Tabel 5.6 Nilai PIC Polymorphic Information Content 20 lokus SSR untuk populasi kelapa Dalam dan Genjah lanjutan
Popu- lasi
Z21 A9 Z51 2
56 123 226 H4
1 A3 H11 C5
73 121 87
C9 119 E4 E11 E2 Rerata
DRS 0.64 0.29 0.60 0.66 0.68 0.68 0.36 0.67 0.65 0.68 0.63 0.65 0.65 0.65 0.57 0.62 0.64 0.69 0.67 0.50 0.61
DSA 0.64 0.57 0.77 0.45 0.65 0.74 0.36 0.23 0.42 0.37 0.68 0.33 0.64 0.59 0.36 0.55 0.39 0.45 0.22 0.31 0.49
DSE 0.60 0.59 0.64 0.68 0.67 0.64 0.37 0.69 0.62 0.49 0.64 0.56 0.67 0.68 0.68 0.64 0.66 0.63 0.62 0.59 0.62
DSN 0.40 0.50 0.70 0.34 0.69 0.40 0.30 0.66 0.68 0.50 0.74 0.68 0.68 0.61 0.64 0.62 0.57 0.60 0.70 0.66 0.58
DTA 0.64 0.44 0.61 0.60 0.54 0.62 0.36 0.77 0.61 0.38 0.63 0.64 0.44 0.51 0.37 0.60 0.60 0.42 0.64 0.36 0.54
DTE 0.73 0.38 0.77 0.69 0.72 0.38 0.24 0.45 0.69 0.24 0.64 0.77 0.44 0.57 0.74 0.71 0.44 0.59 0.12
0.51 DTS
0.62 0.36 0.65 0.67 0.60 0.57 0.37 0.65 0.63 0.59 0.57 0.58 0.70 0.70 0.69 0.59 0.63 0.65 0.70 0.62 0.61 DTT
0.75 0.58 0.77 0.68 0.76 0.66 0.37 0.65 0.68 0.58 0.69 0.68 0.63 0.64 0.67 0.59 0.55 0.66 0.64 0.63 0.64 DTU
0.45 0.52 0.67 0.57 0.72 0.62 0.32 0.72 0.66 0.60 0.70 0.60 0.70 0.75 0.59 0.62 0.62 0.46 0.67 0.65 0.61 DWA
0.65 0.37 0.69 0.62 0.65 0.70 0.37 0.69 0.64 0.65 0.57 0.65 0.62 0.62 0.70 0.61 0.69 0.58 0.52 0.56 0.61 GAK
0.27 0.33 0.09
0.67 0.38 0.50 0.38 0.16 0.35 0.09 0.33 0.09 0.38 0.31 0.16 0.25
0.24 GHJ
0.27 0.36 0.36 0.33 0.38
0.16 0.36
0.36 0.16 0.16
0.15 GHN
0.27 0.36 0.36 0.33 0.38
0.16 0.36
0.36 0.16 0.16
0.15 GKB
0.41 0.33 0.33 0.33 0.33 0.38
0.33 0.61 0.33 0.33 0.33 0.33 0.33
0.16 0.47 0.27
GKM 0.14
0.27 0.38 0.14 0.14 0.24
0.35 0.24 0.24 0.45 0.13
GKN 0.38
0.16 0.16 0.04
GMM 0.50 0.27 0.38
0.27 0.27 0.27 0.27
0.11 GMN
0.16 0.36 0.36
0.69 0.16
0.27 0.16 0.50 0.27 0.27 0.27 0.17
GOS 0.36
0.38 0.33 0.27 0.36
0.38 0.27 0.16
0.13 GRA
0.33 0.27 0.09 0.33 0.33 0.38
0.33 0.58 0.49 0.16 0.53 0.33 0.33 0.16
0.33 0.25 GSK
0.09 0.09 0.09
0.38 0.50 0.30 0.09
0.18 0.27
0.16 0.11
GTT 0.27
0.18 0.27 0.16 0.27 0.38 0.09 0.18
0.09 0.38 0.33 0.49 0.16 0.16 0.36 0.19 GWU
0.36 0.36 0.16 0.36 0.38
0.36 0.36 0.36
0.36 0.36 0.47 0.16 0.16
0.21
Rerata 0.48 0.32 0.47 0.48 0.52 0.46 0.36 0.44 0.47 0.44 0.50 0.46 0.44 0.48 0.46 0.47 0.46 0.42 0.43 0.32
Berdasarkan nilai PIC yang diperoleh menunjukkan bahwa nilai rataan PIC masing masing populasi sangat rendah. Namun nilai PIC pada seluruh populasi
masih cukup informatif sebesar 0.44. Hanya marka CnCir A9, CnCir 226 dan CnCir E2 yang memiliki nilai PIC dibawah 0.4 yaitu secara berurutan 0.32, 0.36
dan 0.32. Nilai PIC pada 17 marka SSR lainnya lebih dari 0.4 yaitu pada kisaran 0.42
–0.52 Tabel 5.6. Berdasarkan hal tersebut, disimpulkan 17 marka SSR yang
digunakan dalam penelitian ini cukup informatif untuk membedakan individu dalam populasi yang diuji. Sajib et al. 2012, menyatakan bahwa semakin tinggi
