6.3.2.5 Heterozigositas Antar Populasi GKN, DTA dan KHINA-1
Parameter keragaman genetik dari populasi tetua dan KHINA-1 ditampilkan
pada Tabel 6.5. Nilai heterozigositas pengamatan Ho berada pada kisaran 0.05 sampai 0.64, sedangkan heterozigositas harapan He pada kisaran 0.03 sampai
0.59. Hasil analisis terhadap tiga populasi, nilai heterozigositas pengamatan Ho seluruhnya lebih tinggi terhadap heterozigositas harapan He. Nilai Ho yang
lebih besar daripada nilai He menunjukkan bahwa lokus tersebut memiliki tingkat heterozigositas yang tinggi. Sebaliknya, jika He lebih besar dari Ho, maka lokus
tersebut memiliki tingkat heterozigositas yang rendah Govindaraj et al. 2015.
Tabel 6.5 Parameter keragaman genetik pada populasi GKN, DTA dan KHINA-1 berdasarkan nilai heterozigositas pengamatan Ho dan heterozigositas
harapan He
Populasi Jumlah sampel
Ho He
GKN 10
0.05 0.03
DTA 15
0.64 0.59
KHINA-1 72
0.56 0.53
Rerata 0.42
0.38
6.3.2.6 Nilai Polimorfisme Marka SSR Pada Populasi GKN, DTA dan KHINA-1
Sebanyak 19 marka SSR yang digunakan umumnya bersifat polimorfik. Pada seluruh populasi, nilai rata-rata polymorphic information content PIC
tertinggi terdapat pada lokus CNZ 51 yaitu 0.45. Sedangkan nilai PIC terendah pada seluruh populasi terdapat pada lokus CnCir E2 sebesar 0.17. Pada populasi
GKN, nilai PIC tertinggi terdapat pada lokus CnCir 226 yaitu sebesar 0.38, sedangkan lokus yang lain memiliki nilai PIC sama dengan nol. Untuk populasi
DTA, nilai PIC tertinggi 0.64 terdapat pada tiga lokus CNZ 21, CnCir C5 dan CnCir E4 dan terendah 0.36. Populasi KHINA-1 memiliki nilai PIC tertinggi dari
populasi tetua yang terdapat di lokus CNZ 51 sebesar 0.75 dan nilai terendah pada lokus CnCir E2 0.16.
Berdasarkan nilai PIC pada setiap populasi yang diuji, terlihat bahwa nilai rataan PIC terhadap masing-masing populasi masih sangat rendah. Namun nilai
PIC pada seluruh populasi kurang informatif terlihat dari nilai rataan yaitu 0.34. Hanya 4 marka CNZ 51, CNZ 21, CnCir C9, CnCir H11 yang memiliki nilai
PIC diatas 0.4 yaitu secara berurutan 0.45, 0.42, 0.42 dan 0.41. Nilai PIC pada 15 marka SSR lainnya di bawah 0.4 yaitu pada kisaran 0.17
–0.37 Tabel 6.6.
Berdasarkan hal tersebut, 4 marka SSR yang digunakan dalam penelitian ini cukup informatif di dalam membedakan individu dalam populasi yang diuji.
Berdasarkan Okoye et al. 2016, nilai PIC lebih dari 0.7 menunjukkan marka yang digunakan sangat informatif. Sedangkan PIC 0.4 menunjukkan marka cukup
informatif.
Tabel 6.6 Nilai PIC Polymorphic Information Content 19 lokus SSR untuk populasi GKN, DTA dan KHINA-1
Populasi Z21 Z51 56 A9
87 123 121 C5 C9 E4
A3 H11 73 1
226 E11 119 E2 2
Rerata GKN
0.38 0.02
DTA 0.64 0.61 0.54 0.44 0.37 0.62 0.51 0.64 0.60 0.37 0.38 0.63 0.44 0.61 0.36 0.64 0.56 0.36 0.60 0.52
KHINA-1 0.63 0.75 0.56 0.41 0.37 0.36 0.54 0.42 0.64 0.38 0.35 0.59 0.67 0.50 0.37 0.45 0.43 0.16 0.50 0.48
Rerata 0.42 0.45 0.36 0.28 0.25 0.33 0.35 0.35 0.42 0.25 0.24 0.41 0.37 0.37 0.37 0.36 0.33 0.17 0.37
6.3.2.7 Kekerabatan Genetik Berdasarkan Analisis Filogenetik
Analisis filogenetik populasi yang diuji berdasarkan 19 marka SSR menunjukkan lima kelompok yang berbeda. Kelompok I, sepuluh individu tetua
GKN mengelompok menjadi satu dengan 13 individu KHINA-1 yang menunjukkan bahwa 13 individu KHINA-1 mempunyai latar belakang genetik
yang sama berdasarkan kesamaan pola pita dari 19 marka SSR. Jika dibandingkan dengan tetua populasi jantan DTA yang berada pada Kelompok V, 13 individu
KHINA-1 tersebut mempunyai jarak genetik yang jauh. Data tersebut mengindikasikan bahwa tetua jantan dari 13 individu KHINA-1 tersebut
kemungkinan besar bukan turunan dari populasi DTA yang diuji. Individu KHINA-1 yang masuk ke dalam Kelompok II dan III, kesemuanya mempunyai
posisi di antara tetua betina dan tetua jantan.
Gambar 6.5 Pohon filogenetik berdasarkan metode Neighbour Joining dari individu GKN, DTA dan KHINA-1 menggunakan 19 lokus marka SSR.
Individu nomor 1 –10 adalah tetua GKN, 11–25 adalah tetua DTA, 26–97
adalah KHINA-1 I
V IV
III II
Tetua ♀
Tetua ♂
Kategori