CnCir 87 2
1.81 0.44
0.45 0.35
CnCir 123 5
2.07 0.40
0.52 0.47
CnCir 121 3
1.71 0.20
0.42 0.38
CnCir C5 4
2.99 0.32
0.67 0.61
CnCir C9 5
1.91 0.56
0.48 0.44
CnCir E4 3
1.39 0.28
0.28 0.26
CnCir A3 2
1.72 0.28
0.42 0.33
CnCir H11 4
2.01 0.32
0.50 0.47
CnCir 73 4
2.62 0.12
0.62 0.54
CnCir 1 4
1.91 0.52
0.48 0.44
CnCir 226 2
1.97 0.88
0.49 0.37
CnCir E11 6
1.93 0.36
0.48 0.46
CnCir 119 3
1.93 0.56
0.48 0.43
CnCir E2 4
1.34 0.20
0.25 0.24
CnCir 2 4
2.35 0.52
0.57 0.51
Total 69
37.87 9.14
7.72 8.11
Rerata 3.63
1.99 0.406
0.48 0.43
Keterangan: Ho = heterozigositas pengamatan, He = heterozigositas harapan
Gambar 6.2 Hasil analisis filogenetik dengan metode Neighbour Joining menggunakan piranti lunak DARwin untuk 10 individu Genjah Kuning
Nias GKN dan 15 individu Dalam Tenga DTA berdasarkan keragaman alel pada 19 lokus marka SSR
6.3.2 Analisis Keragaman Genetik dan Kebenaran Tetua Populasi GKN, DTA dan KHINA-1
6.3.2.1 Profil Alel, Tingkat Heterozigositas dan Polimorfisme Berdasarkan Marka SSR
Keseluruhan primer SSR yang diuji menghasilkan pita polimorfik untuk populasi tetua dan KHINA-1. Contoh alel yang teridentifikasi di antara sejumlah
individu tetua GKN dan DTA yang diamplifikasi dengan primer SSR CNZ 51 dan CnCir 56 disajikan pada Gambar 6.3.
Gambar 6.3 Profil alel untuk marka SSR menggunakan pasangan primer A CNZ 51 dan B CnCir 56 untuk Tetua dan KHINA-1 1
–24. M: DNA marker 100 pb ladder.
● = Hibrida. Nomor dalam foto gel adalah skoring alel
dari pita di sebelah kiri nomor dimaksud
Gambar 6.5 dan Tabel 6.2 disajikan untuk menunjukkan ada tidaknya
perubahan parameter keragaman populasi yang didapat setelah ditambahkan individu hibrida KHINA-1 ke dalam analisis keragaman genetik. Dengan
menambahkan populasi KHINA-1, analisis dengan 19 lokus SSR menghasilkan 74 pita polimorfik dari total populasi GKN, DTA dan KHINA-1. Dari total 74 alel
yang terdeteksi, jumlah alel terdeteksi per lokus Na bervariasi dari 2 alel CnCir 87, CnCir A3 dan CnCir 226 hingga 6 alel CnCir E11 dan dengan rataan 3.70
alel per lokus. Jumlah alel efektif Ne untuk setiap lokus berkisar antara 1.24
– 4.16 dengan rataan 2.32 alel efektif per lokus. Jumlah alel yang diperoleh masih
lebih rendah dari Martial et al. 2013 yang mengevaluasi populasi kelapa Dalam hasil persilangan terkontrol di Afrika Selatan dengan jumlah alel 4
–14. Pada populasi total, nilai heterozigositas pengamatan Ho berkisar antara 0.14
–0.90 dengan nilai rataan 0.41, heterozigositas harapan He berkisar antara 0.18
–0.49 dengan nilai rataan 0.38. Nilai Polymorphic information content PIC, bervariasi
antara 0.18 E2 sampai dengan 0.72 CNZ 51 dengan rataan 0.47 Tabel 6.2. Kimura dan Crow 1964 menyatakan bahwa jumlah alel efektif merupakan
gambaran dari jumlah alel yang terdapat pada suatu populasi sampai tahap individu siap melakukan persilangan, alel-alel tersebut tetap dipelihara pada
populasi.
Jika dibandingkan antara hasil analisis keragaman dalam populasi tetua
GKN dan DTA, Tabel 6.1 dan Gambar 6.2 dan dalam populasi total GKN, DTA, dan KHINA-1, Tabel 6.2 dan Gambar 6.5 yang dievaluasi, terdapat
peningkatan jumlah alel total dari 73 populasi tetua menjadi 74 populasi total dan rataan jumlah alel per lokus 3.65 menjadi 3.70 Tabel 6.1 dan Tabel 6.2;
jumlah alel efektif berkisar 1.34
–2.99 populasi tetua menjadi 1.24–4.16
populasi total dan rataan alel efektif per lokus 1.99 menjadi 2.32 Tabel 6.1 dan Tabel 6.2; Ho berkisar 0.12
–0.88 populasi tetua menjadi 0.14–0.90 populasi
total dan rataan 0.40 menjadi 0.41 Tabel 6.1 dan Tabel 6.2; He berkisar 0.25
– 0.67 populasi tetua menjadi dengan 0.18
–0.49 populasi total dan rataan 0.48
menjadi 0.38 Tabel 6.1 dan Tabel 6.2 serta PIC berkisar 0.24
–0.61 populasi
7 6
5 4
3 1 2 7 8
5 6 3 4
1 2
