Frekuensi Alel Populasi GKN, DTA dan KHINA-1

Hal ini mengindikasikan bahwa semua individu KHINA-1 dalam Kelompok II dan III tersebut merupakan hasil persilangan GKN x DTA. Kelompok IV, terdapat tiga individu DTA bercampur dengan delapan individu KHINA-1. Kelompok V, terdapat enam belas individu KHINA-1 bercampur dengan dua belas tetua DTA. Semua individu KHINA-1 dalam kelompok IV dan V mempunyai jarak genetik yang jauh dengan induk GKN. Hal ini mengindikasikan bahwa individu KHINA-1 dalam kelompok IV dan V kemungkinan besar merupakan illegitimate hybrid, progeninya bukan hasil persilangan antara GKN x DTA. 6.3.2.8 Analisis Struktur Populasi GKN, DTA dan KHINA-1 Struktur genetik populasi kelapa GKN, DTA dan KHINA-1 dianalisis menggunakan piranti lunak STRUCTURE V2.3.4 dengan pendekatan Bayesian untuk menentukan nilai K, yaitu jumlah sub populasi dalam suatu koleksi dan mengestimasi proporsi genom setiap aksesi yang berasal dari setiap sub populasi. Penggunaan STRUCTURE dapat melakukan pengelompokan individu-individu di dalam populasi dengan akurat. Piranti lunak ini digunakan untuk mengidentifikasi struktur populasi dan mengatasi masalah terdapatnya individu yang meragukan di dalam subpopulasi Pritchard et al. 2000. Perhitungan ad hoc maksimum ΔK diperoleh pada K=2, yang menyatakan bahwa populasi uji dibagi atas dua subgrup Gambar 6.6. Gambar 6.6 Perubahan delta K ΔK sesuai perbedaan K untuk populasi GKN, DTA dan KHINA-1 yang dihasilkan oleh piranti lunak STRUCTURE Alel-alel SSR spesifik yang berasal dari tetua jantan direpresentasikan oleh warna merah dan alel-alel SSR spesifik yang berasal dari tetua betina direpresentasikan dengan warna hijau Gambar 6.7. Hasil analisis STRUCTURE menunjukkan meskipun komposisi genetik antar tetua GKN dan DTA berbeda jauh, tetapi pada populasi tetua DTA terdapat sejumlah alel SSR yang sama dengan alel yang dipunyai oleh induk GKN. Individu KHINA-1 sebagai hasil persilangan tetua GKN dan DTA menunjukkan variasi campuran warna merah dan hijau yang sangat bervariasi yang mengindikasikan adanya keragaman genetik luas antar individu dalam populasi KHINA-1. Dari Gambar 6.7 dapat dilihat sejumlah individu nomor F 1 -51 sampai F 1 -72 yang mempunyai konstitusi genetik mendekati tetua jantan DTA mayoritas warna merah. Individu tersebut merupakan individu KHINA-1 yang masuk dalam Kelompok IV dan V pada Gambar 6.5. Sebaliknya, individu KHINA-1 dengan latar belakang genetik mendekati GKN mayoritas warna hijau, sebagai contoh individu bernomor F 1 -23 dan F 1 -26 pada Gambar 6.7. Individu tersebut merupakan individu KHINA-1 yang masuk dalam Kelompok I pada Gambar 6.5. Sebagian individu KHINA-1 yang mempunyai konstitusi genetik campuran proporsional antar tetua jantan DTA dan induk GKN campuran proporsional warna merah dan hijau merupakan representasi legitimate hybrid. Individu tersebut merupakan individu KHINA-1 yang masuk dalam Kelompok II dan III pada Gambar 6.5. Berbagai data hasil analisis yang dilakukan dalam penelitian ini mengilustrasikan contoh penerapan marka molekuler dalam membantu pemuliaan tanaman. Hasil analisis marka molekuler SSR telah dilakukan untuk mengevaluasi keragaman genetik antar populasi tetua jantan DTA, induk GKN dan hibrida hasil persilangan antara GKN dan DTA. Hasil penelitian seperti ini dapat ditindaklanjuti dengan pengamatan daya hasil dan komponen hasil atau karakteristik kualitatif dan kuantitatif penting lainnya yang diinginkan dari setiap individu KHINA-1 yang telah dievaluasi secara molekuler. Selanjutnya, hasil analisis marka molekuler yang telah memilah individu KHINA-1 ke dalam kelompok I-V tersebut diasosiasikan dengan berbagai karakter kualitatif dan kuantitatif yang dikumpulkan. Lebih lanjut, hasil analisis asosiasi antara pengelompokan berdasarkan marka molekuler akan dapat digunakan untuk melakukan seleksi yang lebih akurat dalam perakitan kelapa hibrida yang lebih produktif, misalnya dalam pengembangan varietas hibrida kelapa kopyor Indonesia Novarianto et al. 2014. Gambar 6.7 Estimasi struktur populasi berdasarkan data genotyping 19 marka SSR pada populasi GKN, DTA dan KHINA-1 menggunakan piranti lunak STRUCTURE. Tulisan warna merah adalah tetua GKN, warna hitam adalah tetua DTA, dan warna biru adalah KHINA-1

6.4 Simpulan

Hasil analisis molekuler menggunakan 19 lokus marka SSR terhadap populasi tetua jantan DTA dan induk GKN mendukung pemilihan keduanya sebagai tetua dalam pembentukan KHINA-1 karena kedua tetuanya terbukti mempunyai jarak genetik yang jauh. Hasil analisis molekuler menggunakan marka SSR yang sama terhadap populasi KHINA-1 hasil persilangan antar GKN