Gapoktan melalui penerbitan SP2D diatur lebih lanjut oleh Kementerian Keuangan. Mekanisme penyaluran lengkap pada Lampiran 20.
5.5.3 Organisasi PUAP
Organisasi  di  semua  level  telah  memiliki  kewenangan  yang  jelas, Pembagian kewenangan yang terdiri dari tim pengarah dan pelaksana, mulai level
pusat, Propinsi,  kabupaten,  kecamatan  sampai  desa  sudah  dibagi  diantara  para pihak  secara  jelas  termasuk  pembiayaan  tiap  tahapan  kegiatan  juga  ditetapkan
dengan  jelas. Pengaturan  kewenangan  ditetapkan  oleh  Menteri  Pertanian  dalam pedoman umum PUAP. Tugas utama tim pengarah di pusat adalah merumuskan
kebijakan umum dalam pengembangan PUAP baik dengan instansi pusat dengan PNPM Mandiri maupun dengan instansi daerah.  Sedangkan tim pelaksana pusat
bertugas melaksnakan seluruh kegiatan PUAP mulai dari persiapan, pelaksanaan, pengendalian, monitoring dan evaluasi.
Pengaturan  kewenangan  di  level Propinsi diserahkan  kepada  Gubernur yang juga merupakan tim pengarah PNPM mandiri Propinsi dan sekertaris kepala
Balai Pengkajian Teknologi Pertanian BPTP. Tugas utama tim pembina PUAP Propinsi adalah merumuskan Petunjuk pelaksanaan Juklak PUAP sesuai kondisi
wilayah  sebagai  penjabaran  dari  kebijakan  umum  yang  dirumuskan  dalam Pedoman Umum oleh tim PUAP Pusat.
Kewenangan di level kabupaten diserahkan ke Bupati atau walikota atau pejabat  yang  ditunjuk.  Tim  pengarah  PUAP  sama  dengan  tim  pengarah  PNPM
Mandiri  Kabupaten  atau  kota,  dan  tim  pelaksana  diketuai  oleh  kepala  dinas lingkup pertanian, salah satu anggotanya adalah PMT.  Tugas utama tim teknis
kabupaten atau kota adalah merumuskan kebijakan teknis juknis pengembangan PUAP sebagai penjabaran dari kebijakan umum pusat dan petunjuk pelaksanaan
dari Propinsi.
Kewenangan  level  kabupaten  di  serahkan  kepada  camat  dibantu  oleh Kepala  Balai  Penyuluhan  Pertanian  BPP  dan  kepala  desa  sebagai  anggota.
Tugas  utama  tim  teknis  kecamatan  adalah  melaksanakan  identifikasi  dan verifikasi desa calon lokasi dan Gapoktan calon penerima PUAP, pembinaan dan
pengawasan PUAP di tingkat kecamatan.
Pelaksana  PUAP  di  level  desa  terdiri  dari  Gapoktan,  penyuluh pendamping, dan PMT. Kepala desa dan penyuluh melaksanakan identifikasi desa
calon  lokasi  dan  Gapoktan  calon  penerima  PUA,  melalui  kepala  BPP mengusulkan  kepada  tim  teknis  PUAP  kabupaten  atau  kota.    Kepala  desa
membentuk  komite  pengarah  yang  terdiri dari  wakil  tokoh  masyarakat,  wakil kelompok tani dan penyuluh pendamping.
5.5.4 Persepsi