dipertimbangkan jika digunakan sebagai tetua persilangan kelapa Dalam x Genjah karena kedekatan hubungan genetik.
Sebanyak sembilan aksesi kelapa Genjah GHN, GSK, GHJ, GMN, GKM, GAK, GRA, GOS, GKN tidak bercampur dengan aksesi yang lain, sedangkan
empat aksesi yang lain GMM, GKB, GTT, GWU bercampur dalam satu kelompok. Untuk kelapa Dalam sebanyak dua belas aksesi DAI, DIO, DKY,
DSA, DPN, DTA, DLP, DTE, DJA, DMA, DPU, DBI mengelompok sendiri, namun enam belas aksesi kelapa Dalam DPA, DPL, DBG, DMT, DSE, DAG,
DWA, DKN, DTS, DKL, DMW, DTT, DLO, DSN, DTU, DRS bercampur dengan aksesi yang lain. Aksesi-aksesi kelapa Dalam dan Genjah yang bercampur
dengan aksesi lain mengindikasikan bahwa terdapat kesamaan alel yang dimiliki oleh genotipe-genotipe tersebut dengan genotipe aksesi tertentu dari hasil analisis
metode Neighbour Joining. Individu-individu yang bercampur dengan aksesi lain dalam satu kelompok diduga akibat telah terjadi persilangan alami antar individu.
Hasil analisis diversitas kelapa Dalam menunjukkan keragaman yang tinggi antar aksesi yang dievaluasi. Sebaliknya, kelapa Genjah yang dianalisis
menunjukkan tingkat keseragaman yang tinggi antar aksesi Gambar 5.2. Hal ini menunjukkan bahwa kelapa Dalam yang dievaluasi memiliki komposisi genetik
yang sangat berbeda dengan kelapa Genjah. Menurut Teulat et al. 2000 kelapa Dalam memiliki keragaman dan heterozigositas yang tinggi akibat pola
penyerbukan bunga yang open pollinated. Kelapa Dalam umumnya menyerbuk silang sehingga variasi alel pada setiap individu lebih tinggi dibandingkan dengan
kelapa Genjah yang menyerbuk sendiri Novarianto 2010. Hasil pengamatan di lapang juga menunjukkan adanya perbedaan ciri morfologi yang signifikan antara
kedua tipe kelapa yang diuji. Hubungan kekerabatan antar populasi kelapa Dalam dan Genjah sangat jauh dan tingkat heterogenitas yang tinggi antar kelapa Dalam
memberikan harapan bahwa populasi hibrida hasil persilangan antar keduanya dapat menghasilkan hibrida yang lebih baik dibandingkan kedua tetuanya sebagai
akibat terjadinya heterosis.
5.3.7 Analisis Struktur Populasi Kelapa Dalam dan Genjah
Analisis struktur genetik populasi dari ke-41 aksesi kelapa Dalam dan Genjah dianalisis menggunakan piranti lunak STRUCTURE dengan pendekatan
Bayesian untuk menentukan nilai K, yaitu jumlah sub-populasi dalam suatu koleksi dan mengestimasi proporsi genom setiap aksesi yang berasal dari setiap
sub-populasi. Penggunaan STRUCTURE dapat melakukan pengelompokan individu-individu di dalam populasi dengan akurat Gambar 5.3. Piranti lunak ini
digunakan untuk mengidentifikasi struktur populasi dan mengatasi masalah terdapatnya individu yang meragukan di dalam sub-populasi Pritchard et al.
2000.
Perhitungan ad hoc ΔK diperoleh pada K=2, yang menyatakan bahwa
populasi uji secara signifikan dibagi atas dua sub-grup. Alel-alel SSR spesifik yang berasal dari kelapa Dalam direpresentasikan oleh warna hijau, kelapa Genjah
dengan warna merah Gambar 5.4. Hasil analisis STRUCTURE menunjukkan komposisi genetik antara kelapa Dalam dan Genjah yang bercampur, karena pada
populasi kelapa Dalam terdapat sejumlah alel SSR yang sama dengan alel kelapa Genjah. Aksesi kelapa Dalam menunjukkan variasi campuran warna merah dan
hijau yang sangat tinggi, mengindikasikan adanya campuran genetik antar
individu dalam aksesi. Sebaliknya kelapa Genjah memiliki variasi campuran warna yang lebih sedikit, hal ini menyatakan bahwa antar aksesi kelapa Genjah
hanya sedikit terjadi pencampuran genetik.
