Ekosistem atau habitat di TNKJ 1 Terumbu karang
dan penelitian. Banyaknya pengunjung yang datang untuk berlibur berwisata dan melakukan penelitian merupakan manfaat secara tidak langsung dari
keberadaan ekosistem terumbu karang. Selain itu, terumbu karang juga dapat bermanfaat sebagai tempat budidaya kerapu dan rumput laut dan penahan
gempuran gelombang atau erosi. Salah satu ancaman terhadap terumbu karang adalah penangkapan ikan
dengan menggunakan jaring muroami. Berdasarkan kegiatan yang dilakukan oleh WCS pada tahun 2002-2003 mengenai studi sosial-ekonomi dan ekologi
perikanan muroami di Karimunjawa WCS 2009, bahwa spesies target utama perikanan muroami adalah ikan ekor kuning dan banyak kasus menunjukkan
dampak langsung kerusakan fisik terumbu karang. Menurut Mukminin et al. 2006, tekanan aktivitas perikanan terhadap terumbu karang meningkat rata-rata
sebesar 26 trip per km
2
setiap tahunnya.
2 Padang lamun
Struktur komunitas padang lamun di Kepulauan Karimunjawa berdasarkan survei yang dilakukan oleh WCS tahun 2004 tersusun atas 9 spesies, yaitu
Enhalus acoroides, Halophila ovalis, Thalassia hemprichi, Cymodocea rotundata, Halodule uninervis, Halodule pinifolia, Halophila minor, Syringodium isoetilium,
Thalassodendron ciliatum. Persentase penutupan padang lamun di wilayah Karimunjawa berkisar antara 9-83. Wilayah Kemujan berkisar antara 5,6-70,
dan di wilayah Parang berkisar antara 1-65 WCS 2009. Padang lamun merupakan habitat bagi beberapa organisme laut. Padang
lamun memiliki fungsi secara ekologis diantaranya sebagai produsen detritus dan zat hara; mengikat sedimen dan menstabilkan substrat yang lunak; tempat
berlindung, mencari makan, tumbuh besar dan daerah pemijahan bagi beberapa jenis biota laut. Padang lamun selain memiliki fungsi secara ekologis, dapat juga
dimanfaatkan sebagai tempat kegiatan budidaya laut berbagai jenis ikan, kerang- kerangan dan tiram, tempat rekreasi dan sumber pupuk hijau WCS 2009.
Ancaman terhadap padang lamun menurut WCS 2009 adalah degradasi lingkungan perairan yang diakibatkan oleh kegiatan manusia, di antaranya
pengerukan yang berkaitan dengan pembangunan pemukiman pinggir laut, pelabuhan, industri, saluran navigasi, pencemaran limbah industri terutama
logam berat dan senyawa organoklorin, pembuangan sampah organik, pencemaran oleh limbah pertanian dan pencemaran minyak.
3 Mangrove
Taman Nasional karimunjawa mempunyai ekosistem mangrove yang relatif masih asli dan tersebar hampir di seluruh kepulauan Karimunjawa dengan luasan
yang berbeda-beda. Mangrove tumbuh di daerah pasang surut yang tergenang pasang dan bebas dari genangan pada saat surut dan komunitas tumbuhannya
bertoleransi terhadap garam. Kawasan Taman Nasional Karimunjawa memiliki habitat mangrove yang masih asli dan tersebar hampir di seluruh kepulauan
Karimunjawa dengan luasan yang berbeda-beda. Luas hutan mangrove yang terdapat di dua pulau terbesar yaitu pulau Karimunjawa dan Kemujan menurut
WCS 2009 adalah seluas 396,90 Ha. Berdasarkan wawancara dengan pegawai BTNKJ, luasan hutan mangrove di TNKJ masih sama, dan saat ini
tengah dilakukan program rehabilitasi hutan mangrove dan penambahan kegiatan pengawasan untuk mengurangi tindakan perusakan mangrove.
Berdasarkan hasil dari kegiatan inventarisasi penyebaran mangrove di TNKJ tahun 2002 BTNKJ 2010 ditemukan 44 spesies mangrove yang termasuk
dalam 25 famili. Dalam kawasan pelestarian ditemukan 25 spesies mangrove sejati dari 13 famili dan 18 spesies mangrove ikutan dari 7 famili. Sedang di luar
kawasan ditemukan 5 spesies mangrove ikutan dari 5 famili berbeda. Pada tingkat tiang dan pohon hutan mangrove di kawasan Pulau Karimunjawa dan
Kemujan didominasi jenis Excoecaria agallocha. Jenis yang penyebarannya paling luas adalah Rhizopora stylosa.
Ancaman pada ekosistem mangrove berupa perambahan kawasan mangrove menjadi areal tambak dan kebun, serta penebangan jenis tertentu
Lumnitzera littorea dan Bruguiera sp sebagai bahan membangun rumah. Jenis tertentu juga diambil kulitnya untuk mewarnai kapal, pengambilan rating dan kayu
dengan diameter kurang dari 10 cm untuk kayu bakar. Adanya penebangan hutan mangrove yang dilakukan petani setempat juga menjadi ancaman
pertumbuhan dan perkembangan penyu sisik. Tak hanya itu, adanya polutan yang berasal dari kapal yang lewat dan singgah juga mengancam keberadaan
penyu sisik. Polutan tersebut menurunkan kualitas air laut sebagai habitat penyu sisik. Akibatnya, selain perkembangannya terhambat, mereka juga bermigrasi ke
perairan yang lebih aman. Fungsi hutan mangrove menurut WCS 2009 secara fisik dapat menjaga
garis pantai dan tebing sungai dari abrasi, mengendalikan intrusi air laut dan melindungi daerah di belakang mangrove dari hempasan gelombang dan angin
kencang. Mangrove juga dapat berfungsi secara biologis sebagai tempat mencari makan, memijah dan berkembang biak jenis ikan, udang dan biota laut
lainnya. Hutan mangrove secara ekonomi merupakan sumber kayu pertukangan dan bangunan, arang, tanin dan lahan wisata. Bentuk dan karakteristik pohon
mangrove yang unik merupakan modal untuk tujuan wisata. Mangrove juga merupakan habitat bagi berbagai jenis burung, di Karimunjawa jenis burung yang
banyak dijumpai di hutan mangrove diantaranya adalah elang laut perut putih Heliantus leucogaster, merbah cerucuk Pycnobotus goiavier dan pergam hijau
Dudula aenea.