Upaya optimalisasi juga harus memperhatikan kondisi potensi SDI untuk mengetahui kondisi aktual dari kegiatajn penangkapan ikan. Pengelolaan harus
dilakukan dengan tepat, dimana pemanfaatan SDI dilakukan dengan TPI tepat guna terpilih dengan jumlah yang tidak boleh melebihi jumlah optimal agar daya
dukung perairan dan potensi SDI tetap terjaga keberlanjutannya. Keberlanjutan ini tidak hanya secara biologi, namun juga secara ekonomi.
Pemanfaatan SDI di kawasan konservasi perairan, seperti telah diuraikan sebelumnya, tidak bisa dilakukan sama dengan pemanfaatan SDI di perairan
umum. Pemanfaatan potensi SDI di kawasan konservasi perairan harus memperhatikan tingkat keberlanjutan dari SDI yang ada. Eksploitasi terhadap
ikan tertentu juga tidak boleh dilakukan secara intensif karena akan berakibat pada ketidakseimbangan ekosistem, yaitu punahnya spesies ikan tersebut atau
boomingnya spesies yang lain.
6.3.2 Peningkatan kapasitas kelembagaan
Peningkatan kapasitas kelembagaan bukan hanya untuk meningkatkan kualitas lembaga perikanan tangkap yang ada namun guna menciptakan
sinergisitas antar lembaga terkait. Selama ini masalah yang muncul lebih disebabkan karena kurangnya koordinasi antar lembaga yang terlibat dalam
kegiatan pengelolaan Karimunjawa. Pengelolaan bersama yang seharusnya dilakukan koordinasi oleh BTNKJ sebagai otoritas pengelola mengacu pada
pendapat Cerroni 2010 adalah: 1 membuat aturan pengelolaan dan pengawasan ekosistem secara bersama-sama; 2 mengkoordinasi tim monitoring
yang melibatkan stakeholders terkait; 3 merencanakan bagaimana cara berkomunikasi yang baik dalam setiap kegiatan yang dilakukan; dan 4
mendiskusikan bagaimana cara implementasi intervensi pengelolaan. Kewenangan urusan pemerintahan di bidang konservasi kawasan perairan
dan konservasi jenis ikan, seperti telah diurakan sebelumnya, sampai saat ini masih dilaksanakan oleh lebih dari satu instansi, dengan mengacu pada
peraturan perundangan yang berbeda, sehingga menimbulkan tumpang tindih dalam kewenangannya dan berakibat pada benturan kepentingan dalam
pengelolaannya. Hal tersebut pada akhirnya berakibat pada ketidakoptimalan dalam pengelolaan yang dilakukan. Setiap instansi atau sektor hanya memikirkan
bidang tugas dan kepentingannya tanpa melihat adanya peluang koordinasi, komunikasi dan kerjasama bagi terwujudnya pengelolaan SDI yang lebih efisien,
efektif dan berkelanjutan. Kuatnya kepentingan sektoral telah menghambat terjalinnya koordinasi dan kerjasama dalam pengelolaan SDI. Akibat lanjut dari
kecenderungan tersebut adalah terkotak-kotaknya wilayah SDI berdasarkan batas-batas administratif dan kepentingan politik dan ekonomi. Obyek yang
sama bisa menjadi lahan eksploitasi dan pertarungan kepentingan berbagai sektor, sehingga menyebabkan degradasi lingkungan dan penegasian
konservasi sumber daya alam hayati secara signifikan. Penguasaan dan pengelolaan sumber daya sangat ditentukan oleh sistem
kelembagaan yang berlaku dalam suatu kelompok masyarakat Rustiadi et al. 2008. Sistem nilai yang berlaku dalam suatu kelompok masyarakat, dapat
menentukan pembagian lahan atau perairan bagi anggota masyarakat. Kelembagaan institution, sebagai kumpulan aturan main rules of game dan
organisasi, berperan penting dalam mengatur penggunaan atau alokasi sumber daya secara efisien, merata, dan berkelanjutan. Kelembagaan tidak hanya
sekedar organisasi. Selama ini terjadi kesalahpahaman karena kelembagaan sering diidentikkan dengan sistem organisasi. Dalam konsep ekonomi
kelembagaan institutional economics, organisasi merupakan suatu bagian unit pengambil keputusan yang didalamnya diatur oleh sistem kelembagaan atau
atural main behavior rule. Aturan main mencakup kisaran yang luas dari bentuk yang berupa konstitusi dari suatu negara, sampai kepada kesepakatan antara
dua pihak individu tentang suatu pembagian manfaat dan beban biaya yang harus ditanggung oleh masing-masing pihak guna mencapai tujuan tertentu. Oleh
karena itu unsur-unsur kelembagaan yang mengatur transaksi pertukaran manfaat-biaya antar pihak menjadi sangat penting.
Dimensi hukum dan kelembagaan dalam pembangunan dan pengelolaan perikanan berkelanjutan dapat tercapai apabila seluruh pengguna stakeholders
memiliki komitmen pengendalian diri untuk tidak merusak lingkungan, tetapi ikut serta menjaga kelestarian lingkungan. Hal ini dapat dipenuhi melalui penerapan
sistem peraturan dan perundangan yang berwibawa dan konsisten. Koordinasi yang dapat dilakukan di antaranya adalah:
1 Koordinasi wilayah teritorial, yaitu koordinasi yang dilakukan antara dua atau lebih pemerintah daerah dari tingkat desa atau kecamatan hingga
tingkat kabupaten atau provinsi. Misalnya antara Kecamatan Karimunjawa dengan Pemda Kab. Jepara, atau antara Pemda Kab. Jepara dengan
Pemprov. Jawa Tengah.
