Selanjutnya, pembesar misi Societas Jesus menunjuk Pater Prof. Dr. Nicolaus Driyarkara, S.J. menjadi Dekan PTPG Sanata Dharma sedangkan
Wakil Dekan dipercayakan kepada Pater H.Loeff, S.J.
2. Perkembangan Selanjutnya
Untuk menyesuaikan diri dengan ketentuan Pemerintah, Kementrian P dan K tentang perubahan PTPG menjadi FKIP Sanata Dharma dan merupakan
bagian dari Universitas Katolik Indonesia cabang Yogyakarta. Pada masa FKIP ini, Sanata Dharma berhasil memperoleh status DISAMAKAN dengan
negeri berdasarkan SK Menteri PTIP No.I1961, pada tanggal 6 Mei 1961 dan No.771962 tanggal 11 Juli 1962. Tetapi secara de facto FKIP-FKIP yang
dibentuk dari PTPG tetap berdiri sendiri dan FKIP Sanata Dharma di Universitas Katolik Indonesia cabang Yogyakarta
hanyalah nama di atas kertas saja. Mulai 15 Juili 1961 Seminari tinggi Yogyakarta menggabungkan
diri dengan FKIP Sanata Dharma dan mempunyai jurusan baru, bernama Jurusan Filsafat Teologi.
Untuk mengatasi kerancuan ini akhirnya pemerintah kembali menetapkan agar FKIP terdiri sendiri menjadi IKIP. Karena itu FKIP Sanata
Dharma juga berubah menjadi IKIP Sanata Dharma berdasarkan SK Menteri PTIP No.237B-SwtU1965. Surat keputusan ini berlaku mulai tanggal 1
September 1965. Dalam masa IKIP tersebut, banyak hal berkembang di Sanata Dharma.
Perkembangannya meliputi
berbagai aspek,
baik yang
menyangkut
pembangunan secara fisik, administrasi, pengajaran dan penelitian maupun pengabdian pada masyarakat. IKIP sanata Dharma dilengkapi dengan
lembaga-lembaga pendukung, yaitu Pusat Penelitian Sanata Dharma, Pusat Pengabdian pada Masyarakat, dan Pusat Komputer. Selain itu, FKIP Sanata
Dharma didukung pula oleh dua biro administrasi, yaitu Biro Administrasi Umum BAU dan Biro Administrasi Akademik dan Mahasiswa BAAK.
Yayasan Sanata
Dharma membuka
sekolah latihan
bagi mahasiswanya, yaitu SMP Sanata Dhrama pada tanggal 1 Januari 1967. SMP
ini terletak di bagian utara kampus Sanata Dharma SMP berakhir tahun 2002. Pada tanggal 1 Januari 1973 juga dibuka pendidikan non-gelar bagi para
lulusan SLTA, yaitu program Extension Course Bahasa Inggris. Program ini dilaksanakan dalam rangka pengabdian pada masyarakat.
Pada bulan Juli 1979, IKIP Sanata Dharma melaksanakan program Sarjana Muda dan Sarjana. Pada saat yang sama Depdikbud juga
mempercayakan kepada IKIP Sanata Dharma untuk mengelola program Diploma I, II, dan III pada berbagai jurusan seperti Matematika, Fisika,
Bahasa Indonesia, Bahasa Inggris, IPS, dan PMP. Berbagai diploma ini ditutup pada tahun 1990, dan selanjutnya dibuka program Diploma II PGSD.
Pada akhirnya untuk menyesuaikan diri dengan tuntutan dan kebutuhan masyarakat serta kemajuan zaman, maka pada tanggal 20 April
1993 sesuai dengan SK Mendikbud No.46D01993, IKIP Sanata Dharma dikembangkan menjadi Universitas Sanata Dharma. Dengan perkembangan