Tabel 4.6 Nilai PIC 16 lokus SNAP untuk populasi kelapa Dalam dan Genjah lanjutan
Popu- lasi
WRKY2 1
WRKY2 2
WRKY6 1
WRKY6 3
WRKY7 1
WRKY1 91
WRKY2 11
WRKY2 13
SUS1 3
SUS1 11
SUS1 14
SUS1 17
ABI3 SACPD
1 SACPD
2 SACPD
3 Rerata
GHN 0.35
0.16 0.27
0.30 0.16
0.16 0.35
0.38 0.22
0.16 0.27
0.22 0.27
0.35 0.23
GKB 0.38
0.22 0.33
0.35 0.16
0.22 0.30
0.27 0.36
0.27 0.35
0.20 GKM
0.37 0.24
0.14 0.35
0.30 0.24
0.30 0.30
0.14 GKN
0.35 0.22
0.22 0.27
0.16 0.16
0.22 0.30
0.12 GMM
0.38 0.27
0.36 0.16
0.33 0.36
0.16 0.16
0.27 0.27
0.33 0.27
0.21 GMN
0.36 0.33
0.27 0.16
0.33 0.16
0.27 0.16
0.38 0.15
GOS 0.16
0.36 0.30
0.22 0.27
0.16 0.37
0.16 0.30
0.22 0.16
0.36 0.19
GRA 0.30
0.35 0.36
0.33 0.16
0.30 0.30
0.09 0.30
0.22 0.27
0.33 0.21
GSK 0.38
0.36 0.22
0.33 0.16
0.09 0.27
0.33 0.27
0.22 0.33
0.19 GTT
0.35 0.22
0.27 0.16
0.27 0.22
0.16 0.27
0.36 0.22
0.33 0.18
GWU 0.16
0.35 0.37
0.16 0.37
0.38 0.22
0.27 0.22
0.35 0.18
Rerata 0.35
0.22 0.14
0.26 0.27
0.24 0.14
0.30 0.32
0.04 0.28
0.20 0.17
0.03 0.13
0.34
4.3.6 Kekerabatan Genetik Berdasarkan Analisis Filogenetik
Hasil analisis cluster berupa pohon filogenetik berdasarkan 16 marka SNAP menunjukkan tiga kelompok yang berbeda. Masing-masing kelompok terdiri dari
sub-kelompok yang bercampur dengan aksesi lain dan sub-kelompok yang tidak bercampur dengan aksesi lain Gambar 4.3. Kelompok pertama I terdiri dari 3
sub-kelompok. Sub-kelompok 1 terdapat 3 aksesi kelapa Genjah masing-masing aksesi ada yang menyebar GTT; bercampur GOS; mengelompok GSK dan 1
aksesi kelapa Dalam DSA yang menyebar. Sub-kelompok 2 terdapat 2 aksesi kelapa Genjah yang bercampur GAK GHN; 1 aksesi yang mengelompok
GKN dan 2 aksesi kelapa Dalam yang bercampur DBG DTA; 1 aksesi yang mengelompok DTE. Sub-kelompok 3 terdiri dari 6 aksesi kelapa Dalam yang
menyebar DPL, DTU, DKY, DKN, DPN, DMW, DJA dan 1 aksesi yang mengelompok DBI. Kelompok kedua II terdapat 13 aksesi kelapa Dalam yang
bercampur DLP, DSE, DPA, DTS, DKL, DPN, DWA, DPU, DTT, DAI, DSN, DRS, DMA. Kelompok ketiga III terdiri dari 3 sub-kelompok. Sub-kelompok 1
terdapat aksesi kelapa Genjah GAK yang bercampur dan aksesi kelapa Dalam DTA yang menyebar dengan banyak aksesi lain yang hanya satu individu per
aksesi. Sub-kelompok 2 terdapat 2 aksesi kelapa Dalam DKN DLO yang menyebar. Sub-kelompok 3 terdiri dari 2 aksesi kelapa Dalam DAG DMT
yang menyebar; 1 aksesi yang bercampur DIO dan 7 aksesi kelapa Genjah GKB, GHJ, GMM, GMN, GKM, GWU, GRA yang menyebar.