Gambar 5.3 Berdasarkan marka SSR dan pendekatan metode Evanno populasi kelapa Dalam dan Genjah dibagi menjadi 2 subgrup populasi sesuai
dengan delta K maksimum pada K=2
Pada Gambar 5.4, menampilkan populasi DKL, DKN, DLO, DMW, DRS,
DSE, DTS, DWA memiliki persentase alel yang sama yaitu 80 –90. Hasil ini
sesuai dengan analisis pengelompokan di Gambar 5.2, bahwa aksesi DKL, DTS, DKL, DLO, DMW terdapat pada satu kelompok yang sama yaitu kelompok 8,
sedangkan aksesi DSE dan DRS berada di kelompok 6 dan 9. Aksesi kelapa DKL, DKN, DLO, DMW, DRS, DSE, DTS, DWA berasal dari Sulawesi Utara. Kelapa
Dalam Talise DTS berasal dari pulau Talise, yang memiliki perkebunan kelapa saat pemerintahan Belanda tahun 1916. Secara geografi, pulau Talise dengan
lokasi pengambilan ketujuh aksesi kelapa yang lain mudah dijangkau melalui darat dan laut, sehingga diduga aksesi DKL, DKN, DLO, DMW, DRS, DTS dan
DWA berasal dari pulau Talise. Hasil ini sesuai dengan penelitian Kumaunang dan Maskromo 2007 yang melakukan analisis keragaman genetik kelapa Dalam
di Kebun Percobaan Mapanget, berdasarkan marka SSR menggunakan 2 individu per aksesi. Hal yang sama dilaporkan oleh Novarianto dan Kumaunang 1999
bahwa karakter morfologi dari kedelapan aksesi kelapa Dalam yang diuji membentuk kelompok dengan kemiripan 50. Dengan demikian, struktur
populasi dari kedelapan aksesi ini menunjukkan bahwa hubungan genetik di antara populasi yang sama daerahnya lebih dekat dibandingkan dengan yang
berlainan daerah.
Untuk kelapa Genjah ada delapan aksesi memiliki persentase alel yang sama sekitar 90 yaitu populasi GAK, GKB, GKM, GMM, GOS, GSK, GTT, GWU.
Kedelapan aksesi ini dari hasil analisis pengelompokan pada Gambar 5.2 termasuk dalam kelompok pertama. Kelapa GAK Genjah Aromatik berasal dari
Thailand, kelapa GKM Genjah Kuning Malaysia dan GMM Genjah Merah Malaysia berasal dari Malaysia. Kelapa GKB Genjah Kuning Bali, GOS
Genjah Orange Sagerat, Genjah Salak GSK, Genjah Tebing Tinggi GTT dan Genjah Waingapu GWU berasal dari Indonesia. Secara geografi kedelapan
aksesi ini berasal dari lokasi yang berbeda tetapi dari hasil analisis pada Gambar 5.4, aksesi-aksesi tersebut memiliki persentase alel yang sama yaitu sekitar 95.
Gambar 5.4 Estimasi struktur populasi kelapa Dalam label nama populasi berwarna hitam dan Genjah label nama populasi berwarna merah
berdasarkan data genotyping 20 lokus marka SSR menggunakan piranti lunak STRUCTURE
Pada Gambar 5.4, kelapa GHJ dan GKN memiliki campuran warna yang
berbeda di antara semua populasi kelapa Genjah. Kelapa GHJ memiliki campuran alel 50 sedangkan kelapa GKN memiliki alel 90 sama dengan kelapa Dalam.
Hasil analisis pengelompokan pada Gambar 5.2 juga menunjukkan bahwa kelapa GKN mengelompok dekat dengan aksesi kelapa Dalam.
5.4 Simpulan
Analisis keragaman genetik kelapa Dalam dan Genjah koleksi Balit Palma Manado menggunakan 20 marka SSR dapat mengelompokkan dengan jelas
masing-masing aksesi dan menunjukkan tingkat keragaman yang berbeda antar aksesi. Keragaman genetik aksesi kelapa Dalam dan Genjah yang diuji
menunjukkan tingginya variasi alel dengan membentuk sembilan kelompok berdasarkan metode Neighbour Joining. Namun ada beberapa individu yang
bercampur dengan aksesi lain dalam satu kelompok diduga akibat telah terjadi persilangan alami antar individu. Struktur populasi kelapa Dalam dan Genjah
menggunakan piranti lunak STRUCTURE mengindikasikan ada pencampuran alel sehingga membagi aksesi-aksesi tersebut menjadi dua sub-grup populasi.
