Nilai Polimorfisme Marka SNAP pada Populasi Kelapa Dalam dan Genjah Kekerabatan Genetik Berdasarkan Analisis Filogenetik

setiap sub-populasi. Penggunaan STRUCTURE dapat mengelompokan individu- individu di dalam populasi dengan akurat. Piranti lunak ini digunakan untuk mengidentifikasi struktur populasi dan mengatasi masalah terdapatnya individu yang meragukan di dalam sub-populasi Pritchard et al. 2000. Perhitungan ad hoc maksimum ΔK diperoleh pada K=2, yang menyatakan bahwa populasi uji secara signifikan dibagi atas dua sub-grup Gambar 4.4. Subgrup pertama adalah populasi kelapa Dalam dengan proporsi genetik dominan yang berwarna hijau dan subgrup kedua adalah populasi kelapa Genjah dengan proporsi genetik yang dibedakan dengan warna merah. Gambar 4.4 Berdasarkan marka SNAP dan pendekatan metode Evanno populasi kelapa Dalam dan Genjah dibagi menjadi 2 subgrup populasi sesuai delta K maksimum pada K=2 Berdasarkan hasil analisis STRUCTURE Gambar 4.5, terlihat adanya pencampuran genetik dari setiap populasi yang diuji. Tingkat kemurnian genetik dari masing-masing anggota populasi yang diuji sangat bervariasi. Populasi kelapa Dalam memiliki tingkat kemurnian genetik yang lebih rendah dibandingkan kelapa Genjah. Gambar 4.5 Estimasi struktur populasi kelapa Dalam label hitam dan Genjah label merah berdasarkan 16 primer SNAP menggunakan piranti lunak STRUCTURE. Label individu berupa 3 huruf nama aksesi yang diikuti dengan nomor individu aksesi

4.4 Simpulan

Sebanyak 16 marka SNAP yang digunakan, terdapat dua belas primer yang termasuk kategori cukup informatif membedakan gen dari tiap individu dalam 41 populasi yang diuji. Sedangkan empat primer lainnya WRKY61, SUS117, SACPD1, dan SUS111 dikategorikan tidak informatif. Aksesi kelapa Dalam dan Genjah dengan marka SNAP dapat dipisahkan ke dalam tiga kelompok yang berbeda dengan piranti lunak DARwin menggunakan metode Neighbour Joining. Struktur genetik populasi dengan piranti lunak STRUCTURE dapat membagi kelapa Dalam dan Genjah atas dua subgrup populasi, dari perhitungan ad hoc maksimum ΔK diperoleh pada K=2. Subgrup pertama adalah kelapa Dalam dan subgrup kedua adalah kelapa Genjah.