individu individu F
1
adalah legitimate hybrid. Pada populasi ini amplifikasi DNA dengan primer SNAP tidak dapat menggunakan reaksi duplex PCR karena ukuran
antar primer WRKY191 210 bp dan WRKY213 237 bp terlalu dekat kurang dari 30 bp. Menurut Culley et al. 2013 berbagai perbedaan pasangan
primer dapat digunakan dalam reaksi multiplex PCR, namun kombinasi ukuran primer yang tepat akan menghasilkan fragmen yang tidak tumpang-tindih
overlapping. Untuk empat primer SSR menunjukkan bahwa umumnya alel tetua ditemukan di progeni legitimate hybrid. Contoh profil alel tetua dan progeni
persilangan di Lampung tipe persilangan 46H x DBI tersaji pada Gambar 8.7.
Gambar 8.7 Profil alel tetua dan progeni persilangan di Lampung. A primer SNAP gen WRKY213 237 pb; 46H adalah tetua betina; DBI adalah
tetua jantan. B primer SSR CnCir 56; 46H dan 53C adalah tetua betina; DBI adalah tetua jantan. M: DNA marker 100 pb ladder. Nomor dalam
foto gel adalah skoring alel dari pita di sebelah kiri nomor dimaksud
8.3.6 Analisis Kebenaran Tetua
Untuk memvalidasi terjadinya ilegitimasi dalam suatu populasi hasil persilangan, data genotipe dianalisis menggunakan piranti lunak COLONY.
Berdasarkan hasil analisis COLONY untuk salah satu tipe persilangan 46H x DBI yang dilakukan di Lampung, diketahui bahwa progeninya tidak terdapat
individu yang diduga illegitimate Gambar 8.8. Hal tersebut terlihat dari garis yang sesuai dengan perkiraan kontsruksi tetua.
M DBI F
1
F
1
F
1
F
1
F
1
46H F
1
F
1
53C
200 pb
100
4 3
1 2
1000 pb 500
100 M Tetua
♀ Tetua ♂ 5 Individu F
1
Gambar 8.8 Konstruksi pedigree menggunakan piranti lunak COLONY. Identitas tetua pada bagian atas dan keturunannya pada bagian bawah. Garis merah
menunjukkan tetua jantan dan garis kuning menunjukkan tetua betina
8.3.7 Kekerabatan Genetik Berdasarkan Analisis Cluster
Hasil analisis progeni enam belas tipe persilangan di Lampung menunjukkan bahwa sebagian besar 84.4 progeni merupakan legitimate hybrid.
Sebanyak 15.6 individu dari jumlah total progeni 43 individu merupakan illegitimate hybrid. Hal ini menunjukkan bahwa persilangan di Lampung memiliki
tingkat keberhasilan yang tinggi, meskipun jumlah progeni yang relatif sedikit. Sebagai contoh analisis progeni disajikan dari persilangan 46H dan DBI, seperti
pada Gambar 8.9.
Gambar 8.9 Pohon filogenetik berdasarkan metode Neighbour Joining dari individu 46H, DBI dan progeni. Individu 46HxDBI1 dan 46HxDBI3
adalah progeni legitimate, sedangkan individu lainnya adalah illegitimate
←
Legitimate Hybrid
Illegitimate Hybrid
→
Persilangan kelapa Dalam kopyor di Lampung dengan kelapa unggul nasional DTE, DMT, DBI, GSK menghasilkan progeni yang memiliki alel tetua
betina dan jantan legitimate hybrid lebih banyak dari individu illegitimate hybrid. Legitimate hybrid mencapai 84.4 dari jumlah total individu sebanyak 36
individu sedangkan illegitimate hybrid hanya 15.6, seperti disajikan pada Gambar 8.10. Hal ini diduga karena tidak terjadi hibridisasi dengan polen tetua
yang lain. Persentase jumlah individu illegitimate hybrid pada persilangan di Lampung lebih rendah dari persilangan di Pati karena jumlah progeni dari setiap
persilangan di Lampung lebih sedikit sehingga dapat dianggap belum merepre- sentasikan jumlah ideal progeni untuk suatu persilangan.
Gambar 8.10 Grafik tingkat keberhasilan persilangan di Lampung berdasar jumlah individu A dan persentasi B menggunakan tetua jantan DTE, DMT,
DBI dan GSK Tetua jantan kelapa Dalam Bali DBI memiliki persentasi paling tinggi
100 sedangkan tetua jantan kelapa Genjah Salak GSK paling rendah 75. Hal ini menyatakan bahwa individu legitimate hybrid lebih banyak diperoleh dari
penyerbukan polen kelapa DBI. Dengan demikian tetua jantan DBI merupakan tetua yang memiliki nilai persentasi tertinggi baik pada persilangan di Pati