nilai PIC yang diperoleh maka semakin informatif primer tersebut didalam membedakan individu didalam populasi maupun antar populasi.
5.3.6 Kekerabatan Genetik Berdasarkan Analisis Filogenetik
Keanekaragaman genetik kelapa terdeteksi pada individu-individu kelapa antar populasi yang berbeda atau individu-individu kelapa di dalam satu populasi
yang sama. Untuk mengidentifikasi keanekaragaman genetik intra-populasi dan antar-populasi kelapa dapat dilihat berdasarkan tingkat kemiripan atau
ketidakmiripan marka genetiknya dengan menggunakan berbagai metode analisis.
Hasil analisis pengelompokan dengan metode Neighbour Joining berupa pohon filogenetik yang diuji berdasarkan 20 marka SSR menunjukkan bahwa
secara umum kelapa Dalam dan Genjah mengelompok secara terpisah ke dalam sembilan kelompok yang berbeda Gambar 5.2. Masing-masing kelompok terdiri
dari sub-kelompok yang bercampur dengan aksesi lain dan sub-kelompok yang tidak bercampur dengan aksesi lain. Aksesi yang bercampur adalah individu-
individu dari dua atau lebih aksesi yang membentuk satu kelompok. Aksesi yang menyebar berarti bahwa individu-individu dari satu aksesi tersebar ke dalam
beberapa kelompok. Aksesi yang mengelompok adalah satu aksesi yang membentuk satu kelompok. Pada kelompok pertama I terdiri dari 2 sub-
kelompok. Sub-kelompok 1 terdapat aksesi kelapa Dalam Australia DAI yang mengelompok sendiri dan kelapa Genjah yang mengelompok GSK dan GHN
dan bercampur GKB, GMM dan GWU. Sub- kelompok 2 hanya terdiri dari kelapa Genjah yang mengelompok GAK, GHJ, GKM, GMN, GOS dan GRA
dan bercampur GKB, GTT dan GWU. Kelompok kedua II terdapat 2 sub- kelompok. Sub-kelompok 1 terdiri dari aksesi DPA yang bercampur dengan DMT,
DPL dan DSA. Sub-kelompok 2 terdapat aksesi DKY yang mengelompok sendiri sedangkan aksesi DIO bercampur dengan DAI, DPN dan DTA, satu aksesi kelapa
Genjah GKN dan tiga aksesi kelapa Dalam DTA, DPN, 10 individu DSA yang mengelompok sendiri sedangkan aksesi DBG bercampur dengan DPN, DSA dan
DTA. Kelompok ketiga III hanya memiliki lima individu DPA yang bercampur dengan lima individu DPL. Kelompok keempat IV terdiri dari 2 sub-kelompok,
sub-kelompok 1 terdapat aksesi DLP yang bercampur dengan satu individu DMT, sub-kelompok 2 aksesi DJA yang bercampur dengan 1 individu DWA dan aksesi
DTE yang mengelompok sendiri. Kelompok kelima V terdapat aksesi DMT yang bercampur dengan aksesi DKL, DPA dan DTT. Kelompok keenam VI
memiliki aksesi DSE yang bercampur dengan DAG, DAI, DKL, DMT, DSN, DTS, DTT dan DWA. Kelompok ketujuh VII terdiri dari 2 sub-kelompok, sub-
kelompok 1 terdiri atas campuran aksesi DAG bercampur dengan DKL, DSE, dan DTS. Sub-kelompok 2 terdapat aksesi DMA dan DPU mengelompok sendiri.
