Letak Geografis dan Administratif
mangrove yang bersifat asam dapat mempengaruhi nilai pH pada kedalaman 0 m permukaan. Nilai pH terendah pada kedalaman 10 m juga berada di perairan
Teluk Mayalibit, hal ini diperkirakan karena tingginya kekeruhan yang disebabkan oleh banyaknya bahan-bahan organik tersuspensi yang berasal dari
daratan maupun dari proses sedimentasi. Secara umum rata-rata nilai pH di perairan Raja Ampat yang sebesar 8,08 permukaan dan 8,06 kedalaman 10 m
masih tergolong baik DKP-KRA 2006.
4 Oksigen terlarut
Sebaran nilai oksigen terlarut di perairan Raja Ampat berkisar antara 4,0 – 10,5 mgl pada lapisan permukaan dan 4,3 - 10,5 mgl pada kedalaman 10 meter.
Dari hasil pengukuran nilai rata-rata oksigen terlarut pada kedalaman 10 meter lebih tinggi daripada di permukaan. Hal ini disebabkan kebiasaan fitoplankton
yang berkelompok pada beberapa meter di bawah lapisan permukaan. Selain itu rendahnya nilai oksigen terlarut di lapisan permukaan disebabkan oleh tingginya
penguapan pada siang hari DKP-KRA 2006.
5 Kecerahan
Kecerahan di perairan Raja Ampat berkisar antara 4 - 23 m dengan rata- rata kecerahan 12,91 m. Kecerahan minimum berada di Teluk Mayalibit yang
hanya mencapai 4 - 5 m. Kecilnya kecerahan di lokasi ini dipengaruhi oleh keadaan perairan yang berupa teluk, dimana pergantian masa air sangat lamban
sehingga bahan-bahan tersuspensi yang ada cenderung tetap. Kecerahan maksimum berada di perairan daerah Kofiau yang mencapai 23 m. Hal ini
diperkirakan karena lokasi ini berada pada kawasan perairan bebas cukup jauh dari daratan sehingga pengaruh bahan-bahan tersuspensi yang berasal dari
aktivitas daratan sangat kecil DKP-KRA 2006.
6 Arus
Pola arus di perairan Raja Ampat lebih banyak dipengaruhi oleh masa air dari Samudera Pasifik Barat Western Pacific Ocean, yang bergerak dari arah
timur menuju barat laut North West dan sejajar dengan daratan Papua bagian
utara. Ketika arus ini tiba di Laut Halmahera atau bagian utara Kepulauan Raja Ampat, arus tersebut sebagian bergerak ke selatan dan sebagian berbalik menuju
Samudera Pasifik. Arus ini dikenal sebagai Halmahera Eddie. Diduga sebagian arus ini memasuki perairan Raja Ampat. Pada bulan Maret 2006, didapatkan
bahwa arus di Perairan Raja Ampat didominasi oleh pengaruh angin, namun untuk wilayah teluk dan pulau-pulau kecil yang berdekatan pola arusnya, lebih
dipengaruhi oleh pasang surut. Kecepatan rata-rata arus di Perairan Raja Ampat sesuai hasil pengamatan adalah 0,11 mdetik. Daerah-daerah yang diperkirakan
mempunyai arus pasang surut yang deras antara lain Selat Mansuar, Selat Kabui, dan Selat Sagawin DKP-KRA 2006.
7 Gelombang
Tinggi gelombang di perairan Raja Ampat antara 0 - 1,7 meter. Ketinggian gelombang tertinggi terjadi di bagian utara Pulau Waigeo yakni sekitar 1,7 meter.
Tingginya gelombang pada perairan ini disebabkan oleh hembusan angin yang datang dari arah utara Samudera Pasifik. Di perairan terlindung seperti Perairan
Waigeo Barat, Waigeo Selatan dan Kepulauan Misool umumnya tinggi gelombang berkisar antara 0 - 1 meter. Umumnya tinggi gelombang di kawasan
terlindung ini tidak banyak berubah dari waktu ke waktu, berbeda dengan bagian utara Pulau Waigeo dan Kepulaun Ayau yang berbatasan langsung dengan
Samudera Pasifik dan bagian selatan Kepulauan Misool yang berbatasan dengan Laut Banda DKP-KRA 2006.
8 Pasang surut
Dari hasil pemantauan Dinas Hidrooseanografi TNI AL 2005, tipe pasang surut perairan Raja Ampat adalah campuran dengan dominasi pasang surut ganda
berkisar antara 0,25 – 1,50 m. Jenis pasang surut ini berarti dalam satu hari terdapat dua kali pasang dan surut, serta tinggi pasang pertama tidak sama dengan
tinggi pasang kedua. Berdasarkan data pengamatan yang dilakukan di pantai APSOR Suprau - Sorong didapatkan kisaran tinggi pasang surut
tidal range
berkisar antara 1,15 – 1,80 m. Peta hidrooseanografi perairan Raja Ampat dapat dilihat
pada Lampiran 2 DKP-KRA 2006.