Tabel 6.6 Nilai PIC Polymorphic Information Content 19 lokus SSR untuk populasi GKN, DTA dan KHINA-1
Populasi Z21 Z51 56 A9
87 123 121 C5 C9 E4
A3 H11 73 1
226 E11 119 E2 2
Rerata GKN
0.38 0.02
DTA 0.64 0.61 0.54 0.44 0.37 0.62 0.51 0.64 0.60 0.37 0.38 0.63 0.44 0.61 0.36 0.64 0.56 0.36 0.60 0.52
KHINA-1 0.63 0.75 0.56 0.41 0.37 0.36 0.54 0.42 0.64 0.38 0.35 0.59 0.67 0.50 0.37 0.45 0.43 0.16 0.50 0.48
Rerata 0.42 0.45 0.36 0.28 0.25 0.33 0.35 0.35 0.42 0.25 0.24 0.41 0.37 0.37 0.37 0.36 0.33 0.17 0.37
6.3.2.7 Kekerabatan Genetik Berdasarkan Analisis Filogenetik
Analisis filogenetik populasi yang diuji berdasarkan 19 marka SSR menunjukkan lima kelompok yang berbeda. Kelompok I, sepuluh individu tetua
GKN mengelompok menjadi satu dengan 13 individu KHINA-1 yang menunjukkan bahwa 13 individu KHINA-1 mempunyai latar belakang genetik
yang sama berdasarkan kesamaan pola pita dari 19 marka SSR. Jika dibandingkan dengan tetua populasi jantan DTA yang berada pada Kelompok V, 13 individu
KHINA-1 tersebut mempunyai jarak genetik yang jauh. Data tersebut mengindikasikan bahwa tetua jantan dari 13 individu KHINA-1 tersebut
kemungkinan besar bukan turunan dari populasi DTA yang diuji. Individu KHINA-1 yang masuk ke dalam Kelompok II dan III, kesemuanya mempunyai
posisi di antara tetua betina dan tetua jantan.
Gambar 6.5 Pohon filogenetik berdasarkan metode Neighbour Joining dari individu GKN, DTA dan KHINA-1 menggunakan 19 lokus marka SSR.
Individu nomor 1 –10 adalah tetua GKN, 11–25 adalah tetua DTA, 26–97
adalah KHINA-1 I
V IV
III II
Tetua ♀
Tetua ♂
Hal ini mengindikasikan bahwa semua individu KHINA-1 dalam Kelompok II dan III tersebut merupakan hasil persilangan GKN x DTA. Kelompok IV, terdapat tiga
individu DTA bercampur dengan delapan individu KHINA-1.
Kelompok V, terdapat enam belas individu KHINA-1 bercampur dengan dua belas tetua DTA.
Semua individu KHINA-1 dalam kelompok IV dan V mempunyai jarak genetik yang jauh dengan induk GKN. Hal ini mengindikasikan bahwa individu KHINA-1
dalam kelompok IV dan V kemungkinan besar merupakan illegitimate hybrid, progeninya bukan hasil persilangan antara GKN x DTA.
6.3.2.8 Analisis Struktur Populasi GKN, DTA dan KHINA-1
Struktur genetik populasi kelapa GKN, DTA dan KHINA-1 dianalisis menggunakan piranti lunak STRUCTURE V2.3.4 dengan pendekatan Bayesian
untuk menentukan nilai K, yaitu jumlah sub populasi dalam suatu koleksi dan mengestimasi proporsi genom setiap aksesi yang berasal dari setiap sub populasi.
Penggunaan STRUCTURE dapat melakukan pengelompokan individu-individu di dalam populasi dengan akurat. Piranti lunak ini digunakan untuk mengidentifikasi
struktur populasi dan mengatasi masalah terdapatnya individu yang meragukan di dalam subpopulasi Pritchard et al. 2000. Perhitungan ad hoc
maksimum ΔK diperoleh pada K=2, yang menyatakan bahwa populasi uji dibagi atas dua subgrup
Gambar 6.6.
Gambar 6.6 Perubahan delta K ΔK sesuai perbedaan K untuk populasi GKN,
DTA dan KHINA-1 yang dihasilkan oleh piranti lunak STRUCTURE Alel-alel SSR spesifik yang berasal dari tetua jantan direpresentasikan oleh
warna merah dan alel-alel SSR spesifik yang berasal dari tetua betina direpresentasikan dengan warna hijau Gambar 6.7. Hasil analisis STRUCTURE
menunjukkan meskipun komposisi genetik antar tetua GKN dan DTA berbeda jauh, tetapi pada populasi tetua DTA terdapat sejumlah alel SSR yang sama
dengan alel yang dipunyai oleh induk GKN. Individu KHINA-1 sebagai hasil persilangan tetua GKN dan DTA menunjukkan variasi campuran warna merah
dan hijau yang sangat bervariasi yang mengindikasikan adanya keragaman genetik luas antar individu dalam populasi KHINA-1. Dari Gambar 6.7 dapat
dilihat sejumlah individu nomor F
1
-51 sampai F
1
-72 yang mempunyai konstitusi genetik mendekati tetua jantan DTA mayoritas warna merah. Individu tersebut