Kelompok kedelapan VIII terdiri dari 3 sub-kelompok yang bercampur satu dengan yang lain. Kelompok kesembilan IX terdapat 3 sub-kelompok dengan
aksesi DBI yang mengelompok sendiri dan 11 DAG, DKL, DKN, DLO, DMW, DMT, DRS, DSE, DSN, DTT dan DTU aksesi yang lain bercampur dalam sub-
kelompok dua dan tiga. Dari kesembilan kelompok yang ada, individu-individu atau populasi yang memiliki kemiripan genetik yang berdekatan mengelompok
satu dengan yang lain. Makin besar ketidakmiripan genetik antar-individu atau antar-populasi, maka pola pengelompokannya makin jauh.
Aksesi kelapa Dalam Australia DAI yang mengelompok dan termasuk dalam kelompok pertama memiliki hubungan genetik yang dekat dengan kelapa
Genjah. Jika dibandingkan secara morfologi aksesi kelapa DAI memiliki pohon yang pendek dan buah yang kecil seperti kelapa Genjah, tetapi mempunyai bol
seperti kelapa Dalam. Sebaliknya, aksesi kelapa Genjah Kuning Nias GKN yang mengelompok dan termasuk dalam kelompok kedua memiliki hubungan genetik
yang sangat dekat dengan kelapa Dalam. Kedua aksesi ini DAI GKN memiliki hubungan genetik sangat berbeda di antara pengelompokan tipe kelapa
Dalam dan Genjah berdasarkan 20 lokus marka SSR.
Kelompok aksesi kelapa Dalam yang tidak menyebar dan tidak bercampur seperti kelapa Dalam Bali DBI, Dalam Mamuaya DMA, Dalam Palu DPU,
DJA Dalam Jepara, DTE Dalam Takome, DLP Dalam Lubuk Pakam memiliki hubungan genetik terjauh dari kelompok aksesi kelapa Genjah. Namun,
aksesi kelapa DMA dan DPU berasal dari Sulawesi, kelapa DJA berasal dari Jawa Tengah, DTE berasal dari Maluku Utara, DLP berasal dari Sumatera Utara, tetapi
membentuk kelompok yang sama dan memiliki hubungan genetik yang dekat. Hal ini diduga karena terjadi persilangan alami dalam populasi tersebut.
Gambar 5.2 Pohon filogenetik kelapa Dalam dan Genjah berdasarkan metode Neighbour Joining menggunakan piranti lunak DARwin berdasarkan 20
lokus marka SSR Aksesi kelapa Dalam yang memiliki hubungan genetik dekat dengan kelapa
Genjah yaitu kelapa Dalam Pandu DPA, Dalam Pungkol DPL, Dalam Ilo-Ilo DIO, Dalam Kalasey DKY, Dalam Paslaten DPN, Dalam Tenga DTA yang
berasal dari Sulawesi Utara, dan kelapa Dalam Banyuwangi DBG, Dalam Sawarna DSA, berasal dari Jawa Timur dan Jawa Barat. Aksesi-aksesi ini perlu
