Perumusan Masalah Keragaman Genetik Plasma Nutfah Kelapa Indonesia Dan Penentuan Identitas Kelapa Hibrida Berdasarkan Marka Molekuler
Selain itu informasi hubungan genetik kelapa hasil persilangan terkontrol perlu diidentifikasi untuk memastikan kebenaran tetuanya, karena kontaminasi serbuk
sari dapat berpotensi menjadi masalah. KHINA-1 yang merupakan hasil persilangan antar kelapa Genjah Kuning Nias GKN dan Dalam Tenga DTA
belum pernah dianalisis hubungan genetik dengan tetuanya. Individu KHINA-1 yang tidak memiliki hubungan genetik dengan tetuanya tidak dapat digunakan
untuk tahapan seleksi. Setelah diperoleh informasi individu yang diduga merupakan progeninya maka dilanjutkan dengan pengamatan jumlah buah dan
komponen buah untuk menentukan marka-marka yang berasosiasi dengan karakter tersebut. Untuk hasil persilangan kelapa koypor di Pati dan Lampung
dilakukan analisis pola segregasi antara buah kelapa fenotipe normal dengan buah kelapa kopyor. Jumlah progeni yang digunakan sangat sedikit untuk persilangan
yang dilakukan di Lampung karena saat penelitian dilakukan masih sedikit buah yang berkecambah. Dengan demikian untuk melengkapi informasi hubungan
genetik plasma nutfah kelapa maka dilakukan serangkaian penelitian terkait aspek pemuliaan dan molekuler untuk menjawab permasalahan yang ada dan disajikan
dalam disertasi ini Gambar 1.1. Bab 1 diuraikan tentang latar belakang, masalah, tujuan, manfaat, kebaruan penelitian, ruang lingkup penelitian, kerangka berpikir
dan garis besar disertasi. Bab 2 berisi kajian literatur tentang keanekaragaman dan pemuliaan tanaman kelapa serta marka molekuler. Selain itu juga diuraikan hasil
penelitian yang terkait dengan beberapa aspek yang diteliti pada disertasi ini.
Perkembangan teknologi molekuler DNA telah banyak dimanfaatkan untuk mendukung program pemuliaan pada banyak spesies tanaman. Single Nucleotide
Amplified Polymorphisms SNAP adalah salah satu teknologi marka molekuler untuk mendeteksi putatif SNP menggunakan primer alel spesifik. Pengembangan
marka molekuler SNAP berbasis gen WRKY membutuhkan informasi struktur dan keragaman nukleotida dari gen pengendali sifat yang diinginkan. Informasi
tersebut didapatkan melalui data di GenBank untuk mendisain primer. Tahapan disain primer SNAP gen WRKY dan validasinya menggunakan reaksi multiplex
PCR disajikan di Bab 3. Reaksi multiplex dioptimasi terlebih dahulu untuk mendapatkan hasil yang optimum. Primer-primer yang diperoleh selanjutnya
diaplikasikan pada penelitian keragaman genetik kelapa dan identifikasi tetua KHINA-1 dan kelapa kopyor.
Primer SNAP gen WRKY kemudian digunakan untuk analisis keragaman genetik dan struktur populasi tanaman kelapa Dalam dan Genjah dengan reaksi
multiplex PCR. Selain berbasis gen WRKY juga digunakan gen SUS, SACPD dan ABI3 untuk melengkapi informasi keragaman genetik kelapa. Total jumlah
individu yang digunakan pada penelitian ini yaitu 507 individu sehingga untuk efisiensi penelitian waktu dan biaya maka metode reaksi multiplex PCR ini
dilakukan. Namun, metode ini dilakukan bila perbedaan ukuran produk PCR lebih dari 30 pasangan basa nukleotida pb, sehingga untuk gen SUS, SACPD dan
ABI3 metode ini tidak dapat digunakan karena ukuran produk PCR masing- masing gen sangat dekat atau kurang dari 30 pb. Topik yang membahas tentang
penelitian ini disajikan pada Bab 4. Untuk penggunaan marka SSR, metode reaksi multiplex PCR tidak dilakukan karena tidak dioptimasi.
Analisis keragaman genetik dan struktur populasi tanaman kelapa juga dilakukan menggunakan 20 marka SSR. Marka SSR dipilih untuk melengkapi
informasi genetik kelapa menggunakan marka multialel. Marka SSR yang