Tabel 8.2 Primer SSR yang terpilih untuk identifikasi hibrida kelapa kopyor
Nama primer
Sekuens primer Panjang
primer basa TM
°C Ukuran
alel pb CNZ 21
F: ATAACATCCTCCAACCTG R: GACTGAATCCAACCCTT
18 17
55 170
–185 CNZ 51
F: AAAGTGAAGTGGATAATGTG R: AGAGAGGATCTAGGGTTGT
20 19
55 170
–190 CnCir 56
F: AGTCCTAAAAGTGTTGGC R: GTAATCCTATGGCTGCTT
18 18
55 230
–250 CnCir A9 F: GGACACTGGGTTCTGTT
R: CTCTGTAATCTGCGGG 17
16 55
213 –230
Keterangan: F = Primer forward; R = Primer reverse; pb = pasang basa.
Gambar 8.2 Profil alel primer CnCir 56 yang membedakan tetua betina dan tetua jantan pada persilangan di Pati. H1-H4 K1-K4 adalah tetua betina.
DTE, DMT, GSK DBI adalah tetua jantan. M: DNA marker 100 pb ladder
8.3.2 Profil Alel Persilangan Kelapa Kopyor Pati dengan Marka SNAP SSR
Identitas progeni persilangan kelapa kopyor Pati dianalisis pada stadia bibit kelapa kopyor menggunakan 4 primer SNAP dan empat primer SSR. Amplifikasi DNA yang
dilakukan menunjukkan bahwa umumnya profil alel F
1
sama dengan alel tetua betina yang mengindikasikan kelima individu F
1
adalah legitimate hybrid. Untuk empat primer SSR menunjukkan bahwa umumnya alel tetua tidak ditemukan di progeni illegitimate
hybrid. Contoh profil alel tetua dan progeni persilangan di Pati tersaji pada Gambar 8.3.
Gambar 8.3 Profil alel tetua dan progeni persilangan di Pati. A primer SNAP gen WRKY191 210 pb dan WRKY63 352 pb; K3 adalah tetua
betina; GSK adalah tetua jantan; B primer SSR CnCir 56; K1, K2, K4, H4 adalah tetua betina; DTE, DMT, DBI adalah tetua jantan
M K1 F
1
F
1
DTE K2 F
1
F
1
DMT K4 F
1
F
1
DBI F
1
F
1
H4 M
200 pb
100 200 pb
100
7 8 5 6
4 3 2
1
M Tetua
♀
Tetua
♂
5 Individu F
1
500 pb
100
WRKY63 WRKY191
M H1 K1 DTE H2 K2 DMT H3 K3 GSK H4 K4 DBI
200 pb
8.3.3 Analisis Kebenaran Tetua
Untuk memvalidasi terjadinya ilegitimasi dalam suatu populasi, data genotipe dianalisis menggunakan piranti lunak COLONY. Berdasarkan hasil
analisis COLONY untuk salah satu tipe persilangan H4 x DBI yang dilakukan di Pati, diketahui bahwa progeninya tidak terdapat individu yang diduga illegitimate
Gambar 8.4. Hal ini terlihat dari garis yang sesuai dengan perkiraan konstruksi tetua. Polen yang digunakan merupakan polen dari pohon kelapa terseleksi dan
benih yang diperoleh pada setiap generasi dilabel dengan baik sehingga identitas individu tetua pohon sebagai jantan dari setiap generasi zuriat diketahui. Dengan
demikian persilangan antara H4 dan DBI dapat menentukan pola konstruksi tetua berdasarkan analisis COLONY.
Gambar 8.4 Konstruksi pedigree menggunakan piranti lunak COLONY. Identitas tetua pada bagian atas dan keturunannya pada bagian bawah. Garis merah
menunjukkan tetua jantan dan garis kuning menunjukkan tetua betina
8.3.4 Kekerabatan Genetik Berdasarkan Analisis Cluster
Hasil analisis progeni delapan tipe persilangan di Pati menunjukkan bahwa tidak semua progeni merupakan legitimate hybrid. Sebanyak 36 individu dari
jumlah total progeni 73 individu merupakan illegitimate hybrid. Hal ini disebabkan oleh tetua betina adalah kelapa Genjah kopyor sehingga telah terjadi
penyerbukan sendiri sebelum dilakukan penyerbukan dengan masing-masing tetua jantan. Karakteristik kelapa Genjah yang umumnya menyerbuk sendiri
menyebabkan progeninya berpeluang menjadi individu illegitimate hybrid. Menurut Teulat et al. 2000 kelapa tipe Genjah menyerbuk sendiri karena tidak
