Amplifikasi DNA Bahan dan Metode
menggunakan piranti lunak GenAlEx Peakall dan Smouse 2012. Analisis filogenetik dilakukan dengan menggunakan piranti lunak DARwin5 Perrier et al.
2003, sedangkan perhitungan PIC dilakukan dengan menggunakan piranti lunak PowerMarker Liu dan Muse 2005. Piranti lunak STRUCTURE V2.3.4
Pritchard et al. 2000 digunakan untuk menduga struktur populasi dari kelapa Dalam dan Genjah, yang menunjukkan kemiripan genotipe masing-masing
individu dalam sub-grup yang didapatkan. Selanjutnya
nilai rata-rata dan ragam diplot
dalam “likelihood per K” dihitung dengan menggunakan piranti lunak STRUCTURE HARVESTER v.0.6.94 Earl dan vonHoldt 2012 dan metode
Evanno Evanno et al. 2005.
4.3 Hasil dan Pembahasan 4.3.1 Profil Alel, Tingkat Heterozigositas dan Polimorfisme Marka SNAP
Penelitian keragaman genetik 41 aksesi kelapa, yang terdiri dari 28 aksesi kelapa Dalam dan 13 aksesi kelapa Genjah berhasil digambarkan menggunakan
enam belas primer SNAP. Satu contoh pola pita DNA profil alel dengan marka SNAP diperoleh menggunakan primer WRKY63 352 pb dan WRKY191 210
pb disajikan dalam Gambar 4.2.
Gambar 4.2 Profil alel marka SNAP yang dihasilkan dengan menggunakan pasangan primer WRKY63 352 pb dan WRKY191 211 pb masing-
masing untuk kelapa Genjah Orange Sagerat A dan Dalam Bali B. M: DNA marker 100 pb ladder
Hasil analisis menunjukkan bahwa jumlah alel yang diperoleh untuk semua primer hanya dua alel karena primer SNAP didisain bersifat bi-alel. Nilai
heterozigositas pengamatan Ho antara 0.00 –0.89 dengan nilai rataan 0.33. Nilai
heterozigositas harapan He berkisar antara 0.04 –0.50 dengan nilai rataan 0.39.
Nilai heterozigositas menunjukkan jumlah penyebaran gen atau alel yang diamati pada suatu populasi. Jika nilai Ho lebih besar dari nilai He ini menunjukkan
bahwa lokus tersebut memiliki tingkat heterozigositas yang tinggi. Sebaliknya, jika nilai He lebih besar dari nilai Ho maka lokus tersebut memiliki tingkat
heterozigositas yang rendah Govindaraj et al. 2015. Nilai Polymorphic Information Content PIC, merupakan pengukuran tingkat polimorfisme setiap
lokus marka. Pada penelitian ini nilai PIC bervariasi dari 0.17 WRKY211 sampai 0.37 WRKY21, WRKY61, SACPD3 dengan rataan 0.31 Tabel 4.2.
Menurut Mateescu et al. 2005 nilai PIC dibagi atas tiga kelompok yaitu PIC 0.6 dikategorikan sebagai sangat informatif, nilai PIC 0.30
–0.59 sebagai cukup
M 1 2 3 4 5 6 7 8 9
A
B
1000 pb 500
100 1000 pb
500 100
352 pb 211
352 pb 211
informatif dan nilai PIC 0.3 sebagai tidak informatif. Rata-rata nilai PIC sebesar 0.31 pada penelitian ini menunjukkan bahwa sebagian besar lokus yang digunakan
mampu menerangkan keragaman genetik pada populasi yang diuji Tabel 4.2. Total 16 primer yang digunakan, ada tiga belas primer yang termasuk kategori
cukup informatif karena nilai PIC di kisaran 0.30
–0.59; sedangkan tiga primer lainnya WRKY191, WRKY211 dan SUS111 dikategorikan tidak informatif
karena memiliki nilai PIC kurang dari 0.3. Tabel 4.2 Jumlah alel Na, jumlah alel efektif Ne, tingkat heterozigositas Ho
dan He dan nilai PIC pada populasi kelapa Dalam dan Genjah berdasarkan 16 lokus marka SNAP
Primer lokus Na
Ne Ho
He PIC
WRKY21 2
1.99 0.89
0.50 0.37
WRKY22 2
1.58 0.29
0.37 0.30
WRKY61 2
1.99 0.21
0.50 0.37
WRKY63 2
1.58 0.19
0.37 0.30
WRKY71 2
1.65 0.23
0.39 0.32
WRKY191 2
1.49 0.39
0.33 0.27
WRKY211 2
1.23 0.17
0.18 0.17
WRKY213 2
1.67 0.29
0.40 0.32
SUS13 2
1.90 0.76
0.47 0.36
SUS111 2
1.04 0.04
0.04 0.04
SUS114 2
1.60 0.36
0.37 0.30
SUS117 2
1.91 0.45
0.48 0.36
SACPD1 2
1.64 0.00
0.39 0.31
SACPD2 2
1.78 0.15
0.44 0.34
SACPD3 2
1.98 0.62
0.49 0.37
ABI3 2
1.91 0.17
0.48 0.36
Total 2
26.94 5.21
6.20 4.86
Rata-rata 2
1.69 0.33
0.39 0.31
Keterangan: Ho = heterozigositas pengamatan, He = heterozigositas harapan