mengalami penambahan dengan bertambahnya kedalaman dan
mencapai maksimum pada kedalaman 100 m 34,6 ±0,11 psu, kemudian sedikit menurun sampai pada lapisan 300 m. Sementara Azis 2007 menyatakan bahwa
salinitas rata-rata di bagian permukaan lebih rendah jika dibandingkan dengan salinitas rata-rata di bagian dasar pada kondisi pasut menuju pasang. Rendahnya
salinitas tersebut disebabkan karena adanya pengaruh dari daratan dan intrusi air tawar dari sungai Binuangeun yang menuju laut. Hal ini berarti bahwa aliran
sungai sangat mempengaruhi salinitas di perairan estuaria.