Sebelah selatan berbatasan dengan Kabupaten Seram Utara, Provinsi Maluku.
Sebelah  barat  berbatasan  dengan  Kabupaten  Halmahera  Tengah,  Provinsi Maluku Utara.
Sebelah  timur  berbatasan  dengan  Kota  Sorong  dan  Kabupaten  Sorong, Provinsi Papua Barat.
Sebelah Utara berbatasan dengan Republik Federal Palau.
Keterangan:  dalam peta insert, kotak merah di ujung kepala burung pada pulau Papua, merupakan wilayah Kabupaten Raja Ampat Pemerintah Kabupaten Raja Ampat 2006
Gambar 13  Posisi geografis Kabupaten Raja Ampat
Luas  wilayah  Kabupaten  Raja  Ampat  adalah  46.108  km
2
.  Berdasarkan Undang-Undang  No.  262002,  wilayah  Kabupaten  Raja  Ampat  terdiri  dari  7
distrik  yaitu:  1  Kepulauan  Ayau;  2  Waigeo  Utara;  3  Waigeo  Selatan;  4 Waigeo  Barat;  5  Samate;  6  Misool  Timur;  dan  7  Misool.  Kemudian  terjadi
pemekaran  6  distrik  baru,  yaitu:  1  Kofiau;  2  Waigeo  Timur;  3  Teluk Mayalibit;  4  Misool  Selatan;  5  Selat  Sagawin;  dan  6  Meos  Mansar.    Peta
aksesibilitas Kabupaten Raja Ampat sebagaimana Lampiran 1 DKP-KRA  2006; Pemerintah Kabupaten Raja Ampat 2006.
4.2 Kondisi Hidrooseanografi
1   Suhu
Perairan  Raja  Ampat  berbatasan  dengan  Samudera  Hindia  dan  Pasifik, sehingga  sifat  dan  kondisi  fisik-kimia  massa  air,  arus  dan  pasang  surut
dipengaruhi oleh kedua samudera tersebut. Penyebaran suhu permukaan perairan dipengaruhi  oleh  Samudera  Pasifik  di  bagian  utara  dan  Laut  Banda  di  bagian
selatan.  Raja  Ampat  yang  terletak  di  wilayah  tropis  memiliki  suhu  permukaan yang  relatif  hangat  dengan  variasi  tahunan  yang  kecil.  Berdasarkan  pengamatan
Concervation  International  Indonesia  CII,  The  Nature  Conservancy  TNC  dan World  Wild  Fun  WWF  pada  bulan  November  2005  sampai  dengan  Juli  2006,
diperoleh  suhu  permukaan  di  perairan  Raja  Ampat  berkisar  antara  27.01  – 34.97
C  dengan  suhu  rata-rata  29.16 C.  Suhu  paling  rendah  di  perairan  sekitar
Arborek  dan  suhu  paling  tinggi  di  perairan  laguna  di  Pulau  Walo,  Kofiau. Sebaran suhu sebagaimana Tabel 1 dan penurunan suhu per meter adalah 0,05
C atau  pada  setiap  bertambahnya  kedalaman  1  m  diikuti  penurunan  suhu  ±  0,05
C DKP-KRA  2006.
Tabel 1  Sebaran suhu permukaan tahunan di perairan Kabupaten Raja Ampat
No Bulan
Kisaran C
Keterangan
1 Januari
28,5 - 29 -
2 Februari - Maret
Relatif tetap Kecuali bagian utara: menurun hingga 280C
3 April - Mei - Juni
29 - 29,5 -
4 Juli
28,5 -
5 Agustus
29 -
6 September
29 - 29,5 utara Pengaruh Samudra Pasifik
28 - 28,5 selatan Pengaruh dari Laut Banda
Sumber: DKP-KRA 2006
2   Salinitas
Salinitas  di  lapisan  permukaan  perairan  Raja  Ampat  berkisar  antara  30  - 35‰,  pada kedalaman 10 meter berkisar antara 32 - 35‰ dan di perairan tertutup
Teluk  Mayalibit  berkisar  antara  27,5  -  33,8‰.    Rendahnya  kadar  salinitas  di Teluk  Mayalibit  ini  disebabkan  oleh  pengaruh  masa  air  tawar  dari  darat  yang
mengalir  melalui  beberapa  sungai  yang  masih  aktif  di  teluk  tersebut.  Sebaran salinitas  di  bagian  utara  perairan  Waigeo  Utara  berkisar  antara  33  -  35‰.
Tingginya  kadar  salinitas  pada  perairan  ini  disebabkan  pengaruh  masa  air  dari Samudera Pasifik.   Sebaran parameter oseanografi di perairan Raja Ampat dapat
dilihat pada Tabel 2 dan Tabel 3 DKP-KRA  2006. Tabel    2        Sebaran  parameter  oseanografi  di  perairan  Kabupaten  Raja  Ampat
permukaan
No Parameter
Kisaran Rata-Rata
Minimum Maksimum
1 Suhu
C 28,5
31,8 29,8
2 Salinitas ‰
30 35
33,91 3
Derajat keasaman pH 7,2
8,4 8,08
4 Oksigen terlarut mgl
4 10,5
6,41 5
Kecerahan m 4
23 12,91
6 Kec. Arus mdet
0,88 0,11
7 Tinggi Gelombang m
1,7 0,14 – 0,52
Sumber:  DKP-KRA  2006
Tabel    3        Sebaran  parameter  oseanografi  di  perairan  Kabupaten  Raja  Ampat kedalaman 10 m
No Parameter
Kisaran Rata-Rata
Minimum Maksimum
1 Suhu
C 28,3
31,5 29,23
2 Salinitas ‰
27,5 35
34,15 3
Derajat keasaman pH 7,6
8,4 8,06
4 Oksigen terlarut mgl
4,3 10,5
7,2 Sumber: DKP-KRA  2006
3  Derajat keasaman pH
Nilai  pH  di  perairan  Raja  Ampat  pada  kedalaman  0  m  permukaan berkisar  antara  7,2  –  8,4  dan  untuk  kedalaman  10  m  berkisar  7,6  –  8,4  dengan
rata-rata  8,08  dan  8,06.  Nilai  pH  terendah  pada  kedalaman  0  m  permukaan berada  di  perairan  sekitar  Saonek,  hal  ini  diperkirakan  karena  lokasi  ini  berada
tidak  jauh  dari  ekosistem  mangrove  sehingga  zat-zat  hara  dari  ekosistem