c.2 Ekosistem Padang Lamun
Lamun adalah tumbuhan tingkat tinggi yang memiliki akar batang dan daun seperti tumbuhan yang hidup di darat. Lamun juga memiliki saluran untuk
nutrien dan lubang-lubang pada daun yang digunakan untuk pertukaran gas. Akar lamun dapat menyerap nutrien dan beberapa jenis mempunyai bintil-bintil yang
dapat memfiksasi nitrogen Dahuri et al 1996 . Selain itu,
daun lamun dapat menyerap zat hara secara langsung dari perairan, memiliki rongga untuk
mengapung, batang dapat tegak dalam air, tetapi tidak memiliki banyak serat seperti tumbuhan yang hidup di darat Dahuri 2003.
Ekosistem Padang Lamun di Pulau Kapota umumnya tersebar pada daerah intertidal setelah terumbu karang. Berdasarkan hasil penelitian yang pernah
dilakukan oleh taman nasional, jenis lamun yang dapat dijumpai di Pulau Kapota sebanyak 7 jenis yaitu lamun serabut Halodule pinifolia, lamun tropoik Enhalus
acoroides, lamun senduk Halophila ovalis, lamun senduk tak berurat Halophila decipiens, lamun alat suntik Syringodium isotifolium dan lamun
dugong Thalassia hemprichii. Untuk daerah yang lebih dekat dengan karang lebih banyak dijumpai jenis Enhalus acroides sebab jenis ini menyukai daerah
yang mempunyai pecahan karang Balai TNW 2010. Sepanjang perairan dangkal Pulau Kapota hampir seluruhnya ditumbuhi
lamun, tidak terlewatkan pantai-pantai tujuan kunjungan wisata, seperti Pantai Umala dan Pantai Aowolio. Hamparan lamun di Pantai Umala sangat luas, namun
sebagian besar kawasan ini dipenuhi oleh ikatantali-tali rumput laut milik para petani budidaya rumput laut. Berbeda dengan Pantai Aowolio hamparan lamun
terbentang luas tanpa gangguan dari kegiatan budidaya rumput laut. Ketika air laut surut, hamparan lamun akan terlihat seperti rumput yang tumbuh pada
hamparan daratan yang terbuka. Padang lamun merupakan habitat dari berbagai biota laut yang dapat
dimanfaatkan oleh masyarakat diantaranya jenis bivalvia kerang-kerangan. Ketika melakukan snorkling di sekitar padang lamun tersebut, biasanya akan
menemukan biota lamun seperti bintang laut Protoreaster nodosus, bintang mengular Ophiothrichoides nereidina, bulu babi Diadema setosum, ikan
karang, kerang-kerangan bivalvia, dan kerang raksasa Tridacna Sp
c.3 Ekosistem Terumbu Karang