Nilai Polimorfisme Marka SSR pada Populasi Kelapa Dalam dan Genjah

Kelompok aksesi kelapa Dalam yang tidak menyebar dan tidak bercampur seperti kelapa Dalam Bali DBI, Dalam Mamuaya DMA, Dalam Palu DPU, DJA Dalam Jepara, DTE Dalam Takome, DLP Dalam Lubuk Pakam memiliki hubungan genetik terjauh dari kelompok aksesi kelapa Genjah. Namun, aksesi kelapa DMA dan DPU berasal dari Sulawesi, kelapa DJA berasal dari Jawa Tengah, DTE berasal dari Maluku Utara, DLP berasal dari Sumatera Utara, tetapi membentuk kelompok yang sama dan memiliki hubungan genetik yang dekat. Hal ini diduga karena terjadi persilangan alami dalam populasi tersebut. Gambar 5.2 Pohon filogenetik kelapa Dalam dan Genjah berdasarkan metode Neighbour Joining menggunakan piranti lunak DARwin berdasarkan 20 lokus marka SSR Aksesi kelapa Dalam yang memiliki hubungan genetik dekat dengan kelapa Genjah yaitu kelapa Dalam Pandu DPA, Dalam Pungkol DPL, Dalam Ilo-Ilo DIO, Dalam Kalasey DKY, Dalam Paslaten DPN, Dalam Tenga DTA yang berasal dari Sulawesi Utara, dan kelapa Dalam Banyuwangi DBG, Dalam Sawarna DSA, berasal dari Jawa Timur dan Jawa Barat. Aksesi-aksesi ini perlu dipertimbangkan jika digunakan sebagai tetua persilangan kelapa Dalam x Genjah karena kedekatan hubungan genetik. Sebanyak sembilan aksesi kelapa Genjah GHN, GSK, GHJ, GMN, GKM, GAK, GRA, GOS, GKN tidak bercampur dengan aksesi yang lain, sedangkan empat aksesi yang lain GMM, GKB, GTT, GWU bercampur dalam satu kelompok. Untuk kelapa Dalam sebanyak dua belas aksesi DAI, DIO, DKY, DSA, DPN, DTA, DLP, DTE, DJA, DMA, DPU, DBI mengelompok sendiri, namun enam belas aksesi kelapa Dalam DPA, DPL, DBG, DMT, DSE, DAG, DWA, DKN, DTS, DKL, DMW, DTT, DLO, DSN, DTU, DRS bercampur dengan aksesi yang lain. Aksesi-aksesi kelapa Dalam dan Genjah yang bercampur dengan aksesi lain mengindikasikan bahwa terdapat kesamaan alel yang dimiliki oleh genotipe-genotipe tersebut dengan genotipe aksesi tertentu dari hasil analisis metode Neighbour Joining. Individu-individu yang bercampur dengan aksesi lain dalam satu kelompok diduga akibat telah terjadi persilangan alami antar individu. Hasil analisis diversitas kelapa Dalam menunjukkan keragaman yang tinggi antar aksesi yang dievaluasi. Sebaliknya, kelapa Genjah yang dianalisis menunjukkan tingkat keseragaman yang tinggi antar aksesi Gambar 5.2. Hal ini menunjukkan bahwa kelapa Dalam yang dievaluasi memiliki komposisi genetik yang sangat berbeda dengan kelapa Genjah. Menurut Teulat et al. 2000 kelapa Dalam memiliki keragaman dan heterozigositas yang tinggi akibat pola penyerbukan bunga yang open pollinated. Kelapa Dalam umumnya menyerbuk silang sehingga variasi alel pada setiap individu lebih tinggi dibandingkan dengan kelapa Genjah yang menyerbuk sendiri Novarianto 2010. Hasil pengamatan di lapang juga menunjukkan adanya perbedaan ciri morfologi yang signifikan antara kedua tipe kelapa yang diuji. Hubungan kekerabatan antar populasi kelapa Dalam dan Genjah sangat jauh dan tingkat heterogenitas yang tinggi antar kelapa Dalam memberikan harapan bahwa populasi hibrida hasil persilangan antar keduanya dapat menghasilkan hibrida yang lebih baik dibandingkan kedua tetuanya sebagai akibat terjadinya heterosis.

5.3.7 Analisis Struktur Populasi Kelapa Dalam dan Genjah

Analisis struktur genetik populasi dari ke-41 aksesi kelapa Dalam dan Genjah dianalisis menggunakan piranti lunak STRUCTURE dengan pendekatan Bayesian untuk menentukan nilai K, yaitu jumlah sub-populasi dalam suatu koleksi dan mengestimasi proporsi genom setiap aksesi yang berasal dari setiap sub-populasi. Penggunaan STRUCTURE dapat melakukan pengelompokan individu-individu di dalam populasi dengan akurat Gambar 5.3. Piranti lunak ini digunakan untuk mengidentifikasi struktur populasi dan mengatasi masalah terdapatnya individu yang meragukan di dalam sub-populasi Pritchard et al. 2000. Perhitungan ad hoc ΔK diperoleh pada K=2, yang menyatakan bahwa populasi uji secara signifikan dibagi atas dua sub-grup. Alel-alel SSR spesifik yang berasal dari kelapa Dalam direpresentasikan oleh warna hijau, kelapa Genjah dengan warna merah Gambar 5.4. Hasil analisis STRUCTURE menunjukkan komposisi genetik antara kelapa Dalam dan Genjah yang bercampur, karena pada populasi kelapa Dalam terdapat sejumlah alel SSR yang sama dengan alel kelapa Genjah. Aksesi kelapa Dalam menunjukkan variasi campuran warna merah dan hijau yang sangat tinggi, mengindikasikan adanya campuran genetik antar