Bahan Tanaman Persilangan di Pati Bahan Tanaman Persilangan di Lampung

Tabel 8.1 Primer SNAP gen WRKY yang terpilih untuk identifikasi hibrida kelapa kopyor Nama primer Sekuens primer Panjang primer basa TM °C Ukuran alel pb WRKY61Ref AAAATATAATTCAGGGAATTAAGCAG 26 54.9 107 WRKY61Rev AAAGTAGTGAAAGGGAATCCAAA 23 55.1 WRKY61Alt AAAATATAATTCAGGGAATTAAGCAA 26 55.2 107 WRKY63Ref ATAAATATCACATATCCCTGAGCAA 25 55.0 352 WRKY63Rev CTACAGGTATTGTTAAATGTGCCA 24 55.0 WRKY63Alt TATAAATATCACATATCCCTGAGCAG 26 54.9 353 WRKY191Ref CGTCTTCTGCAAACTAAGCTCA 22 56.3 211 WRKY191Rev ATGATATATATACAAGACTACGCCGAT 27 55.0 WRKY191Alt GTCTTCTGCAAACTAAGCTCG 21 53.5 210 WRKY213Ref AGCATCTTGATCAATTACGATACC 24 55.4 237 WRKY213Rev TACCATATATTAATGCGGATGAGAT 25 55.4 WRKY213Alt AAGCATCTTGATCAATTACGATACA 22 55.4 238 Gambar 8.1 Profil alel primer SNAP gen WRKY61, WRKY63, WRKY191, WRKY213 pada persilangan di Pati A dan primer WRKY191, WRKY213 pada persilangan di Lampung B. R: primer reference; A: primer alternate. M: DNA marker 100 pb ladder Hasil seleksi 20 pasang primer SSR diperoleh 4 pasang primer CNZ 21, CNZ 51, CnCir 56, CnCir A9 yang dapat membedakan tetua betina dengan tetua jantan untuk identifikasi hibrida kelapa kopyor. Empat pasang primer yang terpilih dapat dilihat pada Tabel 8.2. Contoh profil alel yang dapat membedakan tetua betina dan jantan dapat dilihat pada Gambar 8.2. 500 pb 100 WRKY63; 352 pb WRKY191; 210 pb WRKY213; 237 pb WRKY61; 107 pb WRKY191; 210 pb WRKY213; 237 pb M ♀R ♀A ♂R ♂A ♀R ♀A ♂R ♂A ♀R ♀A ♂R ♂A M ♀R ♀A ♂R ♂A A B Tabel 8.2 Primer SSR yang terpilih untuk identifikasi hibrida kelapa kopyor Nama primer Sekuens primer Panjang primer basa TM °C Ukuran alel pb CNZ 21 F: ATAACATCCTCCAACCTG R: GACTGAATCCAACCCTT 18 17 55 170 –185 CNZ 51 F: AAAGTGAAGTGGATAATGTG R: AGAGAGGATCTAGGGTTGT 20 19 55 170 –190 CnCir 56 F: AGTCCTAAAAGTGTTGGC R: GTAATCCTATGGCTGCTT 18 18 55 230 –250 CnCir A9 F: GGACACTGGGTTCTGTT R: CTCTGTAATCTGCGGG 17 16 55 213 –230 Keterangan: F = Primer forward; R = Primer reverse; pb = pasang basa. Gambar 8.2 Profil alel primer CnCir 56 yang membedakan tetua betina dan tetua jantan pada persilangan di Pati. H1-H4 K1-K4 adalah tetua betina. DTE, DMT, GSK DBI adalah tetua jantan. M: DNA marker 100 pb ladder

8.3.2 Profil Alel Persilangan Kelapa Kopyor Pati dengan Marka SNAP SSR

Identitas progeni persilangan kelapa kopyor Pati dianalisis pada stadia bibit kelapa kopyor menggunakan 4 primer SNAP dan empat primer SSR. Amplifikasi DNA yang dilakukan menunjukkan bahwa umumnya profil alel F 1 sama dengan alel tetua betina yang mengindikasikan kelima individu F 1 adalah legitimate hybrid. Untuk empat primer SSR menunjukkan bahwa umumnya alel tetua tidak ditemukan di progeni illegitimate hybrid. Contoh profil alel tetua dan progeni persilangan di Pati tersaji pada Gambar 8.3. Gambar 8.3 Profil alel tetua dan progeni persilangan di Pati. A primer SNAP gen WRKY191 210 pb dan WRKY63 352 pb; K3 adalah tetua betina; GSK adalah tetua jantan; B primer SSR CnCir 56; K1, K2, K4, H4 adalah tetua betina; DTE, DMT, DBI adalah tetua jantan M K1 F 1 F 1 DTE K2 F 1 F 1 DMT K4 F 1 F 1 DBI F 1 F 1 H4 M 200 pb 100 200 pb 100 7 8 5 6 4 3 2 1 M Tetua ♀ Tetua ♂ 5 Individu F 1 500 pb 100 WRKY63 WRKY191 M H1 K1 DTE H2 K2 DMT H3 K3 GSK H4 K4 DBI 200 pb