Sebanyak 25 aksesi kelapa Dalam tidak berkelompok dan tidak bercampur dengan aksesi yang lain tetapi menyebar dalam kelompoknya. Namun, ada 2
aksesi yang mengelompok DBI, DTE dan 3 aksesi yang bercampur DTA, DBG, DIO dengan aksesi lain. Aksesi yang menyebar berarti bahwa individu-individu
dari satu aksesi tersebar ke dalam beberapa kelompok. Aksesi yang bercampur adalah individu-individu dari dua atau lebih aksesi yang membentuk satu
kelompok. Aksesi yang mengelompok adalah satu aksesi yang membentuk satu kelompok. Hal ini menunjukkan bahwa banyak individu yang menyebar dan
bercampur dengan aksesi-aksesi lain telah terjadi persilangan alami antar individu yang berbeda aksesi sehingga tidak membentuk satu kelompok. Karakter kelapa
Dalam yang memiliki pola pembungaan cenderung menyerbuk silang juga mendukung terjadinya keragaman genetik antar individu dalam aksesi dan antar
aksesi. Menurut Teulat et al. 2000, kelapa Dalam memiliki keragaman dan heterozigositas yang tinggi akibat pola penyerbukan bunga yang bersifat open
pollinated.
Untuk kelapa Genjah ada 8 aksesi tidak berkelompok dan tidak bercampur dengan aksesi yang lain tetapi menyebar dalam kelompok III. Aksesi yang
mengelompok adalah kelapa GKN dan GSK, sedangkan 3 aksesi yang bercampur dengan aksesi lain adalah GAK, GHN dan GOS. Banyaknya aksesi-aksesi yang
menyebar disebabkan oleh jumlah kesamaan alel yang banyak antar individu dari aksesi yang berbeda.
Gambar 4.3 Pohon filogenetik kelapa Dalam dan Genjah berdasarkan metode Neighbour Joining menggunakan piranti lunak DARwin berdasarkan 16
lokus marka SNAP
4.3.7 Analisis Struktur Populasi Kelapa Dalam dan Genjah
Struktur genetik populasi dari individu-individu ke-41 aksesi kelapa Dalam dan Genjah dianalisis menggunakan piranti lunak STRUCTURE dengan
pendekatan Bayesian untuk menentukan nilai K, yaitu jumlah sub-populasi dalam suatu koleksi dan mengestimasi proporsi genom setiap aksesi yang berasal dari
III II
I
setiap sub-populasi. Penggunaan STRUCTURE dapat mengelompokan individu- individu di dalam populasi dengan akurat. Piranti lunak ini digunakan untuk
mengidentifikasi struktur populasi dan mengatasi masalah terdapatnya individu yang meragukan di dalam sub-populasi Pritchard et al. 2000. Perhitungan ad
hoc
maksimum ΔK diperoleh pada K=2, yang menyatakan bahwa populasi uji
secara signifikan dibagi atas dua sub-grup Gambar 4.4. Subgrup pertama adalah populasi kelapa Dalam dengan proporsi genetik dominan yang berwarna hijau dan
subgrup kedua adalah populasi kelapa Genjah dengan proporsi genetik yang dibedakan dengan warna merah.
Gambar 4.4 Berdasarkan marka SNAP dan pendekatan metode Evanno populasi kelapa Dalam dan Genjah dibagi menjadi 2 subgrup populasi sesuai delta
K maksimum pada K=2
Berdasarkan hasil analisis STRUCTURE Gambar 4.5, terlihat adanya
pencampuran genetik dari setiap populasi yang diuji. Tingkat kemurnian genetik dari masing-masing anggota populasi yang diuji sangat bervariasi. Populasi kelapa
Dalam memiliki tingkat kemurnian genetik yang lebih rendah dibandingkan kelapa Genjah.
