Bahan Tanaman Persilangan di Pati Bahan Tanaman Persilangan di Lampung
Tabel 8.1 Primer SNAP gen WRKY yang terpilih untuk identifikasi hibrida kelapa kopyor
Nama primer Sekuens primer
Panjang primer
basa
TM °C
Ukuran alel pb
WRKY61Ref AAAATATAATTCAGGGAATTAAGCAG
26 54.9
107 WRKY61Rev
AAAGTAGTGAAAGGGAATCCAAA 23
55.1 WRKY61Alt
AAAATATAATTCAGGGAATTAAGCAA 26
55.2 107
WRKY63Ref ATAAATATCACATATCCCTGAGCAA
25 55.0
352 WRKY63Rev
CTACAGGTATTGTTAAATGTGCCA 24
55.0 WRKY63Alt
TATAAATATCACATATCCCTGAGCAG 26
54.9 353
WRKY191Ref CGTCTTCTGCAAACTAAGCTCA 22
56.3 211
WRKY191Rev ATGATATATATACAAGACTACGCCGAT 27
55.0 WRKY191Alt GTCTTCTGCAAACTAAGCTCG
21 53.5
210 WRKY213Ref AGCATCTTGATCAATTACGATACC
24 55.4
237 WRKY213Rev TACCATATATTAATGCGGATGAGAT
25 55.4
WRKY213Alt AAGCATCTTGATCAATTACGATACA 22
55.4 238
Gambar 8.1 Profil alel primer SNAP gen WRKY61, WRKY63, WRKY191, WRKY213 pada persilangan di Pati A dan primer WRKY191,
WRKY213 pada persilangan di Lampung B. R: primer reference; A: primer alternate. M: DNA marker 100 pb ladder
Hasil seleksi 20 pasang primer SSR diperoleh 4 pasang primer CNZ 21, CNZ 51, CnCir 56, CnCir A9 yang dapat membedakan tetua betina dengan tetua
jantan untuk identifikasi hibrida kelapa kopyor. Empat pasang primer yang terpilih dapat dilihat pada Tabel 8.2. Contoh profil alel yang dapat membedakan
tetua betina dan jantan dapat dilihat pada Gambar 8.2.
500 pb 100
WRKY63; 352 pb
WRKY191; 210 pb WRKY213; 237 pb
WRKY61; 107 pb WRKY191; 210 pb
WRKY213; 237 pb
M ♀R ♀A ♂R ♂A ♀R ♀A ♂R ♂A ♀R ♀A ♂R ♂A M ♀R ♀A ♂R ♂A
A B
Tabel 8.2 Primer SSR yang terpilih untuk identifikasi hibrida kelapa kopyor
Nama primer
Sekuens primer Panjang
primer basa TM
°C Ukuran
alel pb CNZ 21
F: ATAACATCCTCCAACCTG R: GACTGAATCCAACCCTT
18 17
55 170
–185 CNZ 51
F: AAAGTGAAGTGGATAATGTG R: AGAGAGGATCTAGGGTTGT
20 19
55 170
–190 CnCir 56
F: AGTCCTAAAAGTGTTGGC R: GTAATCCTATGGCTGCTT
18 18
55 230
–250 CnCir A9 F: GGACACTGGGTTCTGTT
R: CTCTGTAATCTGCGGG 17
16 55
213 –230
Keterangan: F = Primer forward; R = Primer reverse; pb = pasang basa.
Gambar 8.2 Profil alel primer CnCir 56 yang membedakan tetua betina dan tetua jantan pada persilangan di Pati. H1-H4 K1-K4 adalah tetua betina.
DTE, DMT, GSK DBI adalah tetua jantan. M: DNA marker 100 pb ladder