digunakan merupakan marka yang polimorfik sehingga tidak dilakukan seleksi primer. Secara umum aksesi kelapa Dalam dan Genjah yang diuji menunjukkan
perbedaan genetik yang signifikan dengan membentuk sembilan kelompok berdasarkan metode Neighbour Joining. Informasi lengkapnya terdapat di Bab 5.
Selain untuk analisis keragaman genetik kelapa, marka SSR tersebut juga digunakan dalam analisis keragaman genetik tetua yang digunakan untuk
persilangan KHINA-1 dan untuk mengevaluasi hubungan genetik tetua dengan hibrida KHINA-1. Sebanyak 19 marka SSR yang digunakan dapat memisahkan
tetua betina Genjah Kuning Nias dan tetua jantan Dalam Tenga dari hibrida KHINA-1 ke dalam lima kelompok yang terpisah. Identitas hibrida KHINA-1
yang illegitimate
dan legitimate hybrid dapat diketahui dengan 19 marka SSR.
Individu yang legitimate hybrid sebanyak 35 individu dan illegitimate hybrid sebanyak 37 individu dari total 72 individu KHINA-1. Hasil penelitian ini dapat
ditinjau pada Bab 6.
Selanjutnya pada Bab 7 diungkapkan penggunaan marka untuk identifikasi adanya asosiasi dengan karakter morfologi. Sebanyak 35 individu legitimate
hybrid dilakukan perhitungan jumlah buah dan pengukuran komponen buah berat buah utuh, berat buah tanpa sabut, berat buah tanpa air, berat daging buah dan
tebal daging buah. Data yang diperoleh digabungkan dengan data skoring identitas hibrida KHINA-1 Bab 6 untuk mengidentifikasi marka SSR yang
berasosiasi dengan karakter jumlah buah dan komponen buah. Penggunaan marka molekuler sebagai alat bantu seleksi dalam program pemuliaan tanaman dapat
mengidentifikasi lokus-lokus yang berasosiasi dengan karakter yang diinginkan dan dapat dilakukan pada stadia awal pertumbuhan tanaman.
Bab 8 disertasi disampaikan hasil penelitian terkait dengan pola segregasi hubungan tetua dan progeni hasil persilangan antar tetua kopyor dengan kelapa
unggul nasional DMT, DTE, DBI, GSK. Pada Bab 9 dijelaskan pembahasan umum yang berkaitan dengan keseluruhan hasil penelitian, dan akhirnya pada Bab
10 dicantumkan simpulan umum enam topik penelitian yang telah disajikan pada masing-masing bagian disertasi.
2 TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Keanekaragaman Tanaman Kelapa
Tanaman kelapa Cocos nucifera L. adalah anggota famili Arecaceae Palmaceae. Satu spesies kelapa terdiri dari banyak kultivar, akibat adanya
penyebaran melalui aliran air, manusia, hibridisasi, mutasi, isolasi geografi dan seleksi sehingga keanekaragaman kelapa menjadi sangat tinggi Foale 2005.
Waktu permulaan budidaya kelapa masih menjadi perdebatan hingga kini. Chan dan Craig 2006 menyatakan bahwa tanaman kelapa terdistribusi secara
luas di daerah tropik dan sub tropik 23° Lintang Utara dan Selatan dari ekuator. Ada tanaman kelapa yang ditemukan di luar lintang ini, tetapi hanya sampai
berbunga, buahnya tidak akan berkembang sempurna. Migrasi bangsa Polynesia ke Pasifik 4500 tahun yang lalu menyebabkan seleksi alami tanaman kelapa. Suku
Indo-Malaya yang menempati pulau Mikronesia, pedagang dari Arab dan Melayu menyebarkan kelapa ke India, Sri Lanka dan Afrika Timur sekitar 3000 tahun
yang lalu. Kelapa diintroduksi ke Afrika Barat dan Karibia termasuk pantai Atlantik Karibia selama abad ke-16 oleh penjelajah Eropa. Fakta yang lain
mendukung bahwa kelapa berasal dari Asia Tenggara Burma, Filipina, Malaysia, Indonesia, Cina Selatan, Thailand dan Vietnam. Pada negara-negara ini tanaman
kelapa lebih banyak dikembangkan dan mempunyai produktivitas serta keanekaragaman yang tinggi.
Perpindahan suatu individu atau populasi tanaman dari satu tempat ke tempat yang lain diikuti oleh isolasi geografi dan hibridisasi dapat menyebabkan
terjadinya aliran gen. Aliran gen antar populasi tanaman dapat meningkatkan keanekaragaman karakter genetik, menimbulkan kombinasi gen baru, dan
memindahkan kemampuan beradaptasi di suatu tempat dari satu populasi ke populasi yang lain Nagy 1997.
Untuk menghindari terjadinya erosi genetik atau kehilangan karakter- karakter genetik kelapa yang potensial maka perlu dilakukan penyelamatan
plasma nutfah yang masih tersisa, diawali dengan pengamatan keanekaragaman karakter genetik. Keanekaragaman karakter genetik akibat migrasi, isolasi
geografi, seleksi, hibridisasi dan mutasi dapat terjadi dalam populasi kelapa. Spesies Cocos nucifera L. memiliki berbagai jenis kultivar yang diberi nama
sesuai tempat tumbuhnya, warna buah dan umur tanaman kelapa. Keanekaragaman komposisi genetik yang tinggi dari suatu populasi tanaman
sangat bermanfaat sebagai sumber keragaman gen untuk program pemuliaan tanaman dan pemeliharaan kesinambungan sumber gen.
Perbedaan geografi antara daerah asal dengan daerah baru tanaman kelapa memungkinkan terbentuknya populasi kelapa yang baru atau dapat meningkatkan
keanekaragaman genetik. Hibridisasi atau introgresi antar individu kelapa introduksi dengan kelapa lokal juga menambah keanekaragaman genetik.
Keanekaragaman kultivar kelapa karena hibridisasi lebih memungkinkan bila dilihat dari tipe penyerbukan tanaman kelapa, terutama kelapa Dalam yang
menyerbuk silang. Tanaman kelapa berdasarkan sifat pembungaan dan pola penyerbukan mempunyai 4 sistem penyerbukan. Pertama, penyerbukan silang
alogami sempurna dengan ciri tidak ada kesamaan waktu kemasakan antar
