Peningkatan kapasitas kelembagaan Strategi Pengelolaan Perikanan Tangkap di Karimunjawa
efektif dan berkelanjutan. Kuatnya kepentingan sektoral telah menghambat terjalinnya koordinasi dan kerjasama dalam pengelolaan SDI. Akibat lanjut dari
kecenderungan tersebut adalah terkotak-kotaknya wilayah SDI berdasarkan batas-batas administratif dan kepentingan politik dan ekonomi. Obyek yang
sama bisa menjadi lahan eksploitasi dan pertarungan kepentingan berbagai sektor, sehingga menyebabkan degradasi lingkungan dan penegasian
konservasi sumber daya alam hayati secara signifikan. Penguasaan dan pengelolaan sumber daya sangat ditentukan oleh sistem
kelembagaan yang berlaku dalam suatu kelompok masyarakat Rustiadi et al. 2008. Sistem nilai yang berlaku dalam suatu kelompok masyarakat, dapat
menentukan pembagian lahan atau perairan bagi anggota masyarakat. Kelembagaan institution, sebagai kumpulan aturan main rules of game dan
organisasi, berperan penting dalam mengatur penggunaan atau alokasi sumber daya secara efisien, merata, dan berkelanjutan. Kelembagaan tidak hanya
sekedar organisasi. Selama ini terjadi kesalahpahaman karena kelembagaan sering diidentikkan dengan sistem organisasi. Dalam konsep ekonomi
kelembagaan institutional economics, organisasi merupakan suatu bagian unit pengambil keputusan yang didalamnya diatur oleh sistem kelembagaan atau
atural main behavior rule. Aturan main mencakup kisaran yang luas dari bentuk yang berupa konstitusi dari suatu negara, sampai kepada kesepakatan antara
dua pihak individu tentang suatu pembagian manfaat dan beban biaya yang harus ditanggung oleh masing-masing pihak guna mencapai tujuan tertentu. Oleh
karena itu unsur-unsur kelembagaan yang mengatur transaksi pertukaran manfaat-biaya antar pihak menjadi sangat penting.
Dimensi hukum dan kelembagaan dalam pembangunan dan pengelolaan perikanan berkelanjutan dapat tercapai apabila seluruh pengguna stakeholders
memiliki komitmen pengendalian diri untuk tidak merusak lingkungan, tetapi ikut serta menjaga kelestarian lingkungan. Hal ini dapat dipenuhi melalui penerapan
sistem peraturan dan perundangan yang berwibawa dan konsisten. Koordinasi yang dapat dilakukan di antaranya adalah:
1 Koordinasi wilayah teritorial, yaitu koordinasi yang dilakukan antara dua atau lebih pemerintah daerah dari tingkat desa atau kecamatan hingga
tingkat kabupaten atau provinsi. Misalnya antara Kecamatan Karimunjawa dengan Pemda Kab. Jepara, atau antara Pemda Kab. Jepara dengan
Pemprov. Jawa Tengah.
2 Koordinasi fungsional, antara dua atau lebih instansi atau kementerian yang menjalankan fungsi-fungsi terkait. Misalnya kegiatan perikanan di TNKJ
memerlukan koordinasi antara DKP Kab. Jepara dengan DKP Prov. Jawa Tengah, antara BTNKJ Kemhut dengan DKP KKP dalam pengelolaan
perikanan yang bertanggung jawab dan berkelanjutan di TNKJ guna peningkatan kesejahteraan masyarakat dan keberlanjutan SDI.
3 Koordinasi instansional, yaitu koordinasi antara beberapa instansi untuk menangani urusan tertentu. Dalam hal ini misalnya antara kementerian
kehutanan Kemhut selaku pengelola TNKJ, dengan DKP Kab. Jepara dan DKP Prov. Jateng selaku pengelola kegiatan perikanan, serta Dinas
Pariwisata selaku pengelola kegiatan pariwisata. Koordinasi dan komunikasi yang baik akan menciptakan keselarasan pengelolaan dan saling
memberikan masukan untuk perbaikan pengelolaan